ଅଣ-ରେଫରେନ୍ସ ଆଧାରିତ mRNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ବ Features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ
Øକ reference ଣସି ରେଫରେନ୍ସ ଜେନୋମରୁ ସ୍ୱାଧୀନ,
Øଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ର ଗଠନ ଏବଂ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିବାକୁ ତଥ୍ୟ ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇପାରେ |
Øଭେରିଏବଲ୍ କ୍ଲିପିଂ ସାଇଟ୍ ଚିହ୍ନଟ କରନ୍ତୁ |
ସେବା ସୁବିଧା
ØBMKCloud- ଆଧାରିତ ଫଳାଫଳ ବିତରଣ: ଫଳାଫଳଗୁଡିକ BMKCloud ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ମାଧ୍ୟମରେ ଡାଟା ଫାଇଲ୍ ଏବଂ ଇଣ୍ଟରାକ୍ଟିଭ୍ ରିପୋର୍ଟ ଭାବରେ ବିତରଣ କରାଯାଇଥାଏ, ଯାହା ଷ୍ଟାଣ୍ଡାର୍ଡ ବାୟୋ ଇନଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଆଧାରରେ ଜଟିଳ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଫଳାଫଳ ଏବଂ କଷ୍ଟୋମାଇଜ୍ ଡାଟା ଖଣି ବ୍ୟବହାରକାରୀଙ୍କୁ ଅନୁକୂଳ ପଠନକୁ ଅନୁମତି ଦେଇଥାଏ |
Øବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା: ପ୍ରୋଜେକ୍ଟ ଫଲୋଅପ୍, ଅସୁବିଧା-ଶୁଟିଂ, ଫଳାଫଳ Q&A ଇତ୍ୟାଦି ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରି ପ୍ରକଳ୍ପ ସମାପ୍ତ ହେବା ପରେ 3 ମାସ ପାଇଁ ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା ବ valid ଧ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍:
| ଶୁଦ୍ଧତା | ଅଖଣ୍ଡତା | ପ୍ରଦୂଷଣ | ପରିମାଣ |
| OD260 / 280≥1.7-2.5 ； OD260 / 230≥0.5-2.5 ； | ଉଦ୍ଭିଦ ପାଇଁ: RIN≥6.5;ପଶୁମାନଙ୍କ ପାଇଁ: RIN≥7;28S / 18S≥1.0;ସୀମିତ କିମ୍ବା କ bas ଣସି ବେସ୍ ଲାଇନ୍ ଉଚ୍ଚତା ନାହିଁ | | ଜେଲରେ ସୀମିତ କିମ୍ବା କ protein ଣସି ପ୍ରୋଟିନ୍ କିମ୍ବା DNA ପ୍ରଦୂଷଣ ଦେଖାଯାଏ ନାହିଁ | | କନକ୍।≥30 ng / μl;ଭଲ୍ୟୁମ୍ ≥ 10 μl;ମୋଟ ≥ 1.5 μg |
ଟିସୁ: ଓଜନ (ଶୁଖିଲା): ≥1 ଗ୍ରାମ |
* 5 ମିଗ୍ରା ରୁ କମ୍ ଟିସୁ ପାଇଁ, ଆମେ ଫ୍ଲାସ୍ ଫ୍ରିଜ୍ (ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ) ଟିସୁ ନମୁନା ପଠାଇବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |
ସେଲ୍ ନିଲମ୍ବନ: ସେଲ୍ ଗଣନା = 3 × 10 |7
* ଆମେ ଫ୍ରିଜ୍ ହୋଇଥିବା ସେଲ୍ ଲାଇସେଟ୍ ପଠାଇବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |ଯଦି ସେହି ସେଲ୍ 5 × 10 ରୁ ଛୋଟ ଗଣନା କରେ |5, ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ ଫ୍ଲାସ୍ ଫ୍ରିଜ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ |
ରକ୍ତ ନମୁନା:
PA × geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ଏବଂ 2mL ରକ୍ତ (TRIzol: ରକ୍ତ = 3: 1)
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ବିତରଣ |
ଧାରଣକାରୀ:
2 ମିଲି ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ (ଟିଫିନ୍ ଫଏଲ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ ନାହିଁ)
ନମୁନା ଲେବେଲିଂ: ଗୋଷ୍ଠୀ + ନକଲ ଯଥା A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
ପଠାଇବା:
1. ଶୁଖିଲା ବରଫ: ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ବ୍ୟାଗରେ ପ୍ୟାକ୍ କରି ଶୁଖିଲା ବରଫରେ ପୋତି ଦିଆଯିବା ଆବଶ୍ୟକ |
2. ଆରଏନ୍ଏଷ୍ଟେବଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍: RNA ନମୁନାଗୁଡିକ RNA ସ୍ଥିରତା ଟ୍ୟୁବରେ ଶୁଖାଯାଇପାରିବ (ଯଥା RNAstable®) ଏବଂ କୋଠରୀ ତାପମାତ୍ରାରେ ପଠାଯାଇପାରିବ |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
RNA ନିଷ୍କାସନ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ |
 |
1.mRNA (denovo) ବିଧାନସଭା ର ସିଦ୍ଧାନ୍ତ |
ଟ୍ରିନିଟି ଦ୍ read ାରା, ପ read ଼ା ଗୁଡିକ ଛୋଟ ଖଣ୍ଡରେ ବିଭକ୍ତ, ଯାହା କେ-ମେର୍ ଭାବରେ ଜଣାଶୁଣା |ଏହି କେ-ମର୍ସଗୁଡ଼ିକ ପରେ ମଞ୍ଜି ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୁଏ ଯାହାକି କଣ୍ଟିଗ୍ସରେ ବିସ୍ତାର ହୁଏ ଏବଂ ତା’ପରେ କଣ୍ଟିଗ୍ ଓଭରଲିପ୍ ଉପରେ ଉପାଦାନ |ଶେଷରେ, ଉପାଦାନଗୁଡ଼ିକରେ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଚିହ୍ନିବା ପାଇଁ ଡି ବ୍ରୁଜନ୍ ଏଠାରେ ପ୍ରୟୋଗ କରାଯାଇଥିଲା |
mRNA (De novo) ତ୍ରିଶକ୍ତିର ସମୀକ୍ଷା |
2.mRNA (De novo) ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ସ୍ତରର ବଣ୍ଟନ |
ଜିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିର ଏକ ଅତ୍ୟଧିକ ସମ୍ବେଦନଶୀଳ ଆକଳନ ହାସଲ କରିବାକୁ RNA-Seq ସକ୍ଷମ |ସାଧାରଣତ ,, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ FPKM ର ଚିହ୍ନଟ ଯୋଗ୍ୟ ପରିସର 10 ^ -2 ରୁ 10 ^ 6 ମଧ୍ୟରେ ରହିଥାଏ |
mRNA (De novo) ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାରେ FPKM ଘନତ୍ୱର ବଣ୍ଟନ |
3.mRNA (De novo) DEG ର GO ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
GO (ଜିନ୍ ଅନ୍ଟୋଲୋଜି) ଡାଟାବେସ୍ ହେଉଛି ଏକ ସଂରକ୍ଷିତ ଜ bi ବିକ ଟିପ୍ପଣୀ ପ୍ରଣାଳୀ ଯାହା ଜିନ୍ ଏବଂ ଜିନ୍ ଉତ୍ପାଦଗୁଡ଼ିକର ଏକ ମାନକ ଶବ୍ଦକୋଷ ଧାରଣ କରିଥାଏ |ଏଥିରେ ଏକାଧିକ ସ୍ତର ଥାଏ, ଯେଉଁଠାରେ ସ୍ତର ନିମ୍ନ, କାର୍ଯ୍ୟଗୁଡ଼ିକ ଅଧିକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅଟେ |
mRNA (De novo) ଦ୍ୱିତୀୟ ସ୍ତରରେ DEG ର GO ଶ୍ରେଣୀକରଣ |
BMK କେସ୍ |
ପିଆଜରେ ବଲ୍ବ ଫୁଲା ଏବଂ ବିକାଶ ସମୟରେ ସୁକ୍ରୋଜ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ଆନାଲିସିସ୍ (ଆଲିୟମ୍ ସେପା ଏଲ୍) |
ପ୍ରକାଶିତ: ଉଦ୍ଭିଦ ବିଜ୍ଞାନରେ ସୀମା |， 2016
ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ରଣନୀତି |
Illumina HiSeq2500 |
ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ଉତ୍କଳ ହଳଦିଆ ମିଠା ସ୍ପେନ୍ ଚାଷ “Y1351” ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା |ସଂଗୃହିତ ନମୁନା ସଂଖ୍ୟା ଥିଲା |
ବଲ୍ବର ଫୁଲା (DAS) ର 15 ତମ ଦିନ (2-ସେମି ବ୍ୟାସ ଏବଂ 3-4 ଗ୍ରାମ ଓଜନ), 30 ତମ DAS (5 ସେମି ବ୍ୟାସ ଏବଂ 100-110 ଗ୍ରାମ ଓଜନ), ଏବଂ 40 ତମ DAS ଉପରେ ∼3 | 260-300 ଗ୍ରାମ)
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
1. ଭେନ୍ ଚିତ୍ରରେ, ବିକାଶର ସମସ୍ତ ତିନୋଟି ଯୋଡିରେ ସମୁଦାୟ 146 DEG ଚିହ୍ନଟ ହେଲା |
2. “କାର୍ବୋହାଇଡ୍ରେଟ୍ ପରିବହନ ଏବଂ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍” କେବଳ 585 ୟୁନିଜେନ୍ସ ଦ୍ୱାରା ପ୍ରତିନିଧିତ୍ (ହୋଇଥିଲା (ଅର୍ଥାତ୍ ଟିପ୍ପଣୀର COG ର 7%) |
3. GO ଡାଟାବେସରେ ସଫଳତାର ସହ ଟିପ୍ପଣୀ ହୋଇଥିବା ୟୁନିଅନମାନେ ବଲ୍ବ ବିକାଶର ତିନୋଟି ପର୍ଯ୍ୟାୟ ପାଇଁ ତିନୋଟି ମୁଖ୍ୟ ବର୍ଗରେ ବିଭକ୍ତ ହୋଇଥିଲେ |“ଜ ological ବିକ ପ୍ରକ୍ରିୟା” ମୁଖ୍ୟ ବର୍ଗରେ ଅଧିକାଂଶ ପ୍ରତିନିଧିତ୍ were ହେଲା “ମେଟାବୋଲିକ୍ ପ୍ରକ୍ରିୟା”, ତା’ପରେ “ସେଲୁଲାର୍ ପ୍ରକ୍ରିୟା” |“ମଲିକୁଲାର୍ ଫଙ୍କସନ୍” ର ମୁଖ୍ୟ ବର୍ଗରେ ଦୁଇଟି ପ୍ରତିନିଧିତ୍ “ହେଉଛି“ ବାଇଣ୍ଡିଂ ”ଏବଂ“ କାଟାଲାଇଟିସ୍ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ”|
 ଅର୍ଥୋଲୋଜିକାଲ୍ ଗୋଷ୍ଠୀର କ୍ଲଷ୍ଟରଗୁଡିକର ହିଷ୍ଟୋଗ୍ରାମ୍ (COG) ବର୍ଗୀକରଣ | |  ତିନୋଟି ବିକାଶ ପର୍ଯ୍ୟାୟରେ ବଲ୍ବରୁ ଉତ୍ପନ୍ନ ସ୍ୱଦେଶୀମାନଙ୍କ ପାଇଁ ଜିନ୍ ଅନ୍ଟୋଲୋଜି (GO) ବର୍ଗୀକରଣର ହିଷ୍ଟୋଗ୍ରାମ୍ | |
 ପିଆଜ ବଲ୍ବ ବିକାଶର ଯେକ two ଣସି ଦୁଇଟି ପର୍ଯ୍ୟାୟରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ଜିନ୍ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରୁଥିବା ଭେନ ଚିତ୍ର | |
ସନ୍ଦର୍ଭ
Zhang ାଙ୍ଗ୍ ସି, Zhang ାଙ୍ଗ୍ ଏଚ୍, ଜାନ୍ ଜେ, ଇତ୍ୟାଦି |ପିଆଜରେ ବଲ୍ବ ଫୁଲା ଏବଂ ବିକାଶ ସମୟରେ ସୁକ୍ରୋଜ୍ ମେଟାବୋଲିଜିମ୍ ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ଆନାଲିସିସ୍ (ଆଲିୟମ୍ ସେପା L।) [J] |ଉଦ୍ଭିଦ ବିଜ୍ଞାନରେ ସୀମା, 2016, 7: 1425- |DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425
