ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଜେନୋମ ରିସେକେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ |
ଚାଇନାର ଜନସଂଖ୍ୟାରେ ସଂରଚନା ପ୍ରକାର ଏବଂ ଫେନୋଟାଇପ୍, ରୋଗ ଏବଂ ଜନସଂଖ୍ୟା ଆଡାପ୍ଟେସନ୍ ଉପରେ ଏହାର ପ୍ରଭାବ |
ନାନୋପୋର |PacBio |ପୁରା ଜିନୋମ ପୁନ - କ୍ରମ |ଗଠନମୂଳକ ପରିବର୍ତ୍ତନ କଲିଂ |
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ, ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଦ୍ୱାରା ନାନୋପୋର ପ୍ରୋମିଟିଅନ୍ କ୍ରମ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଥିଲା |
ହାଇଲାଇଟ୍ସ |
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ, ନାନୋପୋର ପ୍ରୋମିଟିଅନ୍ ପ୍ଲାଟଫ୍ରୋମ୍ ଉପରେ ଦୀର୍ଘ-ପଠନ କ୍ରମର ସାହାଯ୍ୟରେ ମାନବ ଜିନୋମରେ ଗଠନମୂଳକ ପରିବର୍ତ୍ତନ (SVs) ର ଏକ ସାମଗ୍ରିକ ଦୃଶ୍ୟ ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା, ଯାହା ଫେନୋଟାଇପ୍, ରୋଗ ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନରେ SV ଗୁଡ଼ିକର ବୁ understanding ାମଣାକୁ ଗଭୀର କରିଥାଏ |
ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନାଗୁଡିକ: 68 ଟି ଫେନୋଟାଇପିକ୍ ଏବଂ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ମାପ ସହିତ 405 ସମ୍ପର୍କହୀନ ଚାଇନାର ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷଙ୍କ (206 ପୁରୁଷ ଏବଂ 199 ମହିଳା) ର ପେରିଫେରାଲ୍ ରକ୍ତ ଲ୍ୟୁକୋସାଇଟ୍ |ସମସ୍ତ ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ, 124 ବ୍ୟକ୍ତିବିଶେଷଙ୍କ ପ ancest ତୃକ ଅଞ୍ଚଳ ଉତ୍ତରରେ ପ୍ରଦେଶ ଥିଲା, 198 ଜଣଙ୍କ ମଧ୍ୟରୁ ଦକ୍ଷିଣ, 53 ଟି ସାଉଥ୍ ୱେଷ୍ଟ ଏବଂ 30 ଜଣ ଜଣା ନଥିଲେ |
ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଷ୍ଟ୍ରାଟେଜୀ: ନାନୋପୋର 1D ପ s ଼ା ଏବଂ ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ହାଇଫି ପ s ଼ୁଥିବା ପୁରା ଜିନୋମ ଲଙ୍ଗ-ରିଡ କ୍ରମ (LRS) |
କ୍ରମିକ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ନାନୋପୋର PromethION;PacBio Sequel II |
ସଂରଚନା ଭେରିଏସନ କଲିଂ |
ଚିତ୍ର 1. SV କଲିଂ ଏବଂ ଫିଲ୍ଟରିଂର କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ମୁଖ୍ୟ ସଫଳତା |
ସଂରଚନା ପରିବର୍ତ୍ତନ ଆବିଷ୍କାର ଏବଂ ବ valid ଧତା |
ନାନୋପୋର ଡେଟସେଟ୍: ପ୍ରୋମିଥେନ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ ସମୁଦାୟ 20.7 Tb ପରିଷ୍କାର ପ read ଼ା, ପ୍ରତି ନମୁନାରେ ହାରାହାରି 51 Gb ଡାଟା ହାସଲ କରେ |17 ଗୁଣା ଗଭୀରତା |
ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ (GRCh38): ହାରାହାରି ମ୍ୟାପିଂ ହାର 94.1% ହାସଲ ହେଲା |ହାରାହାରି ତ୍ରୁଟି ହାର (12.6%) ଏକ ପୂର୍ବ ବେଞ୍ଚମାର୍କିଂ ଅଧ୍ୟୟନ (12.6%) ସହିତ ସମାନ ଥିଲା (ଚିତ୍ର 2 ବି ଏବଂ 2 ସି)
ସଂରଚନା ପରିବର୍ତ୍ତନ (SV) କଲିଂ: ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ପ୍ରୟୋଗ ହୋଇଥିବା SV କଲ୍ ଗୁଡିକ ସ୍ନିଫଲେସ୍, ନାନୋଭର୍ ଏବଂ ନାନୋଏସ୍ଭି ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରିଥିଲେ |ଅତି ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସୀ SV ଗୁଡିକ ଅତି କମରେ ଦୁଇ ଜଣ କଲର୍ ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ ଏବଂ ଗଭୀରତା, ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଏବଂ ଅଞ୍ଚଳ ଉପରେ ଫିଲ୍ଟରେସନ୍ ପାସ୍ ହୋଇଥିବା SV ଭାବରେ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିଲା |
ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାରେ ହାରାହାରି 18,489 (15,439 ରୁ 22,505 ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ) ଉଚ୍ଚ ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସୀ SV ଗୁଡିକ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |(ଚିତ୍ର 2d, 2e ଏବଂ 2f)
ଚିତ୍ର 2. ନାନୋପୋର ଡାଟାସେଟ ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ SV ର ସାମଗ୍ରିକ ଦୃଶ୍ୟ |
PacBio ଦ୍ୱାରା ବ id ଧତା: ଗୋଟିଏ ନମୁନାରେ ଚିହ୍ନିତ SVs (HG002, ଶିଶୁ) ଏକ PacBio HiFi ଡାଟାସେଟ ଦ୍ୱାରା ବ valid ଧ ହେଲା |ସାମଗ୍ରିକ ମିଥ୍ୟା ଆବିଷ୍କାର ହାର (FDR) 3.2% ଥିଲା, ଯାହା ନାନୋପୋର ପଠନ ଦ୍ୱାରା ଏକ ଅପେକ୍ଷାକୃତ ନିର୍ଭରଯୋଗ୍ୟ SV ପରିଚୟକୁ ଦର୍ଶାଇଥାଏ |
ଅନାବଶ୍ୟକ SV ଏବଂ ଜେନୋମିକ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ |
ଅନାବଶ୍ୟକ SV ଗୁଡିକ: ସମସ୍ତ ନମୁନାରେ SV ଗୁଡ଼ିକୁ ମିଶ୍ରଣ କରି 132,312 ଅଣ-ଅନାବଶ୍ୟକ SV ର ଏକ ସେଟ୍ ମିଳିଥିଲା, ଯେଉଁଥିରେ 67,405 DEL, 60,182 INS, 3,956 DUPs ଏବଂ 769 INV ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ |(ଚିତ୍ର 3a)
ବିଦ୍ୟମାନ SV ଡାଟାସେଟ ସହିତ ତୁଳନା: ଏହି ଡାଟାବେସକୁ ପ୍ରକାଶିତ TGS କିମ୍ବା NGS ଡାଟାସେଟ ସହିତ ତୁଳନା କରାଯାଇଥିଲା |ତୁଳନାତ୍ମକ ଚାରୋଟି ଡାଟାସେଟ ମଧ୍ୟରେ, LRS15, ଯାହାକି ଦୀର୍ଘ-ପ read ଼ା ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ (ପ୍ୟାକ୍ବିଓ) ର ଏକମାତ୍ର ଡାଟାସେଟ୍ ଅଟେ, ଏହି ଡାଟାସେଟ୍ ସହିତ ସର୍ବ ବୃହତ ଓଭରଲେପ୍ ଅଂଶୀଦାର କଲା |ଅଧିକନ୍ତୁ, ଏହି ଡାଟାସେଟରେ SV ର 53.3% (70,471) ପ୍ରଥମ ଥର ପାଇଁ ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଥିଲା |ପ୍ରତ୍ୟେକ SV ପ୍ରକାରକୁ ଦେଖିବା ଦ୍ୱାରା, ଦୀର୍ଘ-ପ read ଼ାଯାଇଥିବା ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଡାଟାସେଟ ସହିତ ପୁନରୁଦ୍ଧାର ହୋଇଥିବା INS ଗୁଡ଼ିକର ଅବଶିଷ୍ଟ ସର୍ଟ-ରିଡ୍ ତୁଳନାରେ ବହୁତ ଅଧିକ ଥିଲା, ସୂଚାଇଥାଏ ଯେ INS ଗୁଡ଼ିକର ଚିହ୍ନଟରେ ଲମ୍ବା-ପଠନ କ୍ରମ ବିଶେଷ ଭାବରେ ଦକ୍ଷ |(ଚିତ୍ର 3b ଏବଂ 3c)
ଚିତ୍ର 3. ପ୍ରତ୍ୟେକ SV ପ୍ରକାର ପାଇଁ ଅନାବଶ୍ୟକ SV ର ଗୁଣ |
ଜେନୋମିକ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ: କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ସହିତ SV ଗୁଡ଼ିକର ସଂଖ୍ୟା ଯଥେଷ୍ଟ ଜଡିତ |ଜିନ୍, ପୁନରାବୃତ୍ତି, DELs (ସବୁଜ), INS (ନୀଳ), DUP (ହଳଦିଆ) ଏବଂ INV (କମଳା) ବଣ୍ଟନ ଏକ ସର୍କୋସ୍ ଚିତ୍ରରେ ପ୍ରଦର୍ଶିତ ହୋଇଥିଲା, ଯେଉଁଠାରେ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ବାହୁର ଶେଷରେ SV ର ସାଧାରଣ ବୃଦ୍ଧି ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଥିଲା |(ଚିତ୍ର 3d ଏବଂ 3e)
SVs ର ଦ Length ର୍ଘ୍ୟ: INS ଏବଂ DEL ର ଦ D ର୍ଘ୍ୟ DUP ଏବଂ INV ତୁଳନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ କମ୍ ବୋଲି ଜଣାପଡିଛି, ଯାହା PacBio HiFi ଡାଟାସେଟ୍ ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ ହୋଇଥିବା ସହିତ ସହମତ |ସମସ୍ତ ଚିହ୍ନିତ SV ଗୁଡ଼ିକର ଦ Length ର୍ଘ୍ୟ 395.6 Mb ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଯୋଡିଛି, ଯାହା ସମଗ୍ର ମାନବ ଜିନୋମର 13.2% ଦଖଲ କରିଛି |SV ଗୁଡିକ ହାରାହାରି ପ୍ରତ୍ୟେକ ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କ ପାଇଁ 23.0 Mb (ପାଖାପାଖି 0.8%) ଜିନୋମକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିଥିଲେ |(ଚିତ୍ର 3f ଏବଂ 3g)
SV ର କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ, ଫେନୋଟାଇପିକାଲ୍ ଏବଂ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ପ୍ରଭାବ |
ଫଙ୍କସନ୍ ର ପୂର୍ବାନୁମାନିତ କ୍ଷତି (pLoF) SVs: pLoF SV ଗୁଡ଼ିକୁ ସିଡିଏସ୍ ସହିତ ଇଣ୍ଟରାକ୍ଟିଭ୍ ଭାବରେ ବ୍ୟାଖ୍ୟା କରାଯାଇଥିଲା, ଯେଉଁଠାରେ କୋଡିଂ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ବିଲୋପ କରାଯାଇଥିଲା କିମ୍ବା ORF ଗୁଡିକ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରାଯାଇଥିଲା |1,681 ଜିନ୍ ର CDS କୁ ପ୍ରଭାବିତ କରୁଥିବା ମୋଟ 1,929 pLoF SV ଗୁଡିକ ଟିପ୍ପଣୀ କରାଯାଇଥିଲା |ସେଥିମଧ୍ୟରୁ, 38 ଟି ଜିନ୍ ଗୋ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ “ଇମ୍ୟୁନୋଗ୍ଲୋବୁଲିନ୍ ରିସେପ୍ଟର ବାଇଣ୍ଡିଂ” କୁ ହାଇଲାଇଟ୍ କରିଥିଲେ |ଏହି pLoF SV ଗୁଡିକ ଯଥାକ୍ରମେ GWAS, OMIM ଏବଂ COSMIC ଦ୍ୱାରା ଟିପ୍ପଣୀ କରାଯାଇଥିଲା |(ଚିତ୍ର 4a ଏବଂ 4b)
ଫେନୋଟାଇପିକ୍ ଏବଂ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ପ୍ରଯୁଜ୍ୟ SV ଗୁଡିକ: ନାନୋପୋର ଡାଟାସେଟରେ ଅନେକ SV ଫେନୋଟାଇପିକ୍ ଏବଂ କ୍ଲିନିକାଲ୍ ପ୍ରାସଙ୍ଗିକ ବୋଲି ଦର୍ଶାଯାଇଥିଲା |19.3 kb ର ଏକ ବିରଳ ହେଟେରୋଜାଇଗସ୍ DEL, ଆଲଫା-ଥାଲାସେମିଆର କାରଣ ବୋଲି ଜଣାଶୁଣା, ତିନି ଜଣ ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ହେମୋଗ୍ଲୋବିନ୍ ସୁବୁନିଟ୍ ଆଲଫା 1 ଏବଂ 2 (HBA1 ଏବଂ HBA2) ର ଅକ୍ଷମଣୀୟ ଜିନ୍ |ଜିନ୍ କୋଡିଂ ହେମୋଗ୍ଲୋବିନ୍ ସବନିଟ୍ ବିଟା (HBB) ଉପରେ 27.4 kb ର ଅନ୍ୟ ଏକ DEL ଅନ୍ୟ ଜଣେ ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କଠାରେ ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିଲା |ଏହି SV ଗୁରୁତର ହେମୋଗ୍ଲୋବିନୋପାଥି ସୃଷ୍ଟି କରୁଥିବା ଜଣା ପଡିଥିଲା |(ଚିତ୍ର 4c)
ଚିତ୍ର 4. ଫେନୋଟାଇପ୍ ଏବଂ ରୋଗ ସହିତ ଜଡିତ pLoF SV ଗୁଡିକ |
35 ହୋମୋଜାଇଗସ୍ ଏବଂ 67 ହେଟେରୋଜାଇଗସ୍ ବାହକରେ 2.4 kb ର ଏକ ସାଧାରଣ DEL ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ଗ୍ରୋଥ୍ ହୋମୋନ୍ ରିସେପ୍ଟର (GHR) ର ତୃତୀୟ ଏକ୍ସନ୍ ର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଅଞ୍ଚଳକୁ ଆବୃତ କରିଥାଏ |ହୋମୋଜାଇଗସ୍ ବାହକଗୁଡିକ ହେଟେରାଇଜୋଜସ୍ ତୁଳନାରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଛୋଟ ବୋଲି ଜଣାପଡିଛି (p = 0.033) |(ଚିତ୍ର 4d)
ଅଧିକନ୍ତୁ, ଏହି SV ଗୁଡିକ ଦୁଇଟି ଆଞ୍ଚଳିକ ଗୋଷ୍ଠୀ ମଧ୍ୟରେ ଜନସଂଖ୍ୟା ବିବର୍ତ୍ତନ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା: ଉତ୍ତର ଏବଂ ଦକ୍ଷିଣ ଚୀନ୍ |ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ SV ଗୁଡିକ Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 ଏବଂ 19 ରେ ବଣ୍ଟିତ ହୋଇଥିବା ଦେଖିବାକୁ ମିଳିଥିଲା, ଯେଉଁଥିରେ, ଶୀର୍ଷଗୁଡିକ ପ୍ରତିରକ୍ଷା କ୍ଷେତ୍ର ସହିତ ଜଡିତ ଥିଲେ, ଯେପରିକି IGH, MHC, ଇତ୍ୟାଦି ଏହା କଳ୍ପନା କରିବା ଯୁକ୍ତିଯୁକ୍ତ | ଜେନେଟିକ୍ ଡ୍ରିଫ୍ଟ ଏବଂ ଚାଇନାର ଉପ-ଜନସଂଖ୍ୟା ପାଇଁ ଦୀର୍ଘକାଳୀନ ଏକ୍ସପୋଜର ହେତୁ ଏହି SV ଗୁଡ଼ିକରେ ଭିନ୍ନତା ହୋଇପାରେ |
ସନ୍ଦର୍ଭ
ୱୁ, ଜିକୁନ୍, ଇତ୍ୟାଦି |ଚାଇନାର ଜନସଂଖ୍ୟାରେ ଗଠନମୂଳକ ପ୍ରକାର ଏବଂ ଫେନୋଟାଇପ୍, ରୋଗ ଏବଂ ଜନସଂଖ୍ୟା ଆଡାପ୍ଟେସନ୍ ଉପରେ ଏହାର ପ୍ରଭାବ |bioRxiv(2021)
ସମ୍ବାଦ ଏବଂ ହାଇଲାଇଟ୍ | ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ଅତ୍ୟାଧୁନିକ ସଫଳ ମାମଲା ବାଣ୍ଟିବା, ଉପନ୍ୟାସ ବ scientific ଜ୍ଞାନିକ ସଫଳତା ଏବଂ ଅଧ୍ୟୟନ ସମୟରେ ପ୍ରୟୋଗ କରାଯାଇଥିବା ବିଶିଷ୍ଟ କ ques ଶଳଗୁଡ଼ିକୁ କ୍ୟାପଚର କରିବା |
ପୋଷ୍ଟ ସମୟ: ଜାନୁଆରୀ -06-2022 |