ਟਾਕਾਗੀ ਐਟ ਅਲ.,ਪਲਾਂਟ ਜਰਨਲ, 2013
● ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਅਤੇ ਅਮੀਨੋ ਐਸਿਡ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਭਿੰਨਤਾਵਾਂ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦੇ ਸਮੇਂ ਅਤੇ ਗਤੀ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣਾ
● ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ ਵਿਕਾਸ ਅਤੇ ਸਮਾਨਾਂਤਰ ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਘੱਟ ਤੋਂ ਘੱਟ ਪ੍ਰਭਾਵ ਵਾਲੀਆਂ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਵਿਚਕਾਰ ਵਧੇਰੇ ਭਰੋਸੇਮੰਦ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਸਬੰਧਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ
● ਗੁਣ-ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਬੇਪਰਦ ਕਰਨ ਲਈ ਜੈਨੇਟਿਕ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਅਤੇ ਫੀਨੋਟਾਈਪਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧ ਬਣਾਉਣਾ
● ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣਾ, ਜੋ ਕਿ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਦੀ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ
● ਤੇਜ਼ ਟਰਨਅਰਾਊਂਡ ਸਮਾਂ
● ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਅਨੁਭਵ: BMK ਨੇ 12 ਸਾਲਾਂ ਤੋਂ ਵੱਧ ਸਮੇਂ ਲਈ ਆਬਾਦੀ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ ਸੰਬੰਧੀ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਸ਼ਾਲ ਤਜਰਬਾ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸੈਂਕੜੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਆਦਿ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ ਅਤੇ ਨੇਚਰ ਕਮਿਊਨੀਕੇਸ਼ਨ, ਮੋਲੀਕਿਊਲਰ ਪਲਾਂਟਸ, ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਜਰਨਲ ਆਦਿ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ 80 ਤੋਂ ਵੱਧ ਉੱਚ-ਪੱਧਰੀ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਇਆ ਹੈ।
ਸਮੱਗਰੀ:
ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਤਿੰਨ ਉਪ-ਜਨਸੰਖਿਆ (ਜਿਵੇਂ ਉਪ-ਜਾਤੀਆਂ ਜਾਂ ਤਣਾਅ) ਦੀ ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ।ਹਰੇਕ ਉਪ-ਜਨਸੰਖਿਆ ਵਿੱਚ 10 ਤੋਂ ਘੱਟ ਵਿਅਕਤੀ ਨਹੀਂ ਹੋਣੇ ਚਾਹੀਦੇ (ਪੌਦੇ >15, ਦੁਰਲੱਭ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਲਈ ਘਟਾਏ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ)।
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
* WGS ਨੂੰ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਵਾਲੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਲਈ ਲਗਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ SLAF-Seq ਕਿਸੇ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਨਾਲ ਜਾਂ ਬਿਨਾਂ, ਜਾਂ ਮਾੜੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਵਾਲੀਆਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਹੁੰਦਾ ਹੈ।
ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਆਕਾਰ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਹੁੰਦਾ ਹੈ | ਡਬਲਯੂ.ਜੀ.ਐਸ | SLAF-ਟੈਗ (×10,000) |
≤ 500 Mb | 10×/ਵਿਅਕਤੀਗਤ | WGS ਦੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ |
500 Mb - 1 Gb | 10 | |
1 ਜੀ.ਬੀ. - 2 ਜੀ.ਬੀ | 20 | |
≥2 ਜੀ.ਬੀ | 30 |
● ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਚੋਣਵੇਂ ਸਵੀਪ
● ਜੀਨ ਦਾ ਪ੍ਰਵਾਹ
● ਜਨਸੰਖਿਆ ਇਤਿਹਾਸ
● ਵਖਰੇਵੇਂ ਦਾ ਸਮਾਂ
ਸਪੀਸੀਜ਼ | ਟਿਸ਼ੂ | WGS-NGS | SLAF |
ਜਾਨਵਰ
| ਵਿਸਰਲ ਟਿਸ਼ੂ |
0.5~1 ਗ੍ਰਾਮ
|
0.5 ਗ੍ਰਾਮ
|
ਮਾਸਪੇਸ਼ੀ ਟਿਸ਼ੂ | |||
ਥਣਧਾਰੀ ਖੂਨ | 1.5 ਮਿ.ਲੀ
| 1.5 ਮਿ.ਲੀ
| |
ਪੋਲਟਰੀ/ਮੱਛੀ ਦਾ ਖੂਨ | |||
ਪੌਦਾ
| ਤਾਜ਼ਾ ਪੱਤਾ | 1~2 ਗ੍ਰਾਮ | 0.5~1 ਗ੍ਰਾਮ |
ਪੇਟਲ/ਸਟਮ | |||
ਜੜ੍ਹ/ਬੀਜ | |||
ਸੈੱਲ | ਸੰਸਕ੍ਰਿਤ ਸੈੱਲ |
gDNA | ਧਿਆਨ ਟਿਕਾਉਣਾ | ਦੀ ਰਕਮ (ug) | OD260/OD280 |
SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
*ਇੱਥੇ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਡੈਮੋ ਨਤੀਜੇ ਸਾਰੇ BMKGENE ਨਾਲ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਹਨ
1. ਈਵੇਲੂਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਜੈਨੇਟਿਕ ਪਰਿਵਰਤਨ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ, ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਬਣਤਰ ਅਤੇ ਪੀਸੀਏ ਦਾ ਨਿਰਮਾਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ।
ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ ਆਮ ਪੂਰਵਜ ਦੇ ਨਾਲ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਵਿਚਕਾਰ ਵਰਗੀਕਰਨ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਸਬੰਧਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ।
ਪੀਸੀਏ ਦਾ ਉਦੇਸ਼ ਉਪ-ਜਨਸੰਖਿਆ ਵਿਚਕਾਰ ਨੇੜਤਾ ਨੂੰ ਵੇਖਣਾ ਹੈ।
ਆਬਾਦੀ ਦਾ ਢਾਂਚਾ ਐਲੀਲ ਫ੍ਰੀਕੁਐਂਸੀਜ਼ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਜੈਨੇਟਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰੀ ਉਪ-ਜਨਸੰਖਿਆ ਦੀ ਮੌਜੂਦਗੀ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ।
ਚੇਨ, ਐਟ.al.,ਪੀ.ਐਨ.ਏ.ਐਸ, 2020
2. ਚੋਣਵੇਂ ਸਵੀਪ
ਸਿਲੈਕਟਿਵ ਸਵੀਪ ਇੱਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਜਿਸ ਦੁਆਰਾ ਇੱਕ ਲਾਭਦਾਇਕ ਸਾਈਟ ਦੀ ਚੋਣ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਲਿੰਕ ਕੀਤੀਆਂ ਨਿਰਪੱਖ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ ਵਧਾਈ ਜਾਂਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਅਣਲਿੰਕ ਕੀਤੀਆਂ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ ਘਟਾਈ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਖੇਤਰੀ ਵਿੱਚ ਕਮੀ ਆਉਂਦੀ ਹੈ।
ਚੋਣਵੇਂ ਸਵੀਪ ਖੇਤਰਾਂ 'ਤੇ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਖੋਜ ਨੂੰ ਕੁਝ ਪੜਾਅ (10 Kb) 'ਤੇ ਇੱਕ ਸਲਾਈਡਿੰਗ ਵਿੰਡੋ (100 Kb) ਦੇ ਅੰਦਰ ਸਾਰੇ SNPs ਦੇ ਆਬਾਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਸੂਚਕਾਂਕ(π,Fst, Tajima's D) ਦੀ ਗਣਨਾ ਕਰਕੇ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ।
ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਵਿਭਿੰਨਤਾ (π)
ਤਾਜੀਮਾ ਦੇ ਡੀ
ਫਿਕਸੇਸ਼ਨ ਇੰਡੈਕਸ (Fst)
ਵੂ, ਐਟ.al.,ਅਣੂ ਪੌਦਾ, 2018
3.ਜੀਨ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਵੂ, ਐਟ.al.,ਅਣੂ ਪੌਦਾ, 2018
4. ਜਨਸੰਖਿਆ ਇਤਿਹਾਸ
ਝਾਂਗ, ਐਟ.al.,ਕੁਦਰਤ ਵਾਤਾਵਰਣ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ, 2021
5. ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਸਮਾਂ
ਝਾਂਗ, ਐਟ.al.,ਕੁਦਰਤ ਵਾਤਾਵਰਣ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ, 2021
BMK ਕੇਸ
ਇੱਕ ਜੀਨੋਮਿਕ ਪਰਿਵਰਤਨ ਨਕਸ਼ਾ ਸਪਰਿੰਗ ਚੀਨੀ ਗੋਭੀ (ਬ੍ਰਾਸਿਕਾ ਰੈਪਾ ਐਸ.ਐਸ.ਪੀ. ਪੇਕਿਨੇਨਸਿਸ) ਦੀ ਚੋਣ ਦੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਅਧਾਰ ਦੀ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: ਅਣੂ ਪੌਦਾ, 2018
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਅਨੁਕ੍ਰਮ: ਕ੍ਰਮ ਡੂੰਘਾਈ: 10×
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ, 194 ਚੀਨੀ ਗੋਭੀਆਂ ਨੂੰ 10× ਦੀ ਔਸਤ ਡੂੰਘਾਈ ਨਾਲ ਮੁੜ-ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰਨ ਲਈ ਸੰਸਾਧਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿਸ ਨਾਲ 1,208,499 SNPs ਅਤੇ 416,070 InDels ਪ੍ਰਾਪਤ ਹੋਏ ਸਨ।ਇਹਨਾਂ 194 ਲਾਈਨਾਂ ਦੇ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਇਹਨਾਂ ਲਾਈਨਾਂ ਨੂੰ ਤਿੰਨ ਈਕੋਟਾਈਪਾਂ, ਬਸੰਤ, ਗਰਮੀ ਅਤੇ ਪਤਝੜ ਵਿੱਚ ਵੰਡਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਬਣਤਰ ਅਤੇ ਪੀਸੀਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸੰਕੇਤ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ਬਸੰਤ ਚੀਨੀ ਗੋਭੀ ਚੀਨ ਦੇ ਸ਼ੈਡੋਂਗ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਪਤਝੜ ਗੋਭੀ ਤੋਂ ਉਤਪੰਨ ਹੋਈ ਸੀ।ਇਹਨਾਂ ਨੂੰ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਕੋਰੀਆ ਅਤੇ ਜਾਪਾਨ ਵਿੱਚ ਪੇਸ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ, ਸਥਾਨਕ ਲਾਈਨਾਂ ਨਾਲ ਪਾਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਅਤੇ ਇਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਕੁਝ ਦੇਰ ਨਾਲ ਬੋਲਣ ਵਾਲੀਆਂ ਕਿਸਮਾਂ ਨੂੰ ਵਾਪਸ ਚੀਨ ਵਿੱਚ ਪੇਸ਼ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਅਤੇ ਅੰਤ ਵਿੱਚ ਬਸੰਤ ਚੀਨੀ ਗੋਭੀ ਬਣ ਗਈ।
ਚੋਣ 'ਤੇ ਬਸੰਤ ਚੀਨੀ ਗੋਭੀ ਅਤੇ ਪਤਝੜ ਗੋਭੀ 'ਤੇ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਸਕੈਨਿੰਗ ਨੇ 23 ਜੀਨੋਮਿਕ ਸਥਾਨਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਜੋ ਮਜ਼ਬੂਤ ਚੋਣ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘੇ ਹਨ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਦੋ QTL-ਮੈਪਿੰਗ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਬੋਲਟਿੰਗ-ਟਾਈਮ ਕੰਟਰੋਲਿੰਗ ਖੇਤਰ ਨਾਲ ਓਵਰਲੈਪ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ।ਇਹਨਾਂ ਦੋ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਮੁੱਖ ਜੀਨ ਪਾਏ ਗਏ ਹਨ ਜੋ ਫੁੱਲਾਂ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ, BrVIN3.1 ਅਤੇ BrFLC1।ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਅਧਿਐਨ ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਜੇਨਿਕ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਦੁਆਰਾ ਇਹਨਾਂ ਦੋ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਬੋਲਟਿੰਗ ਸਮੇਂ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹੋਣ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
ਚੀਨੀ ਗੋਭੀ 'ਤੇ ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਬਣਤਰ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ | ਚੀਨੀ ਗੋਭੀ ਦੀ ਚੋਣ 'ਤੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਜਾਣਕਾਰੀ |
ਟੋਂਗਬਿੰਗ, ਐਟ ਅਲ."ਇੱਕ ਜੀਨੋਮਿਕ ਪਰਿਵਰਤਨ ਨਕਸ਼ਾ ਬਸੰਤ ਚੀਨੀ ਗੋਭੀ (ਬ੍ਰਾਸਿਕਾ ਰੈਪਾ ssp.pekinensis) ਦੀ ਚੋਣ ਦੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਅਧਾਰ ਵਿੱਚ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ।"ਅਣੂ ਪੌਦੇ,11(2018):1360-1376।