ਟਾਕਾਗੀ ਐਟ ਅਲ., ਪਲਾਂਟ ਜਰਨਲ, 2013
● ਸਟੀਕ ਸਥਾਨੀਕਰਨ: ਬੈਕਗ੍ਰਾਊਂਡ ਸ਼ੋਰ ਨੂੰ ਘੱਟ ਕਰਨ ਲਈ 30+30 ਤੋਂ 200+200 ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਦੇ ਨਾਲ ਥੋਕ ਨੂੰ ਮਿਲਾਉਣਾ;ਗੈਰ-ਸਮਾਨਯੋਗ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ-ਅਧਾਰਿਤ ਉਮੀਦਵਾਰ ਖੇਤਰ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ।
● ਵਿਆਪਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: ਡੂੰਘਾਈ ਨਾਲ ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨ ਫੰਕਸ਼ਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ਆਦਿ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।
● ਤੇਜ਼ ਟਰਨਅਰਾਊਂਡ ਸਮਾਂ: 45 ਕੰਮਕਾਜੀ ਦਿਨਾਂ ਦੇ ਅੰਦਰ ਤੇਜ਼ ਜੀਨ ਸਥਾਨੀਕਰਨ।
● ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਅਨੁਭਵ: BMK ਨੇ ਹਜ਼ਾਰਾਂ ਗੁਣਾਂ ਦੇ ਸਥਾਨੀਕਰਨ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਇਆ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਫਸਲਾਂ, ਜਲਜੀ ਉਤਪਾਦ, ਜੰਗਲ, ਫੁੱਲ, ਫਲ, ਆਦਿ ਵਰਗੀਆਂ ਵਿਭਿੰਨ ਕਿਸਮਾਂ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।
ਆਬਾਦੀ:
ਵਿਰੋਧੀ ਫੀਨੋਟਾਈਪਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਮਾਪਿਆਂ ਦੀ ਸੰਤਾਨ ਨੂੰ ਵੱਖ ਕਰਨਾ।
ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ F2 ਸੰਤਾਨ, ਬੈਕਕ੍ਰਾਸਿੰਗ (BC), ਰੀਕੌਂਬੀਨੈਂਟ ਇਨਬ੍ਰੇਡ ਲਾਈਨ (RIL)
ਮਿਕਸਿੰਗ ਪੂਲ
ਗੁਣਾਤਮਕ ਗੁਣਾਂ ਲਈ: 30 ਤੋਂ 50 ਵਿਅਕਤੀ (ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 20)/ਬਲਕ
ਸੰਖਿਆਤਮਕ ਤ੍ਰਾਸੀਆਂ ਲਈ: ਪੂਰੀ ਆਬਾਦੀ (ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 30+30) ਵਿੱਚ ਜਾਂ ਤਾਂ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਫਿਨੋਟਾਈਪਾਂ ਵਾਲੇ ਚੋਟੀ ਦੇ 5% ਤੋਂ 10% ਵਿਅਕਤੀ।
ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ੀ ਕ੍ਰਮ ਡੂੰਘਾਈ
ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 20X/ਮਾਤਾ ਅਤੇ 1X/ਔਲਾਦ ਵਿਅਕਤੀਗਤ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਔਲਾਦ ਦੇ ਮਿਕਸਿੰਗ ਪੂਲ ਲਈ 30+30 ਵਿਅਕਤੀਗਤ, ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਡੂੰਘਾਈ 30X ਪ੍ਰਤੀ ਬਲਕ ਹੋਵੇਗੀ)
● ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਰੀਸੀਵੇਂਸਿੰਗ
● ਡਾਟਾ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ
● SNP/Indel ਕਾਲਿੰਗ
● ਉਮੀਦਵਾਰ ਖੇਤਰ ਦੀ ਸਕ੍ਰੀਨਿੰਗ
● ਉਮੀਦਵਾਰ ਜੀਨ ਫੰਕਸ਼ਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ:
gDNA ਨਮੂਨਾ | ਟਿਸ਼ੂ ਦਾ ਨਮੂਨਾ |
ਇਕਾਗਰਤਾ: ≥30 ng/μl | ਪੌਦੇ: 1-2 ਗ੍ਰਾਮ |
ਮਾਤਰਾ: ≥2 μg (ਵਾਲਮ ≥15 μl) | ਜਾਨਵਰ: 0.5-1 g |
ਸ਼ੁੱਧਤਾ: OD260/280= 1.6-2.5 | ਪੂਰਾ ਖੂਨ: 1.5 ਮਿ.ਲੀ |
1. ਉਮੀਦਵਾਰ ਖੇਤਰ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਯੂਕਲੀਡੀਅਨ ਦੂਰੀ (ED) 'ਤੇ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਧਾਰ।ਹੇਠ ਦਿੱਤੇ ਚਿੱਤਰ ਵਿੱਚ
X-ਧੁਰਾ: ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਨੰਬਰ;ਹਰੇਕ ਬਿੰਦੀ ਇੱਕ SNP ਦੇ ਇੱਕ ED ਮੁੱਲ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।ਬਲੈਕ ਲਾਈਨ ਫਿੱਟ ਕੀਤੇ ED ਮੁੱਲ ਨਾਲ ਮੇਲ ਖਾਂਦੀ ਹੈ।ਇੱਕ ਉੱਚ ED ਮੁੱਲ ਸਾਈਟ ਅਤੇ ਫੀਨੋਟਾਈਪ ਵਿਚਕਾਰ ਇੱਕ ਹੋਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਬੰਧ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ।ਲਾਲ ਡੈਸ਼ ਲਾਈਨ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਬੰਧ ਦੀ ਥ੍ਰੈਸ਼ਹੋਲਡ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।
2. ਕੋਈ SNP- ਸੂਚਕਾਂਕ ਅਧਾਰਤ ਐਸੋਸਿਏਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
X-ਧੁਰਾ: ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਨੰਬਰ;ਹਰੇਕ ਬਿੰਦੀ SNP- ਸੂਚਕਾਂਕ ਮੁੱਲ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।ਕਾਲੀ ਲਾਈਨ ਫਿੱਟ ਕੀਤੇ SNP- ਸੂਚਕਾਂਕ ਮੁੱਲ ਲਈ ਹੈ।ਮੁੱਲ ਜਿੰਨਾ ਵੱਡਾ ਹੈ, ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਓਨਾ ਹੀ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ।
BMK ਕੇਸ
ਮੁੱਖ-ਪ੍ਰਭਾਵ ਮਾਤਰਾਤਮਕ ਗੁਣ ਲੋਕਸ Fnl7.1 ਖੀਰੇ ਵਿੱਚ ਫਲਾਂ ਦੀ ਗਰਦਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਇੱਕ ਦੇਰ ਭਰੂਣ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਭਰਪੂਰ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨੂੰ ਐਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਜਰਨਲ, 2020
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਮਾਤਾ-ਪਿਤਾ (Jin5-508, YN): 34× ਅਤੇ 20× ਲਈ ਪੂਰਾ ਜੀਨੋਮ ਅਨੁਕ੍ਰਮਣ।
ਡੀਐਨਏ ਪੂਲ (50 ਲੰਬੀ ਗਰਦਨ ਵਾਲੇ ਅਤੇ 50 ਛੋਟੀ ਗਰਦਨ ਵਾਲੇ): 61× ਅਤੇ 52× ਲਈ ਅਨੁਰੂਪ
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਵਿੱਚ, ਲੰਮੀ ਗਰਦਨ ਖੀਰੇ ਦੀ ਲਾਈਨ Jin5-508 ਅਤੇ ਛੋਟੀ ਗਰਦਨ ਵਾਲੇ YN ਨੂੰ ਪਾਰ ਕਰਕੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਆਬਾਦੀ (F2 ਅਤੇ F2:3) ਪੈਦਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਦੋ ਡੀਐਨਏ ਪੂਲ 50 ਅਤਿਅੰਤ ਲੰਬੀ ਗਰਦਨ ਵਾਲੇ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਅਤੇ 50 ਅਤਿ ਛੋਟੀ ਗਰਦਨ ਵਾਲੇ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਬਣਾਏ ਗਏ ਸਨ।ਮੁੱਖ-ਪ੍ਰਭਾਵ QTL ਦੀ ਪਛਾਣ BSA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ ਰਵਾਇਤੀ QTL ਮੈਪਿੰਗ ਦੁਆਰਾ Chr07 'ਤੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਉਮੀਦਵਾਰ ਖੇਤਰ ਨੂੰ ਬਰੀਕ-ਮੈਪਿੰਗ, ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਮਾਤਰਾ ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਜੇਨਿਕ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਦੁਆਰਾ ਹੋਰ ਸੰਕੁਚਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿਸ ਨੇ ਗਰਦਨ-ਲੰਬਾਈ, CsFnl7.1 ਨੂੰ ਨਿਯੰਤਰਿਤ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਮੁੱਖ ਜੀਨ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਸੀ।ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, CsFnl7.1 ਪ੍ਰਮੋਟਰ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਪੋਲੀਮੋਰਫਿਜ਼ਮ ਅਨੁਸਾਰੀ ਸਮੀਕਰਨ ਨਾਲ ਸਬੰਧਿਤ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ।ਹੋਰ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸੁਝਾਅ ਦਿੱਤਾ ਕਿ Fnl7.1 ਟਿਕਾਣਾ ਭਾਰਤ ਤੋਂ ਉਤਪੰਨ ਹੋਣ ਦੀ ਬਹੁਤ ਸੰਭਾਵਨਾ ਹੈ।
ਖੀਰੇ ਦੀ ਗਰਦਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਨਾਲ ਸਬੰਧਿਤ ਉਮੀਦਵਾਰ ਖੇਤਰ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ BSA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ QTL-ਮੈਪਿੰਗ | ਖੀਰੇ ਦੀ ਗਰਦਨ-ਲੰਬਾਈ QTL ਦੇ LOD ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ Chr07 'ਤੇ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ |
Xu, X. , et al."ਪ੍ਰਮੁੱਖ-ਪ੍ਰਭਾਵ ਮਾਤਰਾਤਮਕ ਗੁਣ ਸਥਾਨ Fnl7.1 ਖੀਰੇ ਵਿੱਚ ਫਲਾਂ ਦੀ ਗਰਦਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਇੱਕ ਦੇਰ ਭਰੂਣ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਭਰਪੂਰ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਦਾ ਹੈ।"ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਜਰਨਲ 18.7(2020)।