-
ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲମ୍ବ mRNA କ୍ରମ-ନାନୋପୋର |
ବିସ୍ତୃତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ RNA କ୍ରମ ଏକ ଅମୂଲ୍ୟ ଉପକରଣ |ସନ୍ଦେହ ନାହିଁ, ପାରମ୍ପାରିକ କ୍ଷୁଦ୍ର-ପଠନ କ୍ରମ ଏଠାରେ ଅନେକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ବିକାଶ ହାସଲ କରିଛି |ତଥାପି, ଏହା ପ୍ରାୟତ full ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଆଇସୋଫର୍ମ ପରିଚୟ, ପରିମାଣ, PCR ପକ୍ଷପାତରେ ସୀମିତତାର ସମ୍ମୁଖୀନ ହୁଏ |
ନାନୋପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଅନ୍ୟ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମଗୁଡିକ ଠାରୁ ନିଜକୁ ପୃଥକ କରେ, ଯେଉଁଥିରେ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଗୁଡିକ ସିଧାସଳଖ DNA ସିନ୍ଥେସିସ୍ ବିନା ପ read ାଯାଏ ଏବଂ ଦଶ କିଲୋବାସରେ ଲମ୍ବା ପ read ଼ା ସୃଷ୍ଟି କରେ |ଏହା ସିଧାସଳଖ ପଠନ-ଆଉଟ କ୍ରସିଂ ଫୁଲ୍ ଲମ୍ trans ା ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଏବଂ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରୀୟ ଅଧ୍ୟୟନରେ ଚ୍ୟାଲେଞ୍ଜଗୁଡ଼ିକର ମୁକାବିଲା କରିବାକୁ ସଶକ୍ତ କରେ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ |：Nanopore PromethION |
ଲାଇବ୍ରେରୀ:cDNA-PCR |
-
ଡି ନୋଭୋ ଫୁଲ୍ ଲମ୍ବ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ-ପ୍ୟାକ୍ବିଓ |
ଡି ନୋଭୋ |ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ, ଯାହାକି ମଧ୍ୟ ଜଣାଶୁଣା |ଡି ନୋଭୋ |Iso-Seq ପ read ଼ା ଦ length ର୍ଘ୍ୟରେ PacBio ସିକ୍ୱେନ୍ସର ସୁବିଧା ନେଇଥାଏ, ଯାହାକି କ break ଣସି ବିରତି ବିନା ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲମ୍ବ cDNA ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର କ୍ରମକୁ ସକ୍ଷମ କରିଥାଏ |ଏହା ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ଆସେମ୍ବଲି ଷ୍ଟେପଗୁଡିକରେ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା କ er ଣସି ତ୍ରୁଟିକୁ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣରୂପେ ଏଡାଇଥାଏ ଏବଂ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରୀୟ ରେଜୋଲୁସନ ସହିତ ୟୁନିଜେନ୍ ସେଟ୍ ଗଠନ କରେ |ଏହି ୟୁନିଜେନ୍ ସେଟ୍ ଗୁଡିକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ସ୍ତରରେ “ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ” ଭାବରେ ଶକ୍ତିଶାଳୀ ଜେନେଟିକ୍ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରେ |ଏହା ସହିତ, ପରବର୍ତ୍ତୀ ପି generation ଼ିର କ୍ରମିକ ତଥ୍ୟ ସହିତ ମିଶି, ଏହି ସେବା ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରୀୟ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିର ସଠିକ ପରିମାଣକୁ ସଶକ୍ତ କରେ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ： PacBio Sequel II |ଲାଇବ୍ରେରୀ: SMRT ଘଣ୍ଟି ଲାଇବ୍ରେରୀ | -
ଇଉକାରିଓଟିକ୍ mRNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
mRNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅବସ୍ଥାରେ କୋଷରୁ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ହୋଇଥିବା ସମସ୍ତ mRNA ର ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ସକ୍ଷମ କରେ |ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍, ଜିନ୍ ଗଠନ ଏବଂ କେତେକ ଜ ological ବିକ ପ୍ରକ୍ରିୟାର ମଲିକୁଲାର ପ୍ରଣାଳୀକୁ ପ୍ରକାଶ କରିବା ପାଇଁ ଏହା ଏକ ଶକ୍ତିଶାଳୀ ପ୍ରଯୁକ୍ତିବିଦ୍ୟା |ଆଜି ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ, ମ fundamental ଳିକ ଅନୁସନ୍ଧାନ, କ୍ଲିନିକାଲ୍ ଡାଇଗ୍ନୋଷ୍ଟିକ୍, drug ଷଧ ବିକାଶ ଇତ୍ୟାଦିରେ mRNA କ୍ରମକୁ ବହୁଳ ଭାବରେ ନିୟୋଜିତ କରାଯାଇଛି |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
-
ଅଣ-ରେଫରେନ୍ସ ଆଧାରିତ mRNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅବଧିରେ ମେସେଞ୍ଜର RNA (mRNA) ଫର୍ମ ଇଉକାରିଓଟକୁ କ୍ୟାପଚର କରିବା ପାଇଁ mRNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ପି generation ଼ିର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ କ techni ଶଳ (NGS) ଗ୍ରହଣ କରେ ଯାହା କିଛି ବିଶେଷ କାର୍ଯ୍ୟ ସକ୍ରିୟ କରିଥାଏ |ଦୀର୍ଘତମ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟକୁ 'ୟୁନିଜେନ୍' କୁହାଯାଉଥିଲା ଏବଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ରେଫରେନ୍ସ କ୍ରମ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ବିନା ରେଫରେନ୍ସରେ ପ୍ରଜାତିର ମଲିକୁଲାର ମେକାନିଜିମ୍ ଏବଂ ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ଅଧ୍ୟୟନ କରିବାର ଏକ ପ୍ରଭାବଶାଳୀ ମାଧ୍ୟମ |
ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ଡାଟା ଆସେମ୍ବଲି ଏବଂ ୟୁନିଜେନ୍ ଫଙ୍କସନାଲ ଟିପ୍ପଣୀ ପରେ |
(1) SNP ବିଶ୍ଳେଷଣ, SSR ବିଶ୍ଳେଷଣ, CDS ଭବିଷ୍ୟବାଣୀ ଏବଂ ଜିନ୍ ଗଠନ ପ୍ରିଫର୍ମ ହେବ |
()) ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାରେ ଏକକ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିର ପରିମାଣ କାର୍ଯ୍ୟ କରାଯିବ |
()) ନମୁନା (କିମ୍ବା ଗୋଷ୍ଠୀ) ମଧ୍ୟରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ସ୍ୱଦେଶୀଗୁଡିକ ଏକକ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଉପରେ ଆଧାର କରି ଆବିଷ୍କୃତ ହେବ |
(4) ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ସ୍ୱଦେଶୀମାନଙ୍କର କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ, କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଟିପ୍ପଣୀ ଏବଂ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯିବ |
-
ଲମ୍ବା ଅଣ-କୋଡିଂ କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ଲମ୍ବା ଅଣ-କୋଡିଂ RNA (lncRNAs) ହେଉଛି ଏକ ପ୍ରକାର RNA ଅଣୁ, ଯାହାର ଲମ୍ବ 200 nt ରୁ ଅଧିକ, ଯାହା ଅତ୍ୟଧିକ କମ୍ କୋଡିଂ ସମ୍ଭାବନା ଦ୍ୱାରା ବର୍ଣ୍ଣିତ |LncRNA, ଅଣ-କୋଡିଂ RNA ର ଏକ ପ୍ରମୁଖ ସଦସ୍ୟ ଭାବରେ, ମୁଖ୍ୟତ nuc ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସ୍ ଏବଂ ପ୍ଲାଜାମାରେ ମିଳିଥାଏ |ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଏବଂ ବାୟୋ ଇନଫର୍ମାଟିକ୍ସର ବିକାଶ ଅନେକ ଉପନ୍ୟାସ lncRNA ଗୁଡ଼ିକର ଚିହ୍ନଟକୁ ସକ୍ଷମ କରିଥାଏ ଏବଂ ଜ bi ବିକ କାର୍ଯ୍ୟ ସହିତ ଜଡିତ କରେ |ସଂଗୃହିତ ପ୍ରମାଣ ସୂଚିତ କରେ ଯେ lncRNA epigenetic ନିୟାମକ, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ରେଗୁଲେସନ୍ ଏବଂ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ପରବର୍ତ୍ତୀ ନିୟାମନରେ ବ୍ୟାପକ ଭାବରେ ଜଡିତ |
-
ଛୋଟ RNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ଛୋଟ RNA ଅଣ-କୋଡିଂ RNA ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର ଏକ ଶ୍ରେଣୀକୁ ବୁ refers ାଏ ଯାହା ସାଧାରଣତ length ଲମ୍ବ 200nt ରୁ କମ୍, ମାଇକ୍ରୋ RNA (miRNA), ଛୋଟ ହସ୍ତକ୍ଷେପ RNA (siRNA), ଏବଂ piwi- ପାରସ୍ପରିକ RNA (piRNA) ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ |
ମାଇକ୍ରୋ ଆରଏନ୍ଏ (miRNA) ହେଉଛି ପ୍ରାୟ 20-24nt ଲମ୍ବ ବିଶିଷ୍ଟ ଏଣ୍ଡୋଜେନସ୍ ଛୋଟ RNA ର ଏକ ଶ୍ରେଣୀ, ଯାହା କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ବିଭିନ୍ନ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ନିୟାମକ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିଥାଏ |miRNA ଅନେକ ଜୀବନ ପ୍ରକ୍ରିୟାରେ ଜଡିତ ଯାହାକି ଟିସୁ - ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଏବଂ ପର୍ଯ୍ୟାୟ - ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଏବଂ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରଜାତିରେ ଅତ୍ୟଧିକ ସଂରକ୍ଷିତ |
-
circRNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ସମସ୍ତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ସମସ୍ତ ପ୍ରକାରର RNA ଅଣୁକୁ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ କରିବା ପାଇଁ ଡିଜାଇନ୍ ହୋଇଛି, କୋଡିଂ (mRNA) ଏବଂ ଅଣ-କୋଡିଂ RNA (lncRNA, circRNA ଏବଂ miRNA ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରି) ଯାହାକି ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ସମୟରେ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଦ୍ୱାରା ଲିପିବଦ୍ଧ |ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍, ଯାହା “ମୋଟ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍” ଭାବରେ ମଧ୍ୟ ଜଣାଶୁଣା, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସ୍ତରରେ ବିସ୍ତୃତ ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବାକୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି |NGS ଟେକ୍ନୋଲୋଜିର ଲାଭ ଉଠାଇ, ceRNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ମିଳିତ RNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ସମଗ୍ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ଉତ୍ପାଦଗୁଡିକର କ୍ରମ ଉପଲବ୍ଧ, ଯାହା କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଚରିତ୍ରକରଣ ପାଇଁ ପ୍ରଥମ ପଦକ୍ଷେପ ପ୍ରଦାନ କରେ |CircRNA-miRNA-mRNA ଆଧାରିତ ceRNA ର ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବା |
-
ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ - ଇଲୁମିନା |
ସମସ୍ତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ସମସ୍ତ ପ୍ରକାରର RNA ଅଣୁକୁ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ କରିବା ପାଇଁ ଡିଜାଇନ୍ ହୋଇଛି, କୋଡିଂ (mRNA) ଏବଂ ଅଣ-କୋଡିଂ RNA (lncRNA, circRNA ଏବଂ miRNA ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରି) ଯାହାକି ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ସମୟରେ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଦ୍ୱାରା ଲିପିବଦ୍ଧ |ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍, ଯାହା “ମୋଟ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍” ଭାବରେ ମଧ୍ୟ ଜଣାଶୁଣା, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସ୍ତରରେ ବିସ୍ତୃତ ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବାକୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି |NGS ଟେକ୍ନୋଲୋଜିର ଲାଭ ଉଠାଇ, ceRNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ମିଳିତ RNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ସମଗ୍ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ଉତ୍ପାଦଗୁଡିକର କ୍ରମ ଉପଲବ୍ଧ, ଯାହା କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଚରିତ୍ରକରଣ ପାଇଁ ପ୍ରଥମ ପଦକ୍ଷେପ ପ୍ରଦାନ କରେ |CircRNA-miRNA-mRNA ଆଧାରିତ ceRNA ର ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବା |
-
ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ RNA କ୍ରମ |
ପରିବର୍ତ୍ତିତ ସେଲ୍ୟୁଲାର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମକୁ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରି ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ପି generation ଼ିର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ (NGS) କୁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ମୁହୂର୍ତ୍ତରେ RNA ର ଉପସ୍ଥିତି ଏବଂ ପରିମାଣ ପ୍ରକାଶ କରିବାକୁ ବ୍ୟବହାର କରେ |ଆମର କମ୍ପାନୀର ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ RNA କ୍ରମ, ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଭାବରେ ରେଫରେନ୍ସ ଜେନୋମ ସହିତ ପ୍ରୋକାରିଓଟ୍କୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ କରେ, ତୁମକୁ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍, ଜିନ୍ ଗଠନ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଇତ୍ୟାଦି ପ୍ରଦାନ କରେ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
-
ମେଟାଟ୍ରାନ୍ସସ୍କ୍ରିପମ୍ କ୍ରମ |
ମେଟାଟ୍ରାନ୍ସସ୍କ୍ରିପ୍ଟୋମ୍ କ୍ରମରେ ପ୍ରାକୃତିକ ପରିବେଶ ମଧ୍ୟରେ ମାଇକ୍ରୋବସ୍ (ଉଭୟ ଇଉକାରିଓଟ୍ ଏବଂ ପ୍ରୋକାରିଓଟ୍) ର ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ସୂଚାଏ | ବିଶେଷ ଭାବରେ, ଏହି ସେବାଗୁଡିକ ଜଟିଳ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍, ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ଆନାଲିସିସ୍ ପାଇବାକୁ ଅନୁମତି ଦିଏ | ପ୍ରଜାତିର, ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ, ଏବଂ ଅଧିକ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
