ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ mRNA ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ-ਨੈਨੋਪੋਰ
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
● ਘੱਟ ਕ੍ਰਮ ਪੱਖਪਾਤ
● ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੇ cDNA ਅਣੂਆਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕਰਨਾ
● ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਦੀ ਇੱਕੋ ਗਿਣਤੀ ਨੂੰ ਕਵਰ ਕਰਨ ਲਈ ਘੱਟ ਡਾਟਾ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ
● ਪ੍ਰਤੀ ਜੀਨ ਮਲਟੀਪਲ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ
● ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਪੱਧਰ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
| ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ਪਲੇਟਫਾਰਮ | ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ੀ ਡਾਟਾ ਉਪਜ (Gb) | ਗੁਣਵੱਤਾ ਕੰਟਰੋਲ |
| cDNA-PCR (ਪੌਲੀ-ਏ ਐਨਰਿਚਡ) | ਨੈਨੋਪੋਰ ਪ੍ਰੋਮੇਥੀਅਨ ਪੀ 48 | 6 Gb/ਨਮੂਨਾ (ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦਾ ਹੈ) | ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਅਨੁਪਾਤ＞70% ਔਸਤ ਗੁਣਵੱਤਾ ਸਕੋਰ: Q10
|
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
●ਕੱਚਾ ਡਾਟਾ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ
● ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਪਛਾਣ
● ਵਿਕਲਪਕ ਵੰਡਣਾ
● ਜੀਨ ਪੱਧਰ ਅਤੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਪੱਧਰ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ
● ਵਿਭਿੰਨ ਸਮੀਕਰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਫੰਕਸ਼ਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਐਨਰੀਚਮੈਂਟ (DEGs ਅਤੇ DETs)
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ:
| Conc.(ng/μl) | ਮਾਤਰਾ (μg) | ਸ਼ੁੱਧਤਾ | ਇਮਾਨਦਾਰੀ |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ਜੈੱਲ 'ਤੇ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਜਾਂ ਡੀਐਨਏ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ ਹੈ। | ਪੌਦਿਆਂ ਲਈ: RIN≥7.0; ਜਾਨਵਰਾਂ ਲਈ: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਬੇਸਲਾਈਨ ਉਚਾਈ ਨਹੀਂ |
ਟਿਸ਼ੂ: ਭਾਰ (ਸੁੱਕਾ): ≥1 ਗ੍ਰਾਮ
*5 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ ਤੋਂ ਛੋਟੇ ਟਿਸ਼ੂ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਫਲੈਸ਼ ਫਰੋਜ਼ਨ (ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ) ਟਿਸ਼ੂ ਨਮੂਨੇ ਭੇਜਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਸੈੱਲ ਮੁਅੱਤਲ: ਸੈੱਲ ਗਿਣਤੀ = 3×106- 1×107
*ਅਸੀਂ ਜੰਮੇ ਹੋਏ ਸੈੱਲ ਲਾਈਸੇਟ ਨੂੰ ਭੇਜਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।ਜੇਕਰ ਸੈੱਲ 5×10 ਤੋਂ ਘੱਟ ਗਿਣਦਾ ਹੈ5, ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ ਫਲੈਸ਼ ਫ੍ਰੀਜ਼ ਕਰਨ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਮਾਈਕ੍ਰੋ ਐਕਸਟਰੈਕਸ਼ਨ ਲਈ ਤਰਜੀਹੀ ਹੈ।
ਖੂਨ ਦੇ ਨਮੂਨੇ: ਵਾਲੀਅਮ≥1 ਮਿ.ਲੀ
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ: 2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ (ਟਿਨ ਫੁਆਇਲ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ)
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਸਮੂਹ + ਨਕਲ ਜਿਵੇਂ ਕਿ A1, A2, A3;B1, B2, B3...
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ: 2、ਡਰਾਈ-ਬਰਫ਼: ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
- RNAstable ਟਿਊਬ: RNA ਨਮੂਨੇ RNA ਸਥਿਰਤਾ ਟਿਊਬ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ RNAstable®) ਵਿੱਚ ਸੁਕਾਏ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਕਮਰੇ ਦੇ ਤਾਪਮਾਨ ਵਿੱਚ ਭੇਜੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ:
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਟਿਸ਼ੂ:
ਪ੍ਰਯੋਗ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਆਰਐਨਏ ਕੱਢਣ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
1.ਵਿਭਿੰਨ ਸਮੀਕਰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ - ਜਵਾਲਾਮੁਖੀ ਪਲਾਟ
ਵੱਖੋ-ਵੱਖਰੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ (DEGs) ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਅਤੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਪੱਧਰ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਦੋਵਾਂ ਜੀਨ ਪੱਧਰਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨ ਸਮੀਕਰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ।
ਪ੍ਰਗਟ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ (DETs)
2.ਲੜੀਵਾਰ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਹੀਟਮੈਪ
3. ਵਿਕਲਪਿਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਵਰਗੀਕਰਨ
ਅਸਟਾਲਵਿਸਟਾ ਦੁਆਰਾ ਪੰਜ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਵਿਕਲਪਕ ਵੰਡਣ ਦੀਆਂ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ।
4.ਪੌਲੀ-ਏ ਦੇ 50 ਬੀਪੀ ਅਪਸਟ੍ਰੀਮ 'ਤੇ ਵਿਕਲਪਕ ਪੌਲੀ-ਐਡੀਨਿਲੇਸ਼ਨ (ਏਪੀਏ) ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਮੋਟਿਫ
BMK ਕੇਸ
ਨੈਨੋਪੋਰ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਦੁਆਰਾ ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ ਦੀ ਮਾਤਰਾ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ:ਕੁਦਰਤ ਸੰਚਾਰ, 2020
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਗਰੁੱਪਿੰਗ: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E ਪਰਿਵਰਤਨ);3. ਆਮ ਬੀ-ਸੈੱਲ
ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਰਣਨੀਤੀ: MinION 2D ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਕ੍ਰਮ, PromethION 1D ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਕ੍ਰਮ;ਸਮਾਨ ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਛੋਟਾ-ਪੜ੍ਹਿਆ ਡਾਟਾ
ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮ: ਨੈਨੋਪੋਰ ਮਿਨੀਅਨ;ਨੈਨੋਪੋਰ ਪ੍ਰੋਮੇਥੀਓਨ;
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
1. ਆਈਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ ਦੀ ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਪਛਾਣ
ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਕ੍ਰਮ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ SF3B1 ਦੀ ਪਛਾਣ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦੇ ਹਨK700E-ਇਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਸਪਲਾਇਸ ਸਾਈਟਾਂ ਨੂੰ ਬਦਲਿਆ ਗਿਆ।35 ਵਿਕਲਪਕ 3′SSs ਅਤੇ 10 ਵਿਕਲਪਕ 5′SSs ਨੂੰ SF3B1 ਵਿਚਕਾਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰਾ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀK700Eਅਤੇ SF3B1WT.35 ਵਿੱਚੋਂ 33 ਪਰਿਵਰਤਨ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੁਆਰਾ ਨਵੇਂ ਖੋਜੇ ਗਏ ਸਨ।
2. ਆਈਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ ਦੀ ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਮਾਤਰਾ
SF3B1 ਵਿੱਚ ਇੰਟਰਨ ਰੀਟੈਨਸ਼ਨ (IR) ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦਾ ਪ੍ਰਗਟਾਵਾK700Eਅਤੇ SF3B1WTSF3B1 ਵਿੱਚ IR ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੇ ਇੱਕ ਗਲੋਬਲ ਡਾਊਨ-ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਨੈਨੋਪੋਰ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਮਾਪਿਆ ਗਿਆ ਸੀ।K700E.
ਹਵਾਲਾ
ਟੈਂਗ ਏ.ਡੀ., ਸੌਲੇਟ ਸੀ.ਐਮ., ਬਰੇਨ ਐਮਜੇਵੀ, ਆਦਿ।ਪੁਰਾਣੀ ਲਿਮਫੋਸਾਈਟਿਕ ਲਿਊਕੇਮੀਆ ਵਿੱਚ SF3B1 ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੀ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਬਰਕਰਾਰ ਰੱਖੇ ਗਏ ਅੰਦਰੂਨੀ [J] ਦੇ ਨਿਘਾਰ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।ਕੁਦਰਤ ਸੰਚਾਰ.
