-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq gir genomomfattende profilering av DNA-mål for histonmodifikasjon, transkripsjonsfaktorer og andre DNA-assosierte proteiner.Den kombinerer selektiviteten til kromatin-immunutfelling (ChIP) for å gjenopprette spesifikke protein-DNA-komplekser, med kraften til neste generasjons sekvensering (NGS) for sekvensering med høy gjennomstrømning av gjenvunnet DNA.I tillegg, fordi protein-DNA-kompleksene gjenvinnes fra levende celler, kan bindingssteder sammenlignes i forskjellige celletyper og vev, eller under forskjellige forhold.Bruksområder spenner fra transkripsjonsregulering til utviklingsveier til sykdomsmekanismer og utover.
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
-
Metagenomisk sekvensering -NGS
Metagenom refererer til en samling av totalt genetisk materiale fra et blandet samfunn av organismer, slik som miljømetagenom, menneskelig metagenom, etc. Det inneholder genomer av både dyrkbare og ikke-dyrkbare mikroorganismer.Metagenomisk sekvensering er et molekylært verktøy som brukes til å analysere de blandede genomiske materialene ekstrahert fra miljøprøver, som gir detaljert informasjon om artsmangfold og overflod, populasjonsstruktur, fylogenetisk forhold, funksjonelle gener og korrelasjonsnettverk med miljøfaktorer.
Plattform:Illumina NovaSeq-plattformen
-
Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Metagenomics er et molekylært verktøy som brukes til å analysere de blandede genomiske materialene ekstrahert fra miljøprøver, som gir detaljert informasjon om artsmangfold og overflod, populasjonsstruktur, fylogenetisk forhold, funksjonelle gener og korrelasjonsnettverk med miljøfaktorer, etc. Nanopore-sekvenseringsplattformer har nylig introdusert til metagenomiske studier.Dens enestående ytelse i leselengde forbedret i stor grad nedstrøms metagenomisk analyse, spesielt metagenomsammenstilling.Ved å dra fordeler av leselengde, er Nanopore-basert metagenomisk studie i stand til å oppnå mer kontinuerlig montering sammenlignet med hagle-geværmetagenomikk.Det har blitt publisert at Nanopore-basert metagenomikk med suksess genererte komplette og lukkede bakterielle genomer fra mikrobiomer (Moss, EL, et. al,Natur Biotech, 2020)
Plattform:Nanopore PromethION P48
-
Helgenom-bisulfittsekvensering
DNA-metylering i den femte posisjonen i cytosin (5-mC) har en grunnleggende innflytelse på genuttrykk og cellulær aktivitet.Unormale metyleringsmønstre har vært assosiert med flere tilstander og sykdommer, som kreft.WGBS har blitt gullstandarden for å studere genomomfattende metylering ved enkeltbaseoppløsning.
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
-
Analyse for Transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (ATAC-seq)
ATAC-seq er en sekvenseringsmetode med høy gjennomstrømning for analyse av kromatintilgjengelighet i hele genom, som er viktig for global epigenetisk kontroll av genuttrykk.Sekvenseringsadaptere settes inn i åpne kromatinregioner av hyperaktiv Tn5-transposase.Etter PCR-amplifisering blir et sekvenseringsbibliotek konstruert.Alle de åpne kromatinregionene kan oppnås under en spesifikk rom-tid-tilstand, ikke bare begrenset til bindingsstedene til en transkripsjonsfaktor, eller en viss histonmodifisert region.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Underenheten på 16S og 18S rRNA som inneholder både svært konserverte og hypervariable regioner er et perfekt molekylært fingeravtrykk for identifikasjon av prokaryote og eukaryote organismer.Ved å dra nytte av sekvensering, kan disse amplikonene målrettes basert på de konserverte delene, og de hypervariable regionene kan karakteriseres fullt ut for mikrobiell identifikasjon, noe som bidrar til studier som dekker mikrobiell mangfoldsanalyse, taksonomi, fylogeni, etc. Enkeltmolekyls sanntid (SMRT) ) sekvensering av PacBio-plattformen gjør det mulig å oppnå svært nøyaktige lange avlesninger, som kan dekke amplikoner i full lengde (ca. 1,5 Kb).Det utvidede synet på genetisk felt forbedret oppløsningen i artskommentarer i bakterier eller soppsamfunn.
Plattform:PacBio oppfølger II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikonsekvensering tar sikte på å avsløre fylogeni, taksonomi og artsoverflod i et mikrobielt samfunn ved å undersøke PCR-produkter av husholdningsgenetiske markører som inneholder både svært konverserte og hypervariable deler.Introduksjonen av disse perfekte molekylære fingeravtrykkene av Woeses et al, (1977) styrker isolasjonsfri mikrobiomprofilering.Sekvensering av 16S (bakterier), 18S (sopp) og Intern transkribert spacer (ITS, sopp) tillater identifikasjon av både rikelig arter så vel som sjeldne og uidentifiserte arter.Denne teknologien har blitt et mye brukt og viktig verktøy for å identifisere differensiell mikrobiell sammensetning i ulike miljøer, som menneskelig munn, tarm, avføring, etc.
Plattform:Illumina NovaSeq-plattformen
-
Re-sekvensering av hele genomet av bakterier og sopp
Re-sekvensering av hele genomet av bakterier og sopp er et kritisk verktøy for å komplettere genomene til kjente bakterier og sopp, samt for å sammenligne flere genomer eller kartlegge genomer til nye organismer.Det er av stor betydning å sekvensere hele genomer av bakterier og sopp for å generere nøyaktige referansegenomer, foreta mikrobiell identifikasjon og andre komparative genomstudier.
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
-
PacBio-full-lengde 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS)-plattformen er utviklet med mange års erfaring innen mikrobiell mangfoldsprosjektanalyse, som inneholder standardisert grunnleggende analyse og personalisert analyse: grunnleggende analyse dekker det vanlige analyseinnholdet i gjeldende mikrobiell forskning, analyseinnholdet er rikt og omfattende, og analyseresultater presenteres i form av prosjektrapporter;Innholdet i personalisert analyse er mangfoldig.Prøver kan velges og parametere kan settes fleksibelt i henhold til den grunnleggende analyserapporten og forskningsformålet, for å realisere personlige krav.Windows-operativsystem, enkelt og raskt.
-
PacBio-transkriptom i full lengde (ikke-referanse)
Ved å ta Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-sekvenseringsdata som input, er denne appen i stand til å identifisere transkripsjonssekvenser i full lengde (uten montering).Ved å kartlegge sekvenser i full lengde mot referansegenom, kan transkripsjoner optimaliseres av kjente gener, transkripsjoner, kodende regioner, etc. I dette tilfellet kan mer nøyaktig identifikasjon av mRNA-strukturer, som alternativ spleising, etc, oppnås.Fellesanalyse med NGS-transkriptomsekvenseringsdata muliggjør mer omfattende annotering og mer nøyaktig kvantifisering i uttrykk på transkripsjonsnivå, noe som i stor grad gagner nedstrøms differensialekspresjon og funksjonell analyse.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA-metyleringsforskning har alltid vært et hett tema innen sykdomsforskning, og er nært knyttet til genuttrykk og fenotypiske egenskaper.RRBS er en nøyaktig, effektiv og økonomisk metode for forskning på DNA-metylering.Anrikning av promotor- og CpG-øyregioner ved enzymatisk spaltning (Msp I), kombinert med Bisulfite-sekvensering, gir høyoppløselig DNA-metyleringsdeteksjon.
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
-
Prokaryotisk mRNA-sekvensering
mRNA-sekvensering muliggjør den omfattende profileringen av alle mRNA-transkripsjoner i celler under spesifikke forhold.Denne banebrytende teknologien fungerer som et potent verktøy som avslører intrikate genuttrykksprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer assosiert med ulike biologiske prosesser.MRNA-sekvensering, som er bredt brukt i grunnleggende forskning, klinisk diagnostikk og medikamentutvikling, og gir innsikt i vanskelighetene med cellulær dynamikk og genetisk regulering.Vår prokaryote mRNA-prøvebehandling er skreddersydd for prokaryote transkriptomer, som involverer rRNA-uttømming og retningsbestemt bibliotekforberedelse.
Plattform: Illumina NovaSeq X
