GENOME EVOLUTION |
PNAS |
ସୁନାର ମାଛର ବିକାଶମୂଳକ ଉତ୍ପତ୍ତି ଏବଂ ଘରୋଇକରଣ ଇତିହାସ (Carassius auratus)
PacBio |ଇଲୁମିନା |Bionano Genome ମାନଚିତ୍ର |ହାଏ-ସି ଜେନୋମ ବିଧାନସଭା |ଜେନେଟିକ୍ ମାନଚିତ୍ର |GWAS |RNA-Seq |
ହାଇଲାଇଟ୍ସ |
1. ଗୋଲ୍ଡଫିସ୍ ଜିନୋମକୁ ଏକ ଉଚ୍ଚ-ଗୁଣାତ୍ମକ ଆସେମ୍ବଲି ସଂସ୍କରଣ ସହିତ ଅଦ୍ୟତନ କରାଯାଇଥିଲା, 95.75% କଣ୍ଟିଗ୍ସକୁ 50 ଟି ସିଉଡୋକ୍ରୋମୋସୋମ (ସ୍କାଫୋଲ୍ଡ N50 = 31.84 Mb) ରେ ଆଙ୍କର୍ କରାଯାଇଥିଲା |ଦୁଇଟି ସବଜେନୋମ ବିଚ୍ଛିନ୍ନ ହୋଇଯାଇଥିଲା |
2. ଘରୋଇକରଣ ସମୟରେ ମନୋନୀତ ସ୍ୱିପ୍ ର ଜେନୋମିକ୍ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ 201 ଜଣ ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କ ପୁନ res ସଂରକ୍ଷଣ ତଥ୍ୟରୁ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, 390 ରୁ ଅଧିକ ପ୍ରାର୍ଥୀ ଜିନ୍ ଉନ୍ମୋଚନ କରିଥିଲେ ଯାହା ସମ୍ଭବତ dom ଘରୋଇକରଣ ଗୁଣ ସହିତ ଜଡିତ |
ଘରୋଇ ସୁନା ମାଛରେ ଡୋରସାଲ୍ ଫିନ ଉପରେ GWAS 378 ପ୍ରାର୍ଥୀ ଜିନ୍ ପ୍ରକାଶ କରିଛି ଯାହା ସମ୍ଭବତ associated ଜଡିତ |ଏକ ଟାଇରୋସିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ କିନାସେ ରିପୋର୍ଟରଙ୍କୁ ସ୍ୱଚ୍ଛତା ସହିତ ଜଡିତ ପ୍ରାର୍ଥୀ କାରଣ ଜିନ୍ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |
ପୃଷ୍ଠଭୂମି
ଗୋଲ୍ଡଫିସ୍ (Carassius auratus) ହେଉଛି ଅନ୍ୟତମ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଚାଷ ହୋଇଥିବା ମାଛ, ଯାହା ପ୍ରାଚୀନ ଚାଇନାର କ୍ରୁସିଆନ୍ କାର୍ପରୁ ଗୃହୀତ ହୋଇଥିଲା |ଚାର୍ଲ୍ସ ଡାରୱିନ୍ ସେମାନଙ୍କୁ “ରଙ୍ଗର ପ୍ରାୟ ଅସୀମ ବିବିଧତା ଅତିକ୍ରମ କରିବା, ଆମେ ଗଠନର ଅତି ଅସାଧାରଣ ପରିବର୍ତ୍ତନ ସହିତ ସାକ୍ଷାତ କରିବା” ଭାବରେ ମନ୍ତବ୍ୟ ଦେଇଥିଲେ |ଅତ୍ୟଧିକ ବିବିଧ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଏବଂ ଘରୋଇକରଣ ଏବଂ ପ୍ରଜନନାର ଦୀର୍ଘ ଇତିହାସ ସୁନା ମାଛକୁ ମାଛର ଫିଜିଓଲୋଜି ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନ ପାଇଁ ଏକ ଉତ୍କୃଷ୍ଟ ଜେନେଟିକ୍ ମଡେଲ୍ ସିଷ୍ଟମ କରିଥାଏ |
ସଫଳତା
ଗୋଲ୍ଡଫିସ୍ ଜିନୋମ |
JPacBio ଏବଂ Illumina ଯୁଗଳ-ଶେଷ କ୍ରମର ତଥ୍ୟର ମଲମ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏକ ପ୍ରାରମ୍ଭିକ 1.657 G ଡ୍ରାଫ୍ଟ ଆସେମ୍ବଲି (Contig N50 = 474 Kb) ଉତ୍ପାଦନ କରେ |ବିୟାନାନୋ ଅପ୍ଟିକାଲ୍ ମାନଚିତ୍ର ସୃଷ୍ଟି କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ବିଧାନସଭାକୁ 1.73 Gb ଆକାରରେ ସଂଶୋଧନ କରାଯାଇଥିଲା (ଆନୁମାନିକ ଜିନୋମ ଆକାର: 1.8 Gb) |ହାଇ-ସି ଆଧାରିତ ବିଧାନସଭା 606 Kb ରୁ 31.84 Mb ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ସ୍କାଫୋଲ୍ଡ N50 କୁ ଆହୁରି ଉନ୍ନତ କଲା ଏବଂ 95.75% (1.65 Gb) ଆଧାରିତ ଏବଂ ଆଙ୍କୋରିଂ ହାରକୁ ଅର୍ଡର କଲା |ଏହି ଜିନୋମରେ 56,251 କୋଡିଂ ଜିନ୍ ଏବଂ 10,098 ଲମ୍ବା ଅଣ-କୋଡିଂ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ଅଛି |ଅଧିକନ୍ତୁ, 50 କ୍ରୋମୋଜୋମ ମଧ୍ୟରୁ 38 ଟି ସମ୍ଭାବ୍ୟ ସେଣ୍ଟ୍ରୋମେରିକ୍ ଅଞ୍ଚଳ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିଲା |
ଚିତ୍ର 1 ସୁନା ମାଛ ଜେନୋମ |
T50 ଟି ସୁନା ଫିସ୍ କ୍ରୋମୋଜୋମରେ ସବଜେନୋମର ସ୍ୱଚ୍ଛ ସେଟ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା ଯାହା ଏକ ପ୍ରାଚୀନ ହାଇବ୍ରିଡାଇଜେସନ୍ ଇଭେଣ୍ଟରୁ ଘଟିଥିଲା |ସୁନା ଫିସ୍ ଏବଂ ବାର୍ବିନା ମଧ୍ୟରେ ସମାନ୍ତରାଳ ପ read ଼ୁଥିବା କ୍ରୋମୋଜୋମର ସେଟ୍ ସବଜେନୋମ୍ A (ChrA01 ~ A25), ଅର୍ଥାତ୍ ବାର୍ବିନା ପାଇଁ ସାଧାରଣ ସବଜେନୋମ୍ ଏବଂ ଅବଶିଷ୍ଟାଂଶଗୁଡିକ ସବଜେନୋମ୍ B (ChrB01 ~ B25) ଭାବରେ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିଲା |
ଘରୋଇକରଣ ଏବଂ ଚୟନକାରୀ ସ୍ୱିପ୍ |
Aସମୁଦାୟ 16 ଟି ୱାଇଲ୍ଡ ପ୍ରକାର କ୍ରୁସିଆନ୍ କାର୍ପସ୍ ଏବଂ 185 ପ୍ରତିନିଧୀ ସୁନା ଫିସ୍ ପ୍ରକାରଗୁଡିକ ହାରାହାରି ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଗଭୀରତା ସହିତ ପ୍ରାୟ 12.5X ଗଭୀରତା ସହିତ 4.3 ଟେରାବେସ୍ ତଥ୍ୟ ସୃଷ୍ଟି କରୁଥିଲା |ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ପୁନ struction ନିର୍ମାଣ ଏବଂ PCA ବିଶ୍ଳେଷଣ ଅନ୍ୟ ସୁନା ମାଛ ଅପେକ୍ଷା ସାଧାରଣ ସୁନା ଫିସ୍ ଏବଂ କ୍ରୁସିଆନ୍ କାର୍ପ ମଧ୍ୟରେ ଏକ ନିବିଡ଼ ସମ୍ପର୍କକୁ ନିଶ୍ଚିତ କରେ, ଯାହା ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ ଦୁଇଟି ଧାଡିରେ ବିଭକ୍ତ |
Lଚାରିଟି ଉପପପ୍ୟୁଲେସନ୍ ଉପରେ ଡି କ୍ଷୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଘରୋଇକରଣ ସମୟରେ ଏକ ଜନସଂଖ୍ୟା ଜେନେଟିକ୍ ବଟ୍ଲେକ୍ ଏବଂ ସୁନା ଫିସରେ ଦୃ artificial କୃତ୍ରିମ ଚୟନକୁ ସମର୍ଥନ କରେ |ଜେନେଟିକ୍ ବିବିଧତା (π) କ୍ରୁସିଆନ୍ କାର୍ପରୁ ସାଧାରଣ ସୁନା ଫିସ୍ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ୱେନ୍ ସୁନା ଫିସ୍ ଏବଂ ଅଣ୍ଡା ସୁନା ଫିସ୍ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ବ dom ଼ିବା ସେମାନଙ୍କ ଗୃହପାଳିତ ସମୟରେ ଜେନେଟିକ୍ ପରିବର୍ତ୍ତନଗୁଡ଼ିକର ଏକ ମହତ୍ accum ପୂର୍ଣ୍ଣ ସଂଗ୍ରହକୁ ସୂଚିତ କରେ |ପ୍ରତିନିଧୀ ତଥ୍ୟରୁ (33 ଟି ସୁନା ଫିସ୍ ଏବଂ 16 କ୍ରୁସିଆନ୍ କ୍ରାପ୍) 25.2 Mb ଏବଂ 946 ଜିନ୍ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ 50 ଟି ସିଲେକ୍ଟିଭ୍ ସ୍ୱିପ୍ ଜେନୋମିକ୍ ଅଞ୍ଚଳ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |201 ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷଙ୍କ ପାଇଁ ବିଶ୍ଳେଷଣର ବିସ୍ତାର, 393 ଟି ଜିନ୍ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ସିଲେକ୍ଟ୍ ସ୍ୱିପ୍ ର ଅଞ୍ଚଳଗୁଡ଼ିକୁ ସୂଚିତ କରେ |ଏହି ଜିନ୍ ଗୁଡିକ ସ୍ୱଳ୍ପ ବିବିଧତାର ସନ୍ଧାନ ପାଇଲେ, ଯାହାକି ସୁନା ମାଛରେ ପ୍ରମୁଖ ଘରୋଇ ଗୁଣ ସହିତ ଜଡିତ ଫେନୋଟାଇପ୍ସରେ ସହାୟକ ହୋଇଥାଏ |
ଚିତ୍ର 3 ଜେନୋମ-ପ୍ରଶସ୍ତ ଘରୋଇକରଣ-ଜଡିତ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ଘରୋଇ ସୁନା ମାଛ ଉପରେ GWAS |
Dଓରସାଲ୍ ଫିନ୍ ହେଉଛି ଏକ ପ୍ରମୁଖ ବ feature ଶିଷ୍ଟ୍ୟ, ୱେନ୍ ସୁନା ଫିସ୍କୁ ଅଣ୍ଡା ସୁନା ଫିସ୍ ଠାରୁ ଭିନ୍ନ କରିଥାଏ |96 ୱେନ୍ ସୁନା ଫିସ୍ ଉପରେ GWAS ର ଡୋରସାଲ୍ ଫିନ୍ ଏବଂ 87 ଅଣ୍ଡା ସୁନା ଫିସ୍ 378 କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ମଧ୍ୟରେ 378 ପ୍ରାର୍ଥୀ ଜିନ୍ ବିସ୍ତାର କରିଥିଲା ଏବଂ ସବଜେନୋମ୍ ମଧ୍ୟରେ ଏହି ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକର ଅସମାନ ବଣ୍ଟନ ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଥିଲା |ଏହି ପ୍ରାର୍ଥୀ ଜିନ୍ ଉପରେ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ “ସେଲ୍ ଭୂପୃଷ୍ଠ ରିସେପ୍ଟର ସିଗନାଲ୍”, “ଟ୍ରାନ୍ସମେମ୍ବ୍ରେନ୍ ପରିବହନ”, “କଙ୍କାଳ ପ୍ରଣାଳୀ ବିକାଶ” ଇତ୍ୟାଦି ଜ bi ବ ପ୍ରକ୍ରିୟାକୁ ହାଇଲାଇଟ୍ କରାଯାଇଥିଲା |
ଘରୋଇ ସୁନା ମାଛ ଉପରେ ଡୋରସାଲ୍ ଫିନର ଚିତ୍ର 4 GWAS |
In ସ୍ୱଚ୍ଛ ସ୍କେଲ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଗୁଣଗୁଡିକର GWAS, ଗୋଟିଏ ଦୃ strong ସଙ୍ଗଠନ ଶିଖର ଚିହ୍ନଟ ହେଲା |ପ୍ରାର୍ଥୀ ଅଞ୍ଚଳ ମଧ୍ୟରୁ ଗୋଟିଏରେ ଟାଇରୋସିନ୍-ପ୍ରୋଟିନ୍ କିନାସେ ରିସେପ୍ଟର ଏକ ଜିନ୍ ଏନକୋଡିଂ କରାଯାଇଥିଲା |
ସ୍ୱଚ୍ଛ ସ୍କେଲ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଗୁଣଗୁଡ଼ିକର ଚିତ୍ର 5 GWAS |
ସନ୍ଦର୍ଭ
Chen D et al।ସୁନା ମାଛର ବିବର୍ତ୍ତନଶୀଳ ଉତ୍ପତ୍ତି ଏବଂ ଘରୋଇ ଇତିହାସ (Carassius auratus) |PNAS (2020)
ସମ୍ବାଦ | ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ଅତ୍ୟାଧୁନିକ ସଫଳ ମାମଲା ବାଣ୍ଟିବା, ଉପନ୍ୟାସ ବ scientific ଜ୍ଞାନିକ ସଫଳତା ଏବଂ ଅଧ୍ୟୟନ ସମୟରେ ପ୍ରୟୋଗ କରାଯାଇଥିବା ବିଶିଷ୍ଟ କ ques ଶଳଗୁଡ଼ିକୁ କ୍ୟାପଚର କରିବା |
ପୋଷ୍ଟ ସମୟ: ଜାନୁଆରୀ -04-2022 |