Enkeltkjerne RNA-sekvensering

Fremskrittet innen enkeltcellefangst og individuell bibliotekkonstruksjonsteknikk kombinert med sekvensering med høy gjennomstrømning tillater genekspresjonsstudier på celle-for-celle basis.Den muliggjør en dypere og fullstendig systemanalyse på komplekse cellepopulasjoner, der den i stor grad unngår maskering av deres heterogenitet ved å ta gjennomsnittet av alle celler.

Noen celler er imidlertid ikke egnet til å gjøres om til encellesuspensjon, så andre prøveforberedelsesmetoder - kjerneekstraksjon fra vev er nødvendig, det vil si at kjernen ekstraheres direkte fra vev eller celle og klargjøres til enkeltkjernesuspensjon for enkelt- cellesekvensering.

BMK tilbyr 10× Genomics ChromiumTM basert encellet RNA-sekvenseringstjeneste.Denne tjenesten har blitt mye brukt i studier på sykdomsrelaterte studier, som immuncelledifferensiering, tumorheterogenitet, vevsutvikling, etc.

Romlig transkriptombrikke: 10× Genomics

Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Bioinformatikk

Demo resultater

Teknisk prinsipp

Isoleringen av kjerner oppnås ved 10× Genomics ChromiumTM, som består av åtte-kanals mikrofluidikksystem med doble kryssinger.I dette systemet er en gelkule med strekkoder og primer, enzymer og en enkelt kjerne innkapslet i en oljedråpe på størrelse med nanoliter, og genererer Gel Bead-in-Emulsion (GEM).Når GEM er dannet, utføres cellelyse og frigjøring av strekkoder i hver GEM.mRNA blir omvendt transkribert til cDNA-molekyler med 10× strekkoder og UMI, som videre er underlagt standard sekvenseringsbibliotekkonstruksjon.

Vev ikke egnet for klargjøring av enkeltcellesuspensjon

Celle / vev	Grunnen til
Ufersk frosset vev	Kan ikke få ferske eller lenge lagrede organisasjoner
Muskelcelle, Megakaryocytt, Fett...	Cellediameteren er for stor til å gå inn i instrumentet
Lever…	For skjør til å bryte, klarer ikke å skille enkeltceller
Nevroncelle, hjerne...	Mer følsom, lett å stresse, vil endre sekvenseringsresultatene
Bukspyttkjertelen, skjoldbruskkjertelen...	Rik på endogene enzymer, som påvirker produksjonen av enkeltcellesuspensjon

Enkeltkjerne vs enkeltcelle

Enkeltkjerne	Encellet
Ubegrenset cellediameter	Cellediameter: 10-40 μm
Materialet kan være frosset vev	Materialet må være friskt vev
Lavt stress av frosne celler	Enzymbehandling kan forårsake cellestressreaksjon
Ingen røde blodlegemer må fjernes	Røde blodlegemer må fjernes
Nukleær uttrykker bioinformasjon	Hele cellen uttrykker bioinformasjon