ହାଏ-ସି ଆଧାରିତ ଜେନୋମ ବିଧାନସଭା |
ସେବା ସୁବିଧା
ହାଇ- C ର ସମୀକ୍ଷା
(ଲିବରମ୍ୟାନ୍-ଆଡେନ ଇ ଏବଂ ଅନ୍ୟ।,ବିଜ୍ଞାନ |, 2009)
Øକଣ୍ଟିଗ୍ ଆଙ୍କରିଂ ପାଇଁ ଜେନେଟିକ୍ ଜନସଂଖ୍ୟା ନିର୍ମାଣରେ କ need ଣସି ଆବଶ୍ୟକତା ନାହିଁ |
Øଉଚ୍ଚ ମାର୍କର ଘନତା 90% ରୁ ଅଧିକ ଉଚ୍ଚ କଣ୍ଟିଗ୍ସ ଆଙ୍କୋରିଙ୍ଗ ଅନୁପାତକୁ ନେଇଥାଏ |
Øବିଦ୍ୟମାନ ଜେନୋମ ସଭାଗୁଡ଼ିକରେ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ ଏବଂ ସଂଶୋଧନ ସକ୍ଷମ କରେ;
Øଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲିରେ ଅଧିକ ସଠିକତା ସହିତ କ୍ଷୁଦ୍ର ଟର୍ନ-ଟର୍ନ ସମୟ;
Ø500 ରୁ ଅଧିକ ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ ନିର୍ମିତ 1000 ରୁ ଅଧିକ ହାଇ- C ଲାଇବ୍ରେରୀ ସହିତ ପ୍ରଚୁର ଅଭିଜ୍; ତା;
Ø760 ରୁ ଅଧିକ ସଂଗ୍ରହକାରୀ ପ୍ରକାଶିତ ପ୍ରଭାବ କାରକ ସହିତ 100 ରୁ ଅଧିକ ସଫଳ ମାମଲା;
Øପଲିପ୍ଲଏଡ୍ ଜିନୋମ ପାଇଁ ହାଇ-ସି ଆଧାରିତ ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି, ପୂର୍ବ ପ୍ରୋଜେକ୍ଟରେ 100% ଆଙ୍କରିଂ ହାର ହାସଲ କରାଯାଇଥିଲା |
Øହାଇ-ସି ପରୀକ୍ଷଣ ଏବଂ ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ଘର ଭିତରର ପେଟେଣ୍ଟ ଏବଂ ସଫ୍ଟୱେର୍ କପିରାଇଟ୍ |
Øସ୍ developed- ବିକଶିତ ଭିଜୁଆଲାଇଜଡ୍ ଡାଟା ଟ୍ୟୁନିଂ ସଫ୍ଟୱେର୍, ମାନୁଆଲ୍ ବ୍ଲକ୍ ଚଳପ୍ରଚଳ, ଓଲଟା, ପ୍ରତ୍ୟାହାର ଏବଂ ପୁନ o ନିର୍ମାଣକୁ ସକ୍ଷମ କରିଥାଏ |
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
| କ୍ରମପ୍ଲାଟଫର୍ମ | | ଲାଇବ୍ରେରୀ | | ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ଗଭୀରତା | | ଆନୁମାନିକ ଟର୍ନ-ଟର୍ନ ସମୟ | | ବିଧାନସଭା |
| ଇଲୁମିନା | | 300-350 ବି.ପି. | ସରଳ ଜିନୋମ ≥ 100 × | ଜଟିଳ ଜିନୋମ ≥ 150 × | | 3 ମାସ | (ପ୍ରଜାତି ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି) | ଆଙ୍କରିଂ ଅନୁପାତ ≥ 90% (ପ୍ରଜାତି ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି) |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üକଞ୍ଚା ତଥ୍ୟ ଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ |
üହାଏ-ସି ଲାଇବ୍ରେରୀ ଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ |
üହାଏ-ସି ଆଧାରିତ ଜେନୋମ ସଭା |
üବିଧାନସଭା ପରବର୍ତ୍ତୀ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
ପଶୁମାନଙ୍କ ପାଇଁ:
1. ମାଂସପେଶୀ (ଫ୍ରିଜ୍): ≥ 2 g;
2. ପୁରା ରକ୍ତ (ଫ୍ରିଜ୍ ହୋଇନଥିବା): ml 2 ମିଲି (3 ଲାଇବ୍ରେରୀ ପାଇଁ)
ଉଦ୍ଭିଦ ପାଇଁ:
ବିହନ ବୁଣିବା (ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ ମଞ୍ଜିରୁ ଚାଷ କରାଯାଉଥିବା ଛୋଟ ବିହନ, ଟିସୁ ସଂସ୍କୃତି ବିହନ ଇତ୍ୟାଦି): ସମସ୍ତ ପତ୍ର ଏବଂ ଛୋଟ ଡାଳ ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ;
2. ପରିପକ୍ୱ ଉଦ୍ଭିଦ: ଷ୍ଟେମ୍ ଟିପ୍ ଏବଂ ଷ୍ଟେମ୍ ଟିପ୍ ନିକଟରେ ପ୍ରଥମ 1 କିମ୍ବା 2 ନୂତନ ପତ୍ର ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ |
* ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ପରିମାଣ ≥ 4 g |(ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ ପାଇଁ ତତ୍ତ୍ୱଗତ ବ୍ୟବହାର ହେଉଛି ଲାଇବ୍ରେରୀ ପ୍ରତି 1 g) |
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ବିତରଣ |
ପାତ୍ର: 2 ମିଲି ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ (ଟିଫିନ୍ ଫଏଲ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ ନାହିଁ)
ଅଧିକାଂଶ ନମୁନା ପାଇଁ, ଆମେ ଇଥାନଲରେ ସଂରକ୍ଷଣ ନକରିବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |
ନମୁନା ଲେବେଲିଂ: ନମୁନାଗୁଡିକ ସୂକ୍ଷ୍ମ ଭାବରେ ଲେବଲ୍ ହେବା ଆବଶ୍ୟକ ଏବଂ ଦାଖଲ ହୋଇଥିବା ନମୁନା ସୂଚନା ଫର୍ମ ପାଇଁ ସମାନ |
ପଠାଇବା: ଶୁଖିଲା ବରଫ: ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ପ୍ରଥମେ ବ୍ୟାଗରେ ପ୍ୟାକ୍ କରି ଶୁଖିଲା ବରଫରେ ପୋତି ଦିଆଯିବା ଆବଶ୍ୟକ |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
ହାଏ-ସି ପରୀକ୍ଷଣ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
*ଏଠାରେ ଦେଖାଯାଇଥିବା ଡେମୋ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ପ୍ରକାଶିତ ଜେନୋମରୁ |
1. ହାଇ-ସି ପାରସ୍ପରିକ ଉତ୍ତାପ ମାନଚିତ୍ରର |କ୍ୟାମ୍ପଟୋଥେକା ଆକ୍ୟୁମିନିଟା |ଜିନୋମ |ମାନଚିତ୍ରରେ ଦେଖାଯାଇଥିବା ପରି, ପାରସ୍ପରିକ କାର୍ଯ୍ୟର ତୀବ୍ରତା ର ar ଖ୍ୟ ଦୂରତା ସହିତ ନକାରାତ୍ମକ ଭାବରେ ସମ୍ବନ୍ଧିତ, ଯାହା ଏକ ଉଚ୍ଚ ସଠିକ୍ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସ୍ତରୀୟ ସମାବେଶକୁ ସୂଚିତ କରେ |(ଆଙ୍କରିଂ ଅନୁପାତ: 96.03%)
କାଙ୍ଗ୍ ଏଟ୍ ଆଲ୍।,ପ୍ରକୃତି ଯୋଗାଯୋଗ |, 2021
2. ହାଇ-ସି ମଧ୍ୟରେ ବିପରୀତତାର ବ ation ଧତାକୁ ସୁଗମ କଲା |ଗୋସିପିୟମ୍ ହିରସୁଟମ୍ |L. TM-1 A06 ଏବଂG. arboreumChr06
ୟାଙ୍ଗ Z et al।,ପ୍ରକୃତି ଯୋଗାଯୋଗ, 2019
3. କାସାଭା ଜିନୋମ SC205 ର ଆସେମ୍ବଲି ଏବଂ ବାୟାଲେଲିକ୍ ଭିନ୍ନତା |ହୋମୋଲୋଜି କ୍ରୋମୋଜୋମରେ ହାଇ-ସି ହିଟମ୍ୟାପ୍ ସ୍ପଷ୍ଟ ବିଭାଜନ ଦେଖାଇଲା |
ହୁ W et al।,ମଲିକୁଲାର ଉଦ୍ଭିଦ |, 2021
ଦୁଇଟି ଫିକସ୍ ପ୍ରଜାତିର ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ଉପରେ ହାଇ-ସି ଉତ୍ତାପ:F.microcarpa(ଆଙ୍କରିଂ ଅନୁପାତ: 99.3%) ଏବଂF.hispida (ଆଙ୍କରିଂ ଅନୁପାତ: 99.7%)
Zhang ାଙ୍ଗ ଏକ୍ସ ଏବଂ ଏଲ।,କକ୍ଷ, 2020
BMK କେସ୍ |
ବାଉଁଶ ଗଛର ଜିନୋମ ଏବଂ ପଲିଥିନେଟର ୱାସ୍ ଡିମ୍ବିରି-ୱାସ୍ କୋଭୋଲ୍ୟୁସନ୍ ବିଷୟରେ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରେ |
ପ୍ରକାଶିତ: କକ୍ଷ, 2020
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
F. microcarpaଜିନୋମ: ପାଖାପାଖି |84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaଜିନୋମ: ପାଖାପାଖି |97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
ଇଉପ୍ରିଷ୍ଟିନା ଭର୍ଟିକିଲାଟା |ଜିନୋମ: ପାଖାପାଖି |170 X PacBio RSII (65 Gb)
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
1. ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍, ହାଇ-ସି ଏବଂ ଲିଙ୍କେଜ୍ ମାନଚିତ୍ର ବ୍ୟବହାର କରି ଦୁଇଟି ବାଉଁଶ ଗଛର ଜିନୋମ ଏବଂ ଗୋଟିଏ ପଲିଥିନ୍ ୱାସ୍ ଜିନୋମ୍ ନିର୍ମାଣ କରାଯାଇଥିଲା |
(1)F. microcarpaଜିନୋମ: 908 Kb ର କଣ୍ଟିଗ୍ N50, BUSCO ସ୍କୋର 95.6% ସହିତ 426 Mb (ଆନୁମାନିକ ଜିନୋମ ଆକାରର 97.7%) ର ଏକ ସଭା ସ୍ଥାପିତ ହୋଇଥିଲା |ସମୁଦାୟ 423 Mb କ୍ରମଗୁଡିକ ହାଇ-ସି ଦ୍ 13 ାରା 13 କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସହିତ ଲଙ୍ଗର କରାଯାଇଥିଲା |ଜେନୋମ ଟିପ୍ପଣୀ 29,416 ପ୍ରୋଟିନ୍-କୋଡିଂ ଜିନ୍ ଉତ୍ପାଦନ କଲା |
(୨)F. Hispidaଜିନୋମ: 360 Mb ର ଏକ ସମାବେଶ (ଆନୁମାନିକ ଜିନୋମ ଆକାରର 97.3%) 492 Kb ର N50 ଏବଂ BUSCO ସ୍କୋର 97.4% ସହିତ ଅମଳ ହୋଇଥିଲା |ସମୁଦାୟ 359 Mb କ୍ରମଗୁଡିକ 14 କ୍ରୋମୋଜୋମବି ହାଇ-ସି ଉପରେ ଲଙ୍ଗର କରାଯାଇଥିଲା ଏବଂ ଉଚ୍ଚ-ସାନ୍ଦ୍ରତା ଲିଙ୍କେଜ୍ ମାନଚିତ୍ର ସହିତ ସମାନ |
(3)ଇଉପ୍ରିଷ୍ଟିନା ଭର୍ଟିକିଲାଟା |ଜେନୋମ: 387 Mb ର ଏକ ସଭା (ଆନୁମାନିକ ଜେନୋମ ଆକାର: 382 Mb) 3.1 Mb ର କଣ୍ଟିଗ N50 ଏବଂ BUSCO ସ୍କୋର 97.7% ସହିତ ଏକ ସଭା ସ୍ଥାପିତ ହୋଇଥିଲା |
2. ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଦ୍ between ାରା ଦୁଇଜଣଙ୍କ ମଧ୍ୟରେ ବହୁ ସଂଖ୍ୟକ ସଂରଚନା ଭିନ୍ନତା ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା |ଫିକସ୍ |ଜେନୋମ, ଯାହା ଆଡାପ୍ଟିଭ୍ ବିବର୍ତ୍ତନ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ଅମୂଲ୍ୟ ଜେନେଟିକ୍ ଉତ୍ସ ଯୋଗାଇଥାଏ |ଏହି ଅଧ୍ୟୟନ, ପ୍ରଥମ ଥର ପାଇଁ, ଜେନୋମିକ୍ ସ୍ତରରେ ଫିଗର୍-ୱାସ୍ କୋଭୋଲ୍ୟୁସନ୍ ବିଷୟରେ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କଲା |
 ଦୁଇଟିର ଜେନୋମିକ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଉପରେ ସର୍କସ୍ ଚିତ୍ର |ଫିକସ୍ |କ୍ରୋମୋଜୋମ୍, ସେଗମେଣ୍ଟାଲ୍ ନକଲ (SD), ଟ୍ରାନ୍ସପୋସନ୍ (LTR, TEs, DNA TEs), ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ଏବଂ ସିନ୍ଟେନି ସହିତ ଜିନୋମ | |  Y କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ଏବଂ ଲିଙ୍ଗ ନିର୍ଣ୍ଣୟ ପ୍ରାର୍ଥୀ ଜିନ୍ ର ପରିଚୟ | |
Zhang ାଙ୍ଗ, X., ଇତ୍ୟାଦି |ବାନିଆନ୍ ଗଛର ଜେନୋମ ଏବଂ ପଲିନେଟର ୱାସ୍ ଡିମ୍ବିର୍-ୱାସ୍ କୋଭୋଲ୍ୟୁସନ୍ରେ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରେ |କକ୍ଷ 183.4 (2020) |
