Nkhani

Kukulitsa kwa Transposable element (TE) kwadziwika ngati mphamvu yoyendetsa kukula kwa ma genome ndi chisinthiko, koma zotsatira zake pakupanga mapangidwe a 3D genomic sizikudziwikabe muzomera.Apa, timapereka malipoti amtundu wamtundu wamitundu itatu wa thonje wowirikiza katatu kukula kwa ma genome, omwe ndiGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) ndiG. raimondii(D5), pogwiritsa ntchito Oxford Nanopore Technologies.Kuyerekeza kwa ma genome kumawonetsa tsatanetsatane wa kukulitsa kwamtundu wa TE komwe kumathandizira kusiyana kwakukulu kwa kukula kwa ma genome (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), ndikuwonetsa zomwe zili ndi majini otetezedwa komanso maubwenzi ogwirizana pakati pa ma genomes.Tidapeza kuti pafupifupi 17% ya majini a syntenic amawonetsa kusintha kwa chromatin pakati pazigawo zogwira ntchito ("A") ndi zosagwira ("B"), ndipo kukulitsa kwa TE kudalumikizidwa ndi kuchuluka kwa gawo la chipinda cha A m'magawo a jini (~ 7,000 majini. ) mu K2 ndi A2 wachibale ndi D5.Ndi 42% yokha ya malire a topologically associating domain (TAD) omwe adasungidwa pakati pa ma genome atatu.Zomwe timapeza zimaphatikizanso kukulitsa kwaposachedwa kwa ma TE kutsatira kupangidwa kwa malire a TAD okhudzana ndi mzere.Kafukufukuyu akuwunikira gawo la kukula kwa ma genome a transposon-mediated pakusinthika kwa mawonekedwe apamwamba a chromatin muzomera.