ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମିକ୍ସ |
ସେବା ସୁବିଧା
Øବିସ୍ତୃତ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପ୍ୟାକେଜ୍, ଯେଉଁଥିରେ ସାଧାରଣତ eight ଆଠଟି ଆବଶ୍ୟକୀୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ ରହିଥାଏ |
Øଫଳାଫଳ ଉପରେ ବିସ୍ତୃତ ଏବଂ ସହଜରେ ବୁ able ିବା ସହିତ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ ଉଚ୍ଚ ବିଶ୍ୱସନୀୟତା |
Øଭଲ-ପରିକଳ୍ପିତ ପ୍ରସ୍ତୁତ-ପ୍ରକାଶନ ସଂଖ୍ୟା |
Øଉଚ୍ଚ-କୁଶଳୀ ବାୟୋ ଇନଫର୍ମାଟିକ୍ସ ଦଳ ବିଭିନ୍ନ ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଦାବି ପୂରଣ କରେ |
Øବିଶ୍ଳେଷଣରେ ଅଧିକ ସଠିକତା ସହିତ କ୍ଷୁଦ୍ର ଟର୍ନ-ଟର୍ନ ସମୟ;
Ø900 ରୁ ଅଧିକ ସଫଳତାର ସହିତ 90 ରୁ ଅଧିକ ସଫଳ ମାମଲା ସହିତ ପ୍ରଚୁର ଅଭିଜ୍ଞତା;
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
| ଆନୁମାନିକ ଟର୍ନ-ଟର୍ନ ସମୟ | | ପ୍ରଜାତିର ସଂଖ୍ୟା | | ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ | |
| 30 କାର୍ଯ୍ୟଦିବସ | | 6 - 12 | ଜିନ୍ ପରିବାର କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ୍ | ଜିନ୍ ପରିବାରର ବିସ୍ତାର ଏବଂ ସଂକୋଚନ | ଫିଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗଛ ନିର୍ମାଣ | ବିବିଧତା ସମୟ ଆକଳନ (ଜୀବାଶ୍ମ କାଲିବ୍ରେସନ୍ ଆବଶ୍ୟକ) LTR ସନ୍ନିବେଶ ସମୟ (ଉଦ୍ଭିଦ ପାଇଁ) ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମ ନକଲ (ଉଦ୍ଭିଦ ପାଇଁ) ଚୟନ ଚାପ | ସନ୍ତୁଳନ ବିଶ୍ଳେଷଣ | |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üଜିନ୍ ପରିବାର |
üଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ସ |
üବିଭେଦ ସମୟ |
üଚୟନ ଚାପ |
üସନ୍ତୁଳନ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
ଜିନୋମ କ୍ରମ ଏବଂ ସମାବେଶ ପାଇଁ ଟିସୁ କିମ୍ବା DNA |
ପଶୁମାନଙ୍କ ପାଇଁ:
ମାଂସପେଶୀ (ଫ୍ରିଜ୍): ≥ 2 g;
ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ରକ୍ତ (ଫ୍ରିଜ୍ ହୋଇନଥିବା): ml 2 ମିଲି (3 ଲାଇବ୍ରେରୀ ପାଇଁ)
ଉଦ୍ଭିଦ ପାଇଁ:
ବିହନ ବୁଣିବା (ଉଦାହରଣ ସ୍ୱରୂପ ମଞ୍ଜିରୁ ଚାଷ କରାଯାଉଥିବା ଛୋଟ ବିହନ, ଟିସୁ ସଂସ୍କୃତି ବିହନ ଇତ୍ୟାଦି): ସମସ୍ତ ପତ୍ର ଏବଂ ଛୋଟ ଡାଳ ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ;
2. ପରିପକ୍ୱ ଉଦ୍ଭିଦ: ଷ୍ଟେମ୍ ଟିପ୍ ଏବଂ ଷ୍ଟେମ୍ ଟିପ୍ ନିକଟରେ ପ୍ରଥମ 1 କିମ୍ବା 2 ନୂତନ ପତ୍ର ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ |
* ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନା ପାଇଁ ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ପରିମାଣ ≥ 4 g |(ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ ପାଇଁ ତତ୍ତ୍ୱଗତ ବ୍ୟବହାର ହେଉଛି ଲାଇବ୍ରେରୀ ପ୍ରତି 1 g) |
DNA ପାଇଁ:
| ପ୍ଲାଟଫର୍ମ | | ପରିମାଣ | ଏକାଗ୍ରତା | | ଶୁଦ୍ଧତା |
| ନାନୋପୋର | | ≥10 μg | ≥ 150 ng / μL | | OD260 / 280 = 1.6-2.5 ସ୍ୱଚ୍ଛ ସମାଧାନ ଅନ୍-ଜେଲ୍: ସୀମିତ ଅବକ୍ଷୟ ଏବଂ ପ୍ରଦୂଷଣ ସହିତ ବ୍ୟାଣ୍ଡ ସଫା କରନ୍ତୁ | |
| PacBio (CCS) | ≥15 μg | ≥ 90 ng / μL | |
ତଥ୍ୟ
ଜେନୋମ କ୍ରମିକ ଫାଇଲଗୁଡିକ (.fasta) ଏବଂ ଘନିଷ୍ଠ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ପ୍ରଜାତିର ଟିପ୍ପଣୀ ଫାଇଲଗୁଡିକ (.gff3) |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
*ଏଠାରେ ଦେଖାଯାଇଥିବା ଡେମୋ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ପ୍ରକାଶିତ ଜେନୋମରୁ |
1.LTR ସମୟ ଆକଳନ ସନ୍ନିବେଶ କରନ୍ତୁ: ଚିତ୍ର ଅନ୍ୟ ପ୍ରଜାତି ତୁଳନାରେ ୱେନିଂ ରାଇ ଜିନୋମରେ LTR-RTs ସନ୍ନିବେଶ ସମୟରେ ଏକ ଅନନ୍ୟ ବିମୋଡାଲ୍ ବଣ୍ଟନକୁ ଦର୍ଶାଇଲା |ପ୍ରାୟ 0.5। Million ନିୟୁତ ବର୍ଷ ପୂର୍ବେ ସଦ୍ୟତମ ଶିଖର ଦେଖା ଦେଇଥିଲା |
ଲି ଗୁଆଙ୍ଗ ଇତ୍ୟାଦି,ପ୍ରକୃତି ଜେନେଟିକ୍ସ |, 2021
2. ଚାୟୋଟ୍ ଉପରେ ଫିଲୋଜେନି ଏବଂ ଜିନ୍ ପାରିବାରିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ (ସେଚିୟମ୍ ଏଡୁଲ୍): ଚାୟୋଟ୍ ଏବଂ ଜିନ୍ ପରିବାରରେ ଥିବା ଅନ୍ୟ 13 ଟି ପ୍ରଜାତିର ବିଶ୍ଳେଷଣ କରି ଚାୟୋଟ୍ ସାପ ଗୁଣ୍ଡ (ଟ୍ରାଇକୋସାଣ୍ଟସ୍ ଆଙ୍ଗୁଇନା) ସହିତ ଅତି ଘନିଷ୍ଠ ଥିବା ଜଣାପଡିଛି |ପ୍ରାୟ 27-45 ମିଆରେ ସାପ ଗୁଣ୍ଡରୁ ଉତ୍ପନ୍ନ ଚାୟୋଟ୍ ଏବଂ 25 ± 4 Mya ରେ ଚାୟୋଟ୍ ରେ ପୁରା ଜିନୋମ୍ ନକଲ (WGD) ପରିଲକ୍ଷିତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହାକି କ୍ୟୁକ୍ୟୁବିଟାସିଆର ତୃତୀୟ WGD ଘଟଣା |
Fu A et al।,ଉଦ୍ୟାନ କୃଷି ଅନୁସନ୍ଧାନ |, 2021
3. ସିନ୍ଟେନି ବିଶ୍ଳେଷଣ: ଫଳ ବିକାଶରେ ଫାଇଟୋହର୍ମୋନ୍ ସହିତ ଜଡିତ କିଛି ଜିନ୍ ଚାୟୋଟ୍, ସାପ ଗୁଣ୍ଡ ଏବଂ ସ୍କ୍ୱାସ୍ ରେ ମିଳିଥିଲା |ଚାୟୋଟ୍ ଏବଂ ସ୍କ୍ୱାସ୍ ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ପର୍କ ଚାୟୋଟ୍ ଏବଂ ସାପ ଗୁଣ୍ଡ ମଧ୍ୟରେ ସାମାନ୍ୟ ଅଧିକ |
Fu A et al।,ଉଦ୍ୟାନ କୃଷି ଅନୁସନ୍ଧାନ |, 2021
4. ପରିବାରର ବିଶ୍ଳେଷଣ: ଜି.ଥର୍ବେରୀ ଏବଂ ଜି.ଡାଭିଡସୋନି ଜେନୋମରେ ଜିନ୍ ପରିବାରର ସମ୍ପ୍ରସାରଣ ଏବଂ ସଂକୋଚନ ଉପରେ KEGG ସମୃଦ୍ଧତା ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ ଷ୍ଟେରଏଡ୍ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେସିସ୍ ଏବଂ ବ୍ରାସିନୋଷ୍ଟେରଏଡ୍ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେସିସ୍ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଜିନ୍ ବିସ୍ତାର କରାଯାଇଥିଲା |
ୟାଙ୍ଗ Z et al।,BMC ବାୟୋଲୋଜି |, 2021
5. ସମ୍ପୁର୍ଣ୍ଣ ଜିନୋମ ନକଲ ବିଶ୍ଳେଷଣ: 4DTV ଏବଂ Ks ବଣ୍ଟନ ବିଶ୍ଳେଷଣ ସମଗ୍ର ଜିନୋମ ନକଲ ଘଟଣାକୁ ଦର୍ଶାଇଲା |ଆନ୍ତରିକତାର ଶିଖରଗୁଡିକ ନକଲ ଇଭେଣ୍ଟଗୁଡିକ ଦେଖାଏ |ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ସ୍ଥାନଗୁଡିକର ଶିଖରଗୁଡିକ ସ୍ପେସିଏସନ୍ ଇଭେଣ୍ଟଗୁଡିକ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରେ |ବିଶ୍ଳେଷଣ ସୂଚାଇ ଦେଇଛି ଯେ ଅନ୍ୟ ତିନୋଟି ଘନିଷ୍ଠ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ପ୍ରଜାତି ସହିତ ତୁଳନା କଲେ, O. europaea ଏକ ବୃହତ ଆକାରର ଜିନ୍ ନକଲ ଦେଇ ଗତି କଲା |
ରାଓ ଜି ଏବଂ ଅନ୍ୟ।,ଉଦ୍ୟାନ କୃଷି ଅନୁସନ୍ଧାନ |, 2021
BMK କେସ୍ |
ପ୍ରିକଲ୍ ବିନା ଗୋଲାପ: ଆର୍ଦ୍ରତା ଆଡାପ୍ଟେସନ୍ ସହିତ ଜଡିତ ଜେନୋମିକ୍ ଇନ୍ସାଇଟ୍ସ |
ପ୍ରକାଶିତ: ଜାତୀୟ ବିଜ୍ଞାନ ସମୀକ୍ଷା, 2021
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
'ବାସି'ର |କଣ୍ଟାହୀନ |'(ଆର।ୱିଚୁରାଇନ୍) ଜିନୋମ:
ପାଖାପାଖି93 X PacBio + ପାଖାପାଖି |90 X ନାନୋପୋର + 267 X ଇଲୁମିନା |
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
1. ଉଚ୍ଚମାନର R.wichuraiana ଜେନୋମ ଦୀର୍ଘ-ପ read ଼ୁଥିବା ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ କ techniques ଶଳ ବ୍ୟବହାର କରି ନିର୍ମିତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହାକି 530.07 Mb ର ଏକ ସଭା ଉତ୍ପାଦନ କରେ (ଫ୍ଲୋ ସାଇଟୋମେଟ୍ରି ଦ୍ୱାରା ଆନୁମାନିକ ଜେନୋମ ଆକାର ପ୍ରାୟ 525.9 Mb ଏବଂ ଜେନୋମ ସର୍ଭେ ଦ୍ୱାରା 525.5 et ହେଟେରୋଜାଇଗୋସିଟି ପ୍ରାୟ 1.03%) |BUSCO ର ଆନୁମାନିକ ସ୍କୋର 93.9% ଥିଲା |“ପୁରୁଣା ବ୍ଲସ୍” (ହାପ୍ଲୋବ) ସହିତ ତୁଳନା କରିବା, ଏହି ଜିନୋମର ଗୁଣ ଏବଂ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣତା ବେସ୍ ସିଙ୍ଗଲ୍-ବେସ୍ ସଠିକତା ଏବଂ LTR ଆସେମ୍ବଲି ଇଣ୍ଡେକ୍ସ (LAI = 20.03) ଦ୍ୱାରା ନିଶ୍ଚିତ କରାଯାଇଥିଲା |R.wichuraiana ଜିନୋମରେ 32,674 ପ୍ରୋଟିନ୍ କୋଡିଂ ଜିନ୍ ଥାଏ |
2. ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମିକ୍ସ, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମିକ୍ସ, ଜେନେଟିକ୍ ଜନସଂଖ୍ୟାର QTL ବିଶ୍ଳେଷଣକୁ ନେଇ ମଲ୍ଟି-ଓମିକ୍ସ ମିଳିତ ବିଶ୍ଳେଷଣ, R. wichuraiana ଏବଂ Rosa chinensis ମଧ୍ୟରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ବିଶେଷତାକୁ ପ୍ରକାଶ କଲା |ଆହୁରି ମଧ୍ୟ, QTL ରେ ସମ୍ବନ୍ଧିତ ଜିନ୍ ଗୁଡିକର ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ପରିବର୍ତ୍ତନ ଷ୍ଟେମ୍ ପ୍ରିକଲ୍ ପ୍ୟାଟରିଂ ସହିତ ଜଡିତ ହେବାର ସମ୍ଭାବନା |
ବାସି; ର ଥର୍ନଲେସ୍ ଏବଂ ରୋସା ଚିନ୍ନାସିସ୍ ମଧ୍ୟରେ ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମିକ୍ସ ଆନାସେସିସ୍, ସିନ୍ଥେନି ଆନାଲିସିସ୍, ଜିନ୍ ଫ୍ୟାମିଲି କ୍ଲଷ୍ଟର, ବିସ୍ତାର ଏବଂ ସଂକୋଚନ ବିଶ୍ଳେଷଣ, ବହୁ ସଂଖ୍ୟକ ପରିବର୍ତ୍ତନକୁ ପ୍ରକାଶ କଲା, ଯାହା ଗୋଲାପରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଗୁଣ ସହିତ ଜଡିତ |NAC ଏବଂ FAR1 / FRS ଜିନ୍ ପରିବାରର ଅନନ୍ୟ ବିସ୍ତାର କଳା ଦାଗ ପ୍ରତିରୋଧ ସହିତ ଜଡିତ ହେବାର ସମ୍ଭାବନା ଅଧିକ |
BT ଏବଂ haploOB ଜେନୋମ ମଧ୍ୟରେ ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
Zhong, M., et al।“ପ୍ରିକଲ୍ ବିନା ଗୋଲାପ: ଆର୍ଦ୍ରତା ଆଡାପ୍ଟେସନ୍ ସହିତ ଜେନୋମିକ୍ ଇନ୍ସାଇଟ୍ସ” |ଜାତୀୟ ବିଜ୍ଞାନ ସମୀକ୍ଷା, 2021 ;, nwab092
