KUSINTHA KWA GENOME
chilengedwe
KUKAMBIRANA
Kutsatizana kwa ma genome kumawulula njira zobalalika padziko lonse lapansi ndikuwonetsa kusintha kwa ma genetic pakusintha kwa seahorse.
PacBio |Ilumina |Ndi-C |WGS |Mitundu Yosiyanasiyana |Mbiri Yambiri |Gene Flow
Kutsata kwa Pacbio, msonkhano wa genome de novo ndi ntchito zofotokozera zidaperekedwa ndi Biomarker Technologies.
Mfundo zazikuluzikulu
1.A high quality chromosome-level seahorse (Hippocampus erectus) genome yokhala ndi contig N50 ya 15.5 Mb inapezedwa.
2. Chiwerengero cha ma genome 358 ochokera padziko lonse lapansi mitundu 21 ya nsomba zam'madzi idasinthidwanso.
3. Maseahorses omwe adasinthika kumapeto kwa Oligocene komanso njira zotsatizana ndi atsamunda zapadziko lonse lapansi zimazindikirika ndikulumikizidwa ndi kusintha kwa mafunde am'nyanja komanso kutseguka kwapanyanja.
4.Maziko a chibadwa cha "bony spines" mobwerezabwereza phenotype yosinthika imagwirizanitsidwa ndi zolowa m'malo mwawokha mu jini lofunikira lachitukuko.
5. Rafting kudzera pa mafunde a m'nyanja amabwezera kusabalalika koyipa ndipo kusinthika mwachangu kumathandizira kulamulira malo atsopano.
Zopambana
Chithunzi cha 1 Kusiyanasiyana kwa majini ndi maubwenzi a phylogenetic a zitsanzo za 358 seahorse
aMalo ochitira zitsanzo za mahatchi am'nyanja okhala ndi zitsanzo zamitundu yosiyanasiyana ya nucleotide (π) yamitundu 21 yam'nyanja yam'madzi kudutsa ma chromosome 22.b Mtengo woyandikana nawo womangidwa ndi ma genome-wide SNPs a 358 seahorses.Zizindikiro za malo mu (a) ndi maziko a nthambi mu (b) zimagwirizana.
Chithunzi cha 2 Colonization ndi mbiri ya anthu am'madzi am'madzi
aMitengo ya Phylogenetic ndi nthawi ya kusiyana kwa mitundu 21 ya nsomba zam'madzi.Makulidwe a mzere wa nthambi amafanana ndi kuchuluka kwa anthu (Ne) ndipo mitundu imawonetsa mizere yosiyana.Zizindikiro I-III zimasonyeza malo owonetsera.b-d Njira zolosera za atsamunda (mivi yamitundu) ya mahatchi am'nyanja kutengera kusiyana kwa nthawi, kugawa, zochitika, ndi mafunde a m'nyanja (mivi yoyera).b The Indo-Australian Archipelago inali malo oyambira (chizindikiro chofiyira) chamtundu wa Hippocampus nsomba zam'madzi zisanasiyanitsidwe ndikubalalika padziko lonse lapansi 18-23 Ma.c Seahorses poyambilira adalamulira nyanja ya Atlantic kudzera mumsewu wotsegulira wa Tethyan, womwe, utatha kutsekedwa (Terminal Event nthawi ya 7-13 Ma), adalekanitsa mzera wa Tethyan uwu ndi mlongo wawo wa Indian Ocean.Yotsirizirayi, yomwe inasintha mofulumira (chizindikiro chachikasu) mu Nyanja ya Arabia, ndikukhazikitsa malo achiwiri a mitundu yosiyanasiyana ya nsomba zam'madzi.d Chochitika chachiwiri chokhazikika panyanja ya Atlantic Ocean chinachitika kuchokera ku Indian Ocean pafupifupi 5Ma podutsa nsonga ya South Africa, ndipo pomalizira pake anafika ku East Pacific Ocean kudzera mumsewu wotseguka wa Panama pafupifupi 3.6 Ma.
Chithunzi 3 Mayendedwe a majini ndi kusinthasintha kwa kuchuluka kwa anthu
aKutuluka kwa majini kumapezeka pakati pa zamoyo zomwe zimakhala ku South Atlantic Ocean.Kutuluka kwa ma gene kumawonetsedwa pafupi ndi mizere yoyera ngati kuchuluka kwa kusamuka komwe kumapangidwa ndi G-PhoCS.Makulidwe ndi komwe mivi imayendera zimayenderana ndi milingo ndi komwe kumachokera jini, motsatana.b Kusinthasintha kwa kuchuluka kwa anthu ndi PSMC.Mzere wa x umayimira nthawi m'zaka zisanachitike pomwe y axis imayimira kuchuluka kwa anthu.Ma chartwa amakonzedwa makamaka molingana ndi kugawidwa kwa malo kwa mtundu uliwonse wamtundu womwe uli ndi magawo osiyanasiyana ogawa.c Kusintha kwa mafunde a m'nyanja pazaka 1 miliyoni zapitazo mu mita33.Mzere wachikasu umawonetsa nsonga yomaliza yapadziko lonse lapansi pomwe mthunzi wa cyan ukuwonetsa nyengo yomaliza ya chisanu.
Chithunzi 4 Kusinthika kwa ma spines.
aKumanzere, mtengo wa Species ukuwonetsa kusinthika kodziyimira pawokha kwa ma spines mu ma seahorses.Kutalika kwa nthambi kumawonetsa kuchuluka kwa zolowa m'malo patsamba lililonse.Mitundu inayi yamtundu wa spiny seahorse imawonekera mu buluu.Nthambi zokhuthala zimayenderana ndi kuchuluka kwa masinthidwe osagwirizana ndi ofanana (dN/dS) a jini ya bmp3.Mayeso ovomerezeka a McDonald ndi Kreitman (MKT) amtundu wa bmp3 amtundu wa bmp3 adachitidwa pamitundu itatu ya alongo omwe ali ndi mawonekedwe osiyanasiyana a spiny komanso osakhala a spiny omwe amawonetsedwa ndi mitundu yakumbuyo, yomwe kufunikira kwake kumawonetsedwa ndi mtengo wa p wokhala ndi buluu ndi wofiyira motsatana.Kumanja, kuyerekezera kwa amino acid m'malo mwa mapuloteni a bmp3, ma polymorphic ndi okhazikika m'malo mwa spiny seahorses akuwonetsedwa ndi zozungulira zofiira ndi zabuluu, motsatana.b Kugawidwa kwa ma dN/dS mu bmp3 mu ma spiny seahorses poyerekeza ndi mitundu yosakhala ya spiny.c Chisinthiko chodziyimira pawokha pamtengo wa phylogenetic womangidwanso puloteni yolembedwa ndi bmp3.d Kusakanizidwa kwa Whole-mount in situ kwa bmp3 ku Hippocampus erectus.
Buku
Li C ndi al.Kutsatizana kwa ma genome kumawonetsa njira zobalalitsira padziko lonse lapansi ndikuwonetsa kusintha kwa ma genetic pakusintha kwa seahorse.Nat Commun.2021 Feb 17; 12(1):1094.
Nkhani ndi Mfundo Zazikulu ikufuna kugawana milandu yaposachedwa kwambiri ndi Biomarker Technologies, kujambula zomwe zakwaniritsa zasayansi komanso njira zodziwika bwino zomwe zimagwiritsidwa ntchito pophunzira.
Nthawi yotumiza: Jan-06-2022