-
ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ-ନାନୋପୋର |
ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସ ହେଉଛି ଏକ ମଲିକୁଲାର ଉପକରଣ ଯାହାକି ପରିବେଶ ନମୁନାରୁ ବାହାର କରାଯାଇଥିବା ମିଶ୍ରିତ ଜେନୋମିକ୍ ସାମଗ୍ରୀକୁ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିବା ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୁଏ, ଯାହାକି ପ୍ରଜାତିର ବିବିଧତା ଏବଂ ପ୍ରଚୁରତା, ଜନସଂଖ୍ୟା ଗଠନ, ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ସମ୍ପର୍କ, କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଜିନ୍ ଏବଂ ପରିବେଶ କାରକ ସହିତ ସମ୍ପର୍କ ନେଟୱାର୍କ ଇତ୍ୟାଦି ବିଷୟରେ ବିସ୍ତୃତ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରିଥାଏ | ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ |ପଠନ ଦ length ର୍ଘ୍ୟରେ ଏହାର ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ କାର୍ଯ୍ୟଦକ୍ଷତା ମୁଖ୍ୟତ down ଡାଉନ୍ ଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଆନାଲିସିସ୍, ବିଶେଷତ met ମେଟେଜେନୋମ୍ ଆସେମ୍ବଲିକୁ ବ anced ାଇଥାଏ |ପଠନ-ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ସୁବିଧା ଗ୍ରହଣ କରି, ନାନୋପୋର-ଆଧାରିତ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ଶଟ-ବନ୍ଧୁକ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସ ତୁଳନାରେ ଅଧିକ ନିରନ୍ତର ସମାବେଶ ହାସଲ କରିବାକୁ ସକ୍ଷମ ଅଟେ |ଏହା ପ୍ରକାଶିତ ହୋଇଛି ଯେ ନାନୋପୋର-ଆଧାରିତ ମେଟେଜେନୋମିକ୍ସ ସଫଳତାର ସହିତ ମାଇକ୍ରୋବାୟୋମରୁ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ଏବଂ ବନ୍ଦ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଜେନୋମ ସୃଷ୍ଟି କରିଛି (ମୋସ୍, ଏଲ୍, ଇତ୍ୟାଦି,ପ୍ରକୃତି ବାୟୋଟେକ୍ |, 2020)
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ：Nanopore PromethION P48 |
-
ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମ ବିସୁଲ୍ କ୍ରମ |
ସାଇଟୋସିନ୍ (5-mC) ର ପଞ୍ଚମ ସ୍ଥାନରେ DNA ମିଥାଇଲେସନ୍ ଜିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଏବଂ ସେଲୁଲାର୍ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ଉପରେ ଏକ ମ fundamental ଳିକ ପ୍ରଭାବ ପକାଇଥାଏ |ଅସ୍ୱାଭାବିକ ମିଥାଇଲେସନ୍ s ାଞ୍ଚାଗୁଡ଼ିକ ବିଭିନ୍ନ ଅବସ୍ଥା ଏବଂ ରୋଗ ଯେପରିକି କର୍କଟ ଭଳି ଜଡିତ |ସିଙ୍ଗଲ୍ ବେସ୍ ରିଜୋଲ୍ୟୁସନ୍ରେ ଜେନୋମ-ୱାଇଡ୍ ମିଥାଇଲେସନ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ WGBS ସୁନାର ମାନକ ହୋଇପାରିଛି |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: Illumina NovaSeq6000 |
-
ହାଇ ଥ୍ରୋପପୁଟ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ (ATAC-seq) ସହିତ ଟ୍ରାନ୍ସପୋସେଜ୍-ଆକ୍ସେସିବଲ୍ କ୍ରୋମାଟିନ୍ ପାଇଁ ଆସେ |
ଜେନୋମ-ୱାଇଡ୍ କ୍ରୋମାଟିନ୍ ଆକ୍ସେସିବିଲିଟିର ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ATAC-seq ହେଉଛି ଏକ ଉଚ୍ଚ-ଥ୍ରୋପୁଟ କ୍ରମ ପ୍ରଣାଳୀ, ଯାହା ଜିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିର ବିଶ୍ global ସ୍ତରୀୟ ଏପିଜେନେଟିକ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ପାଇଁ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ |ହାଇପରାକ୍ଟିଭ୍ Tn5 ଟ୍ରାନ୍ସପୋସେଜ୍ ଦ୍ୱାରା ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଆଡାପ୍ଟରଗୁଡିକ ଖୋଲା କ୍ରୋମାଟିନ୍ ଅଞ୍ଚଳରେ ଭର୍ତ୍ତି କରାଯାଇଛି |PCR ବିସ୍ତାର ପରେ, ଏକ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ କରାଯାଏ |ସମସ୍ତ ଖୋଲା କ୍ରୋମାଟିନ୍ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ସ୍ପେସ୍ ଟାଇମ୍ ଅବସ୍ଥାରେ ପ୍ରାପ୍ତ ହୋଇପାରିବ, କେବଳ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟରର ବାଇଣ୍ଡିଂ ସାଇଟ୍ କିମ୍ବା ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ହିଷ୍ଟୋନ୍ ପରିବର୍ତ୍ତିତ ଅଞ୍ଚଳରେ ସୀମିତ ନୁହେଁ |
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio |
16S ଏବଂ 18S rRNA ରେ ଥିବା ସବନିଟ୍, ଉଭୟ ଅତ୍ୟଧିକ ସଂରକ୍ଷିତ ଏବଂ ହାଇପର-ଭେରିଏବଲ୍ ଅଞ୍ଚଳ ଧାରଣ କରିଥିବା ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ ଏବଂ ଇଉକାରିଓଟିକ୍ ଜୀବ ଚିହ୍ନଟ ପାଇଁ ଏକ ଉପଯୁକ୍ତ ମଲିକୁଲାର ଫିଙ୍ଗର ପ୍ରିଣ୍ଟ |ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗର ଲାଭ ଉଠାଇ, ସଂରକ୍ଷିତ ଅଂଶଗୁଡିକ ଉପରେ ଆଧାର କରି ଏହି ଆମ୍ପଲିକନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଟାର୍ଗେଟ୍ କରାଯାଇପାରିବ ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ବିବିଧତା ବିଶ୍ଳେଷଣ, ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମି, ଫାଇଲୋଜେନି ଇତ୍ୟାଦି ଅଧ୍ୟୟନକୁ ସାହାଯ୍ୟ କରୁଥିବା ହାଇପର-ଭେରିଏବଲ୍ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଭାବରେ ବର୍ଣ୍ଣିତ ହୋଇପାରିବ | ଏକକ-ଅଣୁଗୁଡ଼ିକ ରିଅଲ୍-ଟାଇମ୍ (SMRT) | ) PacBio ପ୍ଲାଟଫର୍ମର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଅତି ସଠିକ୍ ଲମ୍ବା ପଠନ ପାଇବାକୁ ସକ୍ଷମ କରିଥାଏ, ଯାହା ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଆମ୍ପଲିକନ୍ (ପାଖାପାଖି 1.5 Kb) କୁ ଆବୃତ କରିପାରେ |ଜେନେଟିକ୍ କ୍ଷେତ୍ରର ବିସ୍ତୃତ ଦୃଶ୍ୟ ଜୀବାଣୁ କିମ୍ବା କବକ ସମ୍ପ୍ରଦାୟରେ ପ୍ରଜାତିର ଟିପ୍ପଣୀରେ ରେଜୋଲୁସନକୁ ବହୁଗୁଣିତ କରିଥିଲା |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ：PacBio Sequel II |
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS |
16S / 18S / ITS ଆମ୍ପଲିକନ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଏକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟରେ ଫାଇଲୋଜେନ୍, ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମି ଏବଂ ପ୍ରଜାତିର ପ୍ରଚୁରତାକୁ ପ୍ରକାଶ କରିବା ପାଇଁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି ଯାହା ଗୃହରକ୍ଷୀ ଜେନେଟିକ୍ ମାର୍କର PCR ଉତ୍ପାଦଗୁଡିକ ଯାଞ୍ଚ କରିଥାଏ ଯାହା ଉଭୟ ଅତ୍ୟଧିକ ବାର୍ତ୍ତାଳାପ ଏବଂ ହାଇପରଭାରିଏବଲ୍ ଅଂଶ ଧାରଣ କରିଥାଏ |Woeses et al, (1977) ଦ୍ perfect ାରା ଏହି ସିଦ୍ଧ ମଲିକୁଲାର ଫିଙ୍ଗର ପ୍ରିଣ୍ଟର ପରିଚୟ, ବିଚ୍ଛିନ୍ନତା ମୁକ୍ତ ମାଇକ୍ରୋବିଓମ ପ୍ରୋଫାଇଲକୁ ଶକ୍ତି ପ୍ରଦାନ କରେ |16S (ଜୀବାଣୁ), 18S (ଫଙ୍ଗି) ଏବଂ ଆଭ୍ୟନ୍ତରୀଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଡ୍ ସ୍ପେସର୍ (ITS, ଫଙ୍ଗି) ର କ୍ରମ ଉଭୟ ପ୍ରଚୁର ପ୍ରଜାତିର ତଥା ବିରଳ ତଥା ଅଜ୍ଞାତ ପ୍ରଜାତିର ଚିହ୍ନଟ କରିବାକୁ ଅନୁମତି ଦିଏ |ଏହି ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ବିଭିନ୍ନ ପରିବେଶରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ରଚନା ଚିହ୍ନଟ କରିବାରେ ଏକ ବ୍ୟାପକ ପ୍ରୟୋଗ ଏବଂ ପ୍ରମୁଖ ଉପକରଣ ହୋଇପାରିଛି, ଯେପରିକି ମାନବ ମୁଖ, ଅନ୍ତନଳୀ, ମଳ ଇତ୍ୟାଦି |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ：Illumina NovaSeq6000 |
-
ଜୀବାଣୁ ଏବଂ ଫଙ୍ଗଲ୍ ପୁରା ଜେନୋମ୍ ପୁନ - କ୍ରମ |
ଜଣାଶୁଣା ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଏବଂ କବକଗୁଡିକର ଜିନୋମକୁ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ କରିବା ସହିତ ଏକାଧିକ ଜିନୋମକୁ ତୁଳନା କରିବା କିମ୍ବା ନୂତନ ଜୀବମାନଙ୍କର ଜେନୋମ ମାନଚିତ୍ର କରିବା ପାଇଁ ବ୍ୟାକ୍ଟେରିଆ ଏବଂ ଫଙ୍ଗଲ୍ ପୁରା ଜିନୋମ୍ ପୁନ - କ୍ରମ ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଉପକରଣ |ସଠିକ୍ ରେଫରେନ୍ସ ଜେନୋମ ସୃଷ୍ଟି କରିବା, ମାଇକ୍ରୋବାୟାଲ୍ ଆଇଡେଣ୍ଟିଫିକେସନ୍ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମ ଅଧ୍ୟୟନ କରିବା ପାଇଁ ଜୀବାଣୁ ଏବଂ ଫୁଙ୍ଗିର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଜେନୋମଗୁଡିକୁ କ୍ରମରେ ରଖିବା ଅତ୍ୟନ୍ତ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
-
PacBio-Full-length Transcriptome (ଅଣ-ସନ୍ଦର୍ଭ)
ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ବିବିଧତା ପ୍ରକଳ୍ପ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ ଆମ୍ପ୍ଲିକନ୍ (16S / 18S / ITS) ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ବିକଶିତ ହୋଇଛି, ଯାହା ମାନକ ମ basic ଳିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଧାରଣ କରିଥାଏ: ମ basic ଳିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ ସାମ୍ପ୍ରତିକ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ଅନୁସନ୍ଧାନର ମୁଖ୍ୟ ସ୍ରୋତ ବିଶ୍ଳେଷଣ ବିଷୟବସ୍ତୁକୁ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ, ବିଶ୍ଳେଷଣ ବିଷୟବସ୍ତୁ ସମୃଦ୍ଧ ଏବଂ ବିସ୍ତୃତ, ଏବଂ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ପ୍ରକଳ୍ପ ରିପୋର୍ଟ ଆକାରରେ ଉପସ୍ଥାପିତ ହୁଏ |ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ବିଶ୍ଳେଷଣର ବିଷୟବସ୍ତୁ ବିଭିନ୍ନ ଅଟେ |ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ଆବଶ୍ୟକତାକୁ ହୃଦୟଙ୍ଗମ କରିବା ପାଇଁ ନମୁନାଗୁଡିକ ଚୟନ କରାଯାଇପାରିବ ଏବଂ ମ basic ଳିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ ରିପୋର୍ଟ ଏବଂ ଅନୁସନ୍ଧାନ ଉଦ୍ଦେଶ୍ୟ ଅନୁଯାୟୀ ପାରାମିଟରଗୁଡିକ ନମନୀୟ ଭାବରେ ସେଟ୍ କରାଯାଇପାରିବ |ୱିଣ୍ଡୋଜ୍ ଅପରେଟିଂ ସିଷ୍ଟମ୍, ସରଳ ଏବଂ ଦ୍ରୁତ |
-
PacBio-Full-length Transcriptome (ଅଣ-ସନ୍ଦର୍ଭ)
ପାସିଫିକ୍ ବାୟୋ ସାଇନ୍ସେସ୍ (ପ୍ୟାକ୍ବିଓ) ଇସୋଫର୍ମ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ତଥ୍ୟକୁ ଇନପୁଟ୍ ଭାବରେ ଗ୍ରହଣ କରି, ଏହି ଆପ୍ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ କ୍ରମଗୁଡିକ (ବିଧାନସଭା ବିନା) ଚିହ୍ନଟ କରିବାରେ ସକ୍ଷମ |ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ ବିରୁଦ୍ଧରେ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ କ୍ରମକୁ ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ କରି ଜଣାଶୁଣା ଜିନ୍, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍, କୋଡିଂ ଅଞ୍ଚଳ ଇତ୍ୟାଦି ଦ୍ୱାରା ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଅପ୍ଟିମାଇଜ୍ ହୋଇପାରିବ, ଏହି କ୍ଷେତ୍ରରେ, mRNA ସଂରଚନାଗୁଡ଼ିକର ଅଧିକ ସଠିକ ପରିଚୟ, ଯେପରିକି ବିକଳ୍ପ ବିଭାଜନ ଇତ୍ୟାଦି ହାସଲ କରାଯାଇପାରିବ |NGS ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ କ୍ରମ ତଥ୍ୟ ସହିତ ମିଳିତ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ସ୍ତରରେ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିରେ ଅଧିକ ବିସ୍ତୃତ ଟିପ୍ପଣୀ ଏବଂ ଅଧିକ ସଠିକ ପରିମାଣକୁ ସକ୍ଷମ କରିଥାଏ, ଯାହା ମୁଖ୍ୟତ down ଡାଉନ୍ଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ଡିଫେରିଏଲ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ଏବଂ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ବିଶ୍ଳେଷଣକୁ ଲାଭ କରିଥାଏ |
-
ହ୍ରାସ ହୋଇଥିବା ପ୍ରତିନିଧୀ ବିସୁଲଫାଇଟ୍ କ୍ରମ (RRBS)
ରୋଗ ଅନୁସନ୍ଧାନରେ DNA ମିଥାଇଲେସନ୍ ଗବେଷଣା ସର୍ବଦା ଏକ ହଟ ପ୍ରସଙ୍ଗ ହୋଇ ରହିଥାଏ ଏବଂ ଜିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଏବଂ ଫେନୋ-ଟାଇପିକ୍ ଗୁଣ ସହିତ ନିବିଡ ଭାବରେ ଜଡିତ |ଡିଏନ୍ଏ ମିଥାଇଲେସନ୍ ଗବେଷଣା ପାଇଁ RRBS ଏକ ସଠିକ, ଦକ୍ଷ ଏବଂ ଅର୍ଥନ method ତିକ ପଦ୍ଧତି |ଏନଜାଇମାଟିକ୍ କ୍ଲାଭେଜ୍ (Msp I) ଦ୍ prom ାରା ପ୍ରୋମୋଟର୍ ଏବଂ ସିପିଜି ଦ୍ୱୀପପୁଞ୍ଜର ସମୃଦ୍ଧତା, ବିସୁଲଫାଇଟ୍ କ୍ରମ ସହିତ ମିଳିତ ହୋଇ ଉଚ୍ଚ ରେଜୋଲୁସନ DNA ମିଥାଇଲେସନ୍ ଚିହ୍ନଟ ପ୍ରଦାନ କରେ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
-
ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ RNA କ୍ରମ |
ପରିବର୍ତ୍ତିତ ସେଲ୍ୟୁଲାର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମକୁ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରି ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ପି generation ଼ିର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ (NGS) କୁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ମୁହୂର୍ତ୍ତରେ RNA ର ଉପସ୍ଥିତି ଏବଂ ପରିମାଣ ପ୍ରକାଶ କରିବାକୁ ବ୍ୟବହାର କରେ |ଆମର କମ୍ପାନୀର ପ୍ରୋକାରିଓଟିକ୍ RNA କ୍ରମ, ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଭାବରେ ରେଫରେନ୍ସ ଜେନୋମ ସହିତ ପ୍ରୋକାରିଓଟ୍କୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ କରେ, ତୁମକୁ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍, ଜିନ୍ ଗଠନ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଇତ୍ୟାଦି ପ୍ରଦାନ କରେ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
