ଡି ନୋଭୋ |ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ-ପ୍ୟାକ୍ବିଓ |
ସେବା ସୁବିଧା
Ø3'- ଶେଷରୁ 5'- ଶେଷ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ଫୁଲ୍ ଲମ୍ବ cDNA ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର ସିଧାସଳଖ ପଠନ |
Øକ୍ରମ ଗଠନରେ ଆଇସୋ-ଫର୍ମ ସ୍ତରର ରେଜୋଲୁସନ |
Øଉଚ୍ଚ ସଠିକତା ଏବଂ ଅଖଣ୍ଡତା ସହିତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ |
ØVaiours ପ୍ରଜାତି ସହିତ ଅତ୍ୟଧିକ ସୁସଙ୍ଗତ |
ØPac ଟି ପ୍ୟାସିଓ ସିକ୍ୱେଲ୍ II ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ସହିତ ବଡ଼ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ କ୍ଷମତା |
Ø700 ରୁ ଅଧିକ ପ୍ୟାସିଓ-ଆଧାରିତ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ରୋଜେକ୍ଟ ସହିତ ଉଚ୍ଚ ଅଭିଜ୍ଞ |
ØBMKCloud- ଆଧାରିତ ଫଳାଫଳ ବିତରଣ: ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ କଷ୍ଟୋମାଇଜଡ୍ ଡାଟା-ଖଣି ଉପଲବ୍ଧ |
Øପ୍ରୋଜେକ୍ଟ ସମାପ୍ତ ହେବା ପରେ 3 ମାସ ପାଇଁ ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା ବ valid ଧ |
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: PacBio Sequel II |
କ୍ରମିକ ଲାଇବ୍ରେରୀ: ପଲି- ସମୃଦ୍ଧ mRNA ଲାଇବ୍ରେରୀ |
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ତଥ୍ୟ ଉତ୍ପାଦନ: 20 Gb / ନମୁନା (ପ୍ରଜାତି ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି)
FLNC （%） ≥ 75%
* FLNC: ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଅଣ-ଚିମେରିକ୍ ଟ୍ରାନ୍ସସିପ୍ |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üକଞ୍ଚା ତଥ୍ୟ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ |
üଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ପରିଚୟ |
üକ୍ରମ ଗଠନ |
üଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ପରିମାଣ
üକାର୍ଯ୍ୟ ଟିପ୍ପଣୀ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍:
| ପରିମାଣ | ସମୁଦାୟ ≥ 3 μg;କନକ୍।≥ 300 ng / μl;ଭଲ୍ୟୁମ୍ ≥ 10 μl | |
| ଅଖଣ୍ଡତା | ଉଦ୍ଭିଦ ପାଇଁ: RIN ≥ 7.5;ପଶୁମାନଙ୍କ ପାଇଁ: RIN ≥ 8;28S / 18S ≥ 1.0;ସୀମିତ କିମ୍ବା କ bas ଣସି ବେସ୍ ଲାଇନ୍ ଉଚ୍ଚତା ନାହିଁ | |
| ଶୁଦ୍ଧତା | OD260 / 280 ≥ 1.8;OD260 / 230 ≥ 1.0;260 nm ରେ ଶିଖର ସଫା କରନ୍ତୁ | |
| ଧ୍ୟାନ ଦିଅନ୍ତୁ | ପ୍ରୋଟିନ୍ କିମ୍ବା DNA ପ୍ରଦୂଷଣ ମାପ ଏବଂ ନମୁନାଗୁଡିକର QC ସ୍ତରକୁ ପ୍ରଭାବିତ କରିବାର ସମ୍ଭାବନା ଅଧିକ | |
ଟିସୁ: ଓଜନ (ଶୁଖିଲା):≥1 g
* 5 ମିଗ୍ରା ରୁ କମ୍ ଟିସୁ ପାଇଁ, ଆମେ ଫ୍ଲାସ୍ ଫ୍ରିଜ୍ (ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ) ଟିସୁ ନମୁନା ପଠାଇବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |
ସେଲ୍ ନିଲମ୍ବନ:କକ୍ଷ ଗଣନା = 3 × 10 |6- 1 × 107
* ଆମେ ଫ୍ରିଜ୍ ହୋଇଥିବା ସେଲ୍ ଲାଇସେଟ୍ ପଠାଇବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |ଯଦି ସେହି ସେଲ୍ 5 × 105 ରୁ କମ୍ ଗଣନା କରେ, ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ ଫ୍ଲାସ୍ ଫ୍ରିଜ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ, ଯାହା ମାଇକ୍ରୋ ଉତ୍ତୋଳନ ପାଇଁ ଅଧିକ ପସନ୍ଦ |
ରକ୍ତ ନମୁନା:ଭଲ୍ୟୁମ୍ 1 ମିଲି
ଅଣୁଜୀବ:ମାସ ≥ 1 g
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ବିତରଣ |
ଧାରଣକାରୀ:
2 ମିଲି ସେଣ୍ଟ୍ରିଫ୍ୟୁଜ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ (ଟିଫିନ୍ ଫଏଲ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ ନାହିଁ)
ନମୁନା ଲେବେଲିଂ: ଗୋଷ୍ଠୀ + ନକଲ ଯଥା A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
ପଠାଇବା:
1. ଶୁଖିଲା ବରଫ: ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ବ୍ୟାଗରେ ପ୍ୟାକ୍ କରି ଶୁଖିଲା ବରଫରେ ପୋତି ଦିଆଯିବା ଆବଶ୍ୟକ |
2. ଆରଏନ୍ଏଷ୍ଟେବଲ୍ ଟ୍ୟୁବ୍: RNA ନମୁନାଗୁଡିକ RNA ସ୍ଥିରତା ଟ୍ୟୁବରେ ଶୁଖାଯାଇପାରିବ (ଯଥା RNAstable®) ଏବଂ କୋଠରୀ ତାପମାତ୍ରାରେ ପଠାଯାଇପାରିବ |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
RNA ନିଷ୍କାସନ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
1.FLNC ଲମ୍ବ ବଣ୍ଟନ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣରେ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଅଣ-ଚିମେରିକ୍ ପଠନ (FLNC) ର ଲମ୍ବ ସୂଚାଏ |ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣର ଗୁଣବତ୍ତା ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରିବାରେ FLNC ଲମ୍ବ ବଣ୍ଟନ ଏକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ସୂଚକ |
FLNC ଲମ୍ବ ବଣ୍ଟନ ପ read ଼ନ୍ତୁ |
2. ସଂପୂର୍ଣ୍ଣ ORF ଅଞ୍ଚଳ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ବଣ୍ଟନ |
ୟୁନିଜେନ୍ ସେଟ୍ ସୃଷ୍ଟି କରିବା ପାଇଁ ପ୍ରୋଟିନ୍ କୋଡିଂ ଅଞ୍ଚଳ ଏବଂ ଅନୁରୂପ ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ କ୍ରମର ପୂର୍ବାନୁମାନ କରିବାକୁ ଆମେ ଟ୍ରାନ୍ସଡେକୋଡର୍ ବ୍ୟବହାର କରୁ, ଯାହା ସମସ୍ତ ନମୁନାରେ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଅନାବଶ୍ୟକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ସୂଚନା ଧାରଣ କରିଥାଏ |
ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ORF ଅଞ୍ଚଳ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ବଣ୍ଟନ |
3.KEGG ପଥ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ (DETs) NGB- ଆଧାରିତ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ତଥ୍ୟକୁ ପ୍ୟାକ୍ବିଓ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଡାଟା ଦ୍ୱାରା ଉତ୍ପନ୍ନ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ସେଟ୍ ଉପରେ ଆଲାଇନ୍ କରି ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇପାରିବ |ଏହି DET ଗୁଡିକ ବିଭିନ୍ନ କାର୍ଯ୍ୟକଳାପ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ଅଧିକ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରିପାରନ୍ତି, ଯଥା KEGG ପଥ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
DEG KEGG ପଥପଥ ସମୃଦ୍ଧ - ଡଟ୍ ପ୍ଲଟ୍ |
BMK କେସ୍ |
ପପୁଲସ୍ ଷ୍ଟେମ୍ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ର ବିକାଶମୂଳକ ଗତିଶୀଳତା |
ପ୍ରକାଶିତ: ଉଦ୍ଭିଦ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଜର୍ନାଲ୍ |, 2019
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ:ଷ୍ଟେମ୍ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ: ଆପେକ୍ସ, ପ୍ରଥମ ଇଣ୍ଟର୍ନୋଡ୍ (IN1), ଦ୍ୱିତୀୟ ଇଣ୍ଟର୍ନୋଡ୍ (IN2), ତୃତୀୟ ଇଣ୍ଟର୍ନୋଡ୍ (IN3), ଇଣ୍ଟର୍ନୋଡ୍ (IN4) ଏବଂ ନାନଲିନ୍ 895 ରୁ ଇଣ୍ଟର୍ନୋଡ୍ (IN5) |
NGS- କ୍ରମ:15 ଜଣ ବ୍ୟକ୍ତିଙ୍କ RNA କୁ ଗୋଟିଏ ଜ ological ବିକ ନମୁନା ଭାବରେ ପୁଲ କରାଯାଇଥିଲା |NGS କ୍ରମ ପାଇଁ ପ୍ରତ୍ୟେକ ପଏଣ୍ଟଗୁଡିକର ତିନୋଟି ଜ bi ବିକ ପ୍ରତିକୃତି ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା |
TGS- କ୍ରମ:ଷ୍ଟେମ୍ ଅଞ୍ଚଳଗୁଡିକ ତିନୋଟି ଅଞ୍ଚଳରେ ବିଭକ୍ତ କରାଯାଇଥିଲା, ଅର୍ଥାତ୍ ଆପେକ୍ସ, IN1-IN3 ଏବଂ IN4-IN5 |ପ୍ରତ୍ୟେକ ଅଞ୍ଚଳକୁ ଚାରି ପ୍ରକାରର ଲାଇବ୍ରେରୀ ସହିତ ପ୍ୟାକ୍ବିଓ କ୍ରମ ପାଇଁ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ଏବଂ 3-10 kb |
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
1. ସମୁଦାୟ 87150 ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ଯେଉଁଥିରେ 2081 ଉପନ୍ୟାସ ଆଇସୋଫର୍ମ ଏବଂ 62058 ଉପନ୍ୟାସ ବିକଳ୍ପ ବିଭାଜିତ ଆଇସୋଫର୍ମ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |
2.1187 lncRNA ଏବଂ 356 ଫ୍ୟୁଜନ୍ ଜିନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |
3. ପ୍ରାଥମିକ ଅଭିବୃଦ୍ଧି ଠାରୁ ଦ୍ secondary ିତୀୟ ଅଭିବୃଦ୍ଧି ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ, 998 ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ଜିନ୍ ଠାରୁ 15838 ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା |ସମସ୍ତ DEG ରେ, 1216 ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ଥିଲା, ଯାହା ମଧ୍ୟରୁ ଅଧିକାଂଶ ଏପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ରିପୋର୍ଟ ହୋଇନାହିଁ |
4.GO ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପ୍ରାଥମିକ ଏବଂ ଦ୍ secondary ିତୀୟ ଅଭିବୃଦ୍ଧିରେ କୋଷ ବିଭାଜନ ଏବଂ ଅକ୍ସିଡେସନ୍-ହ୍ରାସ ପ୍ରକ୍ରିୟାର ଗୁରୁତ୍ୱକୁ ପ୍ରକାଶ କଲା |
ବ spl କଳ୍ପିକ ବିଭାଜନ ଇଭେଣ୍ଟ ଏବଂ ଭିନ୍ନ ଆଇସୋଫର୍ମ |
ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ଉପରେ WGCNA ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ସନ୍ଦର୍ଭ
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al।ପପୁଲସ୍ ଷ୍ଟେମ୍ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ର ବିକାଶମୂଳକ ଗତିଶୀଳତା |ଉଦ୍ଭିଦ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲ୍ ଜେ। 2019; 17 (1): 206-219 |doi: 10.1111 / pbi.12958
