GENOME EVOLUTION |
ପ୍ରକୃତି ଜେନେଟିକ୍ସ |
ଏକ ଉଚ୍ଚ-ଗୁଣାତ୍ମକ ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ରାଇ ଜେନୋମିକ୍ ବ characteristics ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଏବଂ କୃଷିଗତ ଭାବରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଆଲୋକିତ କରେ |
PacBio |ଇଲୁମିନା |Bionano ଅପ୍ଟିକାଲ୍ ମାନଚିତ୍ର |ହାଏ-ସି ଜେନୋମ ବିଧାନସଭା |ଜେନେଟିକ୍ ମାନଚିତ୍ର |ସିଲେକ୍ଟ୍ ସ୍ୱିପ୍ |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF-seq
ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ ପ୍ୟାସିଓ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍, ହାଇ-ସି ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଏବଂ ଡାଟା ଆନାଲିସିସ୍ ଉପରେ ବ technical ଷୟିକ ସହାୟତା ପ୍ରଦାନ କରିଛି |
ହାଇଲାଇଟ୍ସ |
1. ପ୍ରଥମ କ୍ରୋମୋଜୋମାଲ୍ ସ୍ତରର ଉଚ୍ଚ ଗୁଣବତ୍ତା ରାଇ ଜିନୋମ୍ ପ୍ରାପ୍ତ ହେଲା, ଯାହାର ଏକକ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ଆକାର 1 Gb ରୁ ଅଧିକ |
2. ଟୁ, ଆଏଟ୍ ଏବଂ ଏଚ୍ ଜେନୋମ ତୁଳନାରେ, ରାଇ ଜେନୋମରେ ଏକ ଅନନ୍ୟ ସାମ୍ପ୍ରତିକ LTR-RT ଘଟଣା ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ରାଇ ଜେନୋମ ଆକାରର ବିସ୍ତାର ପାଇଁ ଦାୟୀ ଥିଲା |
3. ରାଇ ଏବଂ ଡିପ୍ଲଏଡ୍ ଗହମ ମଧ୍ୟରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଗହମରୁ ବାର୍ଲି ଅଲଗା ହେବା ପରେ ଘଟିଥିଲା, ଦୁଇଟି ଇଭେଣ୍ଟ ପାଇଁ ଭିନ୍ନତା ସମୟ ପ୍ରାୟ 9.6 ଏବଂ 15 MYA |
ରାଇରେ ପ୍ରାରମ୍ଭିକ ହେଡିଙ୍ଗ୍ ଗୁଣକୁ FT ଜିନ୍ ଫସଫୋରୀଲେସନ୍ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କରିପାରେ |
4. ସିଲେକ୍ଟିଭ୍ ସ୍ୱିପ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ ହେଡିଙ୍ଗ୍ ତାରିଖର ନିୟନ୍ତ୍ରଣରେ ScID1 ର ସମ୍ଭାବ୍ୟ ସମ୍ପୃକ୍ତି ଏବଂ ରାଇରେ ଘରୋଇକରଣ ଦ୍ୱାରା ଏହାର ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଚୟନକୁ ସୂଚିତ କରେ |
ପୃଷ୍ଠଭୂମି
ପୃଷ୍ଠଭୂମି
ରାଇ ହେଉଛି ଏକ ମୂଲ୍ୟବାନ ଖାଦ୍ୟ ଏବଂ ଖାଇବା ଫସଲ, ଗହମ ଏବଂ ଟ୍ରାଇଟିକେଲ୍ ଉନ୍ନତି ପାଇଁ ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଜେନେଟିକ୍ ଉତ୍ସ ଏବଂ ଘାସରେ ଦକ୍ଷ ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମିକ୍ସ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ଏକ ଅପରିହାର୍ଯ୍ୟ ପଦାର୍ଥ |ଚାଇନାରେ ଚାଷ କରାଯାଉଥିବା ପ୍ରାରମ୍ଭିକ ଫୁଲର ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରକାରର ପାଉଡର ମୃଦୁ ଏବଂ ଷ୍ଟ୍ରାଇପ୍ କଳଙ୍କ ପ୍ରତି ଏହାର ବ୍ରଡ-ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ପ୍ରତିରୋଧକତା ହେତୁ ଉଲ୍ଲେଖନୀୟ |ରାଇ ଏଲିଟ୍ ଗୁଣଗୁଡିକର ଜେନେଟିକ୍ ଏବଂ ମଲିକୁଲାର୍ ଆଧାରକୁ ବୁ understand ିବା ଏବଂ ରାଇ ଏବଂ ଆନୁଷଙ୍ଗିକ ଫସଲରେ ଜେନୋମିକ୍ ଏବଂ ପ୍ରଜନନ ଅଧ୍ୟୟନକୁ ପ୍ରୋତ୍ସାହିତ କରିବା ପାଇଁ, ଆମେ ଏଠାରେ ୱେନିଂ ରାଇର ଜିନୋମକୁ କ୍ରମାନ୍ୱୟରେ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିଥିଲୁ |
ସଫଳତା
ରାଇ ଜେନୋମ |
ପ୍ୟାସିଓ SMRT ପଠନ, ସ୍ୱଳ୍ପ ପ read ଼ୁଥିବା ଇଲୁମିନା କ୍ରମ, ଏବଂ କ୍ରୋମାଟିନ୍ କନଫର୍ମେସନ୍ କ୍ୟାପଚର୍ (ହାଇ-ସି), ଜେନେଟିକ୍ ମ୍ୟାପିଙ୍ଗ୍ ଏବଂ ବାୟୋ ନାନୋ ବିଶ୍ଳେଷଣକୁ ମିଶାଇ ରାଇ ଜେନୋମ୍ ନିର୍ମାଣ କରାଯାଇଥିଲା |ଏକତ୍ରିତ କଣ୍ଟିଗ୍ସ (7.74 Gb) ଆନୁମାନିକ ଜିନୋମ ଆକାରର (78.86 Gb) ର .4 98..47%, ସାତୋଟି କ୍ରୋମୋଜୋମକୁ ଦିଆଯାଇଥିବା .3 93..67% କଣ୍ଟିଗ୍ସ (7.25 Gb) ସହିତ ରହିଥିଲା |ପୁନରାବୃତ୍ତି ଉପାଦାନଗୁଡ଼ିକ ଏକତ୍ରିତ ଜିନୋମର 90.31% ଗଠନ କରିଥିଲେ |
ରାଇ ଜେନୋମ |
ଜେନେଟିକ୍ ଲିଙ୍କେଜ୍ ମାନଚିତ୍ର (WJ) ଦୁଇଟି ରାଇ ଜମିର କ୍ରସିଂରୁ ଉତ୍ପନ୍ନ 295 F2 ଉଦ୍ଭିଦ ବ୍ୟବହାର କରି ବିକଶିତ ହେଲା (ୱେନିଂ × ଜିଙ୍ଗଜୋ)
ସାତୋଟି ଏକତ୍ରିତ ୱେନିଂ ରାଇ କ୍ରୋମୋଜୋମର ହାଇ-ସି ଯୋଗାଯୋଗ ମାନଚିତ୍ର (1R - 7R)
ୱେନିଂ ରାଇର ସାତଟି ଏକତ୍ରିତ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ଏବଂ Lo7 x Lo255 RIL ଜନସଂଖ୍ୟା ବ୍ୟବହାର କରି ବିକଶିତ ସାତୋଟି ରାଇଜ୍ ଗୋଷ୍ଠୀ ମଧ୍ୟରେ ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ୍ |
ରାଇ ଜିନୋମ୍ର LTR ବିଧାନସଭା ସୂଚକାଙ୍କ (LAI) ମୂଲ୍ୟ 18.42 ଏବଂ 1,440 ଉଚ୍ଚ ସଂରକ୍ଷିତ BUSCO ଜିନ୍ ମଧ୍ୟରୁ 1,393 (96.74%) ଚିହ୍ନଟ ହୋଇଥିବା ଜଣାପଡିଛି। ଏବଂ ଜେନିକ୍ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ |ସମୁଦାୟ 86,991 ପ୍ରୋଟିନ୍-କୋଡିଂ ଜିନ୍, 45,596 ଉଚ୍ଚ ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସ (HC) ଜିନ୍ ଏବଂ 41,395 ନିମ୍ନ ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସୀ ଜିନ୍ (LC) ଜିନ୍ ସହିତ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇଥିଲା |
2. TE ର ବିଶ୍ଳେଷଣ |
TE ର ବିଶ୍ଳେଷଣ |ମୋଟ 6.99 Gb, ୱେନିଂ ଆସେମ୍ବଲିର 90.31% ପ୍ରତିନିଧିତ୍ୱ କରୁଥିବା, ଟି ଭାବରେ ଟିପ୍ପଣୀ କରାଯାଇଥିଲା, ଯେଉଁଥିରେ 537 ପରିବାରର 2,671,941 ଉପାଦାନ ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ ଥିଲା |ଏହି TE ବିଷୟବସ୍ତୁ Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%), କିମ୍ବା Hv (80.80%) ପାଇଁ ରିପୋର୍ଟ ହୋଇଥିବା ତୁଳନାରେ ସ୍ପଷ୍ଟ ଭାବରେ ଅଧିକ ଥିଲା |ଲମ୍ବା ଟର୍ମିନାଲ୍ ପୁନରାବୃତ୍ତି ରିଟ୍ରୋଟ୍ରାନ୍ସପୋସନ୍ (LTR-RTs), ଜିପ୍ସୀ, କୋପିଆ ଏବଂ ଅଣସଂଗଠିତ RT ଉପାଦାନଗୁଡିକ, ପ୍ରାଧାନ୍ୟ ଟିସ୍ ଥିଲା, ଏବଂ ଟିପ୍ପଣୀ ହୋଇଥିବା TE ବିଷୟବସ୍ତୁର 84.49% ଏବଂ ଏକତ୍ରିତ ୱେନିଂ ଜିନୋମର 76.29%;CACTA DNA ଟ୍ରାନ୍ସପୋସନ୍ ଦ୍ most ିତୀୟ ସର୍ବାଧିକ ପ୍ରଚୁର TE ଥିଲା, ଟିପ୍ପଣୀ TE ବିଷୟବସ୍ତୁର 11.68% ଏବଂ ଏକତ୍ରିତ ୱେନିଂ ଜିନୋମର 10.55% |
ରାଇର ଟ୍ରାନ୍ସପୋସନ୍ ଉପାଦାନଗୁଡ଼ିକର ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ୱେନିଂ ରାଇରେ LTR-RT ଗୁଡ଼ିକର ସାଂପ୍ରତିକ ସନ୍ନିବେଶର ତୁଳନାତ୍ମକ ଭାବରେ ଅଧିକ ଅନୁପାତ ରହିଥିଲା ଯାହା ପ୍ରାୟ 0.5 ମିଲିୟନ୍ ବର୍ଷ ପୂର୍ବେ (MYA) ବୃଦ୍ଧି ପାଇଥିଲା, ଯାହା ଚାରୋଟି ପ୍ରଜାତି ମଧ୍ୟରେ ସଦ୍ୟତମ ଥିଲା;ଅନ୍ୟ ଶିଖର, ପ୍ରାୟ 1.7 MYA ଘଟିଥିଲା, ପୁରାତନ ଥିଲା ଏବଂ ବାର୍ଲିରେ ମଧ୍ୟ ଦେଖାଯାଇଥିଲା |ସୁପରଫ୍ୟାମିଲି ସ୍ତରରେ, 0.3 MYA ରେ ୱେନିଙ୍ଗ୍ ରାଇରେ କୋପିୟା ଉପାଦାନଗୁଡିକର ଅତି ନିକଟତମ ବିସ୍ଫୋରଣ ଦେଖିବାକୁ ମିଳିଥିଲା, ଯେତେବେଳେ ଜିପ୍ସୀ ଆରଟିଓର ବର୍ଦ୍ଧିତତା ମୁଖ୍ୟତ L LTR-RT ବିସ୍ଫୋରଣ ଗତିଶୀଳତାର ବିମୋଡାଲ୍ ବଣ୍ଟନ pattern ାଞ୍ଚାକୁ ଆକୃଷ୍ଟ କରିଥିଲା |
3. ରାଇ ଜିନୋମ ବିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସିନ୍ଥେନିର ଅନୁସନ୍ଧାନ |
ଗହମରୁ ବାର୍ଲି ଅଲଗା ହେବା ପରେ ରାଇ ଏବଂ ଡିପ୍ଲଏଡ୍ ଗହମ ମଧ୍ୟରେ ପାର୍ଥକ୍ୟ ଯଥାକ୍ରମେ 9.6 ଏବଂ 15 MYA ସହିତ ଘଟିଥିଲା |1R, 2R, 3R ଯଥାକ୍ରମେ ଗହମର ଗ୍ରୁପ୍ 1, 2 ଏବଂ 3 କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସହିତ ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଭାବରେ କଲିନାର୍ ଥିଲା |4R, 5R, 6R, 7R ବଡ଼ ଆକାରର ଫ୍ୟୁଜନ୍ ଏବଂ ସେଗମେଣ୍ଟଗୁଡିକ ଅଛି |
4. ଜିନ୍ ନକଲଗୁଡ଼ିକର ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ଷ୍ଟାର୍ ବାୟୋସିନ୍ଥେସିସ୍ ଜିନ୍ ଉପରେ ଏହାର ପ୍ରଭାବ |
ଉଲ୍ଲେଖଯୋଗ୍ୟ, ୱେନିଂ ରାଇର ଟାଣ୍ଡେମିଲି ନକଲ ଜିନ୍ (TDGs) ଏବଂ ପାଖାପାଖି ନକଲ ଜିନ୍ (PDGs) ସଂଖ୍ୟା Tu, Aet, Hv, Bd ଏବଂ Os ପାଇଁ ମିଳିଥିବା ତୁଳନାରେ ଅଧିକ ଥିଲା |ଟ୍ରାନ୍ସପୋଜେଡ୍ ନକଲ ଜିନ୍ (TrDGs) ମଧ୍ୟ Tu ଏବଂ Aet ପାଇଁ ବିଶେଷ ଭାବରେ ମିଳୁଥିବା ତୁଳନାରେ ଅଧିକ ଥିଲା |ରାଇ ଜିନୋମ ବିସ୍ତାର ସହିତ ଅଧିକ ସଂଖ୍ୟକ ଜିନ୍ ନକଲ ସହିତ ଆସିଥାଏ |ରାଇରେ ବର୍ଦ୍ଧିତ TE ବିସ୍ଫୋରଣ ହୁଏତ TrDG ଗୁଡ଼ିକର ଏକ ଉଚ୍ଚତର କାରଣ ହୋଇପାରେ |
ରାଇ ଜିନୋମର ବିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସିନ୍ଥେନି ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ରାଇ ଜିନ୍ ନକଲଗୁଡିକର ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ଷ୍ଟାର୍ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେସିସ୍ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଜିନ୍ (SBRGs) ର ବିବିଧତା ଉପରେ ଏହାର ପ୍ରଭାବ |
5. ରାଇ ମଞ୍ଜି ସଂରକ୍ଷଣ ପ୍ରୋଟିନ୍ (SSP) ଜିନ୍ ଲୋକିର ବିଚ୍ଛେଦ |
ଚାରିଟି କ୍ରୋମୋଜୋମାଲ୍ ଲୋକି (ସେକ୍ -1 ରୁ ସେକ୍ -4) ରାଇ SSP ଗୁଡ଼ିକୁ 1R କିମ୍ବା 2R ରେ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଛି |wheat- ଗ୍ଲିଆଡିନ୍ ଜିନ୍ ଗହମରେ ଏବଂ ଗହମରୁ ଗହମର ଭିନ୍ନତା ପରେ ନିକଟ ସମ୍ପର୍କିତ ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକରେ ବିକଶିତ ହୋଇଥିଲା |
6. ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ (TF) ଏବଂ ରୋଗ ପ୍ରତିରୋଧକ ଜିନ୍ ର ପରୀକ୍ଷା |
ରାଇ ସେକାଲିନ୍ ଲୋକୀର ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ୱେନିଂ ରାଇରେ ତୁ (1,621), ଆଟ୍ (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575), ଏବଂ A (1,836) ଅପେକ୍ଷା ଅଧିକ ରୋଗ ପ୍ରତିରୋଧକ (DRA) ଜିନ୍ (1,989, ସପ୍ଲିମେଣ୍ଟାରୀ ଡାଟା 3) ରହିଥିଲା | ), ସାଧାରଣ ଗହମର B (1,728) ଏବଂ D (1,888) ସବଜେନୋମ୍ |
7. ପ୍ରାରମ୍ଭିକ ଶିରୋନାମା ଗୁଣ ସହିତ ଜଡିତ ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକର ଅନୁସନ୍ଧାନ |
ଦୀର୍ଘ ଦିନର ଅବସ୍ଥାରେ ଅପେକ୍ଷାକୃତ ଅଧିକ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ସହିତ ଦୁଇଟି FT ଜିନ୍, ScFT1 ଏବଂ ScFT2, ୱେନିଙ୍ଗ୍ ଜିନୋମ୍ ଆସେମ୍ବଲିରେ ଟିପ୍ପଣୀ କରାଯାଇଥିଲା |ScFT2 (S76 ଏବଂ T132) ଫସଫୋରୀଲେସନ୍ ର ଦୁଇଟି ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ଅବଶିଷ୍ଟ ସମୟ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ହ୍ରାସ ସହିତ ସମ୍ପର୍କ ମିଳିଲା |
ବିକାଶଶୀଳ ଏବଂ ଜିନ୍ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ ୱେନିଂ ରାଇର ପ୍ରାରମ୍ଭିକ ହେଡିଙ୍ଗ୍ ଗୁଣ ସହିତ ଜଡିତ |
8. କ୍ରୋମୋଜୋମାଲ୍ ଅଞ୍ଚଳ ଏବଂ ଲୋୟର ଖଣି ସମ୍ଭବତ rye ରାଇ ଡୋମେଷ୍ଟିକେସନ୍ ସହିତ ଜଡିତ |
ଚାଷ ହୋଇଥିବା ରାଇ ଏବଂ ଏସ୍ ଭାଭିଲୋଭାଇ ମଧ୍ୟରେ ସେଲିଭେଟିଭ୍ ସ୍ୱିପ୍ ଆନାଲିସିସ୍ କରିବା ପାଇଁ ସମୁଦାୟ 123,647 SNP ବ୍ୟବହାର କରାଯାଇଥିଲା |ହ୍ରାସ ସୂଚକାଙ୍କ (DRI), ଫିକ୍ସିଂ ଇଣ୍ଡେକ୍ସ (FST) ଏବଂ XP-CLR ପଦ୍ଧତି ଦ୍ୱାରା ଚିହ୍ନିତ 11 ଟି ସିଲେକ୍ଟିଭ୍ ସ୍ୱିପ୍ ସିଗ୍ନାଲ୍ |ScID1 ହେଡିଙ୍ଗ୍ ତାରିଖର ନିୟାମନରେ ସମ୍ଭାବ୍ୟ ଯୋଗଦାନ ମିଳିଲା |
କ୍ରୋମୋଜୋମାଲ୍ ଅଞ୍ଚଳ ଏବଂ ଲୋକୀର ଚିହ୍ନଟ ଏବଂ ବିଶ୍ଳେଷଣ ସମ୍ଭବତ rye ରାଇ ଘରୋଇକରଣ ସହିତ ଜଡିତ |
ସନ୍ଦର୍ଭ
Li GW et al।ଏକ ଉଚ୍ଚ-ଗୁଣାତ୍ମକ ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ରାଇ ଜେନୋମିକ୍ ବ characteristics ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଏବଂ କୃଷି ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଆଲୋକିତ କରେ |ପ୍ରକୃତି ଜେନେଟିକ୍ସ (2021)
ସମ୍ବାଦ ଏବଂ ହାଇଲାଇଟ୍ | ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ଅତ୍ୟାଧୁନିକ ସଫଳ ମାମଲା ବାଣ୍ଟିବା, ଉପନ୍ୟାସ ବ scientific ଜ୍ଞାନିକ ସଫଳତା ଏବଂ ଅଧ୍ୟୟନ ସମୟରେ ପ୍ରୟୋଗ କରାଯାଇଥିବା ବିଶିଷ୍ଟ କ ques ଶଳଗୁଡ଼ିକୁ କ୍ୟାପଚର କରିବା |
ପୋଷ୍ଟ ସମୟ: ଜାନ -05-2022 |