-
Enkeltkjerne RNA-sekvensering
Fremskrittet innen enkeltcellefangst og individuell bibliotekkonstruksjonsteknikk kombinert med sekvensering med høy gjennomstrømning tillater genekspresjonsstudier på celle-for-celle basis.Den muliggjør en dypere og fullstendig systemanalyse på komplekse cellepopulasjoner, der den i stor grad unngår maskering av deres heterogenitet ved å ta gjennomsnittet av alle celler.
Noen celler er imidlertid ikke egnet til å gjøres om til encellesuspensjon, så andre prøveforberedelsesmetoder - kjerneekstraksjon fra vev er nødvendig, det vil si at kjernen ekstraheres direkte fra vev eller celle og klargjøres til enkeltkjernesuspensjon for enkelt- cellesekvensering.
BMK tilbyr 10× Genomics ChromiumTM basert encellet RNA-sekvenseringstjeneste.Denne tjenesten har blitt mye brukt i studier på sykdomsrelaterte studier, som immuncelledifferensiering, tumorheterogenitet, vevsutvikling, etc.
Romlig transkriptombrikke: 10× Genomics
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
-
Plante-/dyre-helgenomsekvensering
Re-sekvensering av hele genomet, også kjent som WGS, gjør det mulig å avsløre både vanlige og sjeldne mutasjoner på hele genomet, inkludert Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) og Copy Number Variation (CNV) ).SV-er utgjør en større del av variasjonsbasen enn SNP-er og har større innvirkning på genomet, noe som har en betydelig effekt på levende organismer.Langlest resequencing muliggjør mer presis identifikasjon av store fragmenter og kompliserte variasjoner fordi lange lesninger gjør det mye lettere å kromosomal kryssing over kompliserte regioner som tandem-repetisjoner, GC/AT-rike regioner og hypervariable regioner.
Plattform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Romlig transkriptom
Romlig transkriptomikk står i forkant av vitenskapelig innovasjon, og gir forskere mulighet til å fordype seg i intrikate genuttrykksmønstre i vev samtidig som de bevarer deres romlige kontekst.Blant ulike plattformer har BMKGene utviklet BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, med enforbedret oppløsningpå 5 µM, når det subcellulære området og muliggjørinnstillinger for flernivåoppløsning.S1000-brikken, med omtrent 2 millioner flekker, bruker mikrobrønner lagdelt med perler lastet med romlig strekkodede fangprober.Et cDNA-bibliotek, beriket med romlige strekkoder, utarbeides fra S1000-brikken og sekvenseres deretter på Illumina NovaSeq-plattformen.Kombinasjonen av romlig strekkodede prøver og UMI-er sikrer nøyaktigheten og spesifisiteten til dataene som genereres.BMKManu S1000-brikkens unike egenskap ligger i dens allsidighet, og tilbyr flernivåoppløsningsinnstillinger som kan finjusteres til forskjellige vev og detaljnivåer.Denne tilpasningsevnen posisjonerer brikken som et enestående valg for ulike romlige transkriptomiske studier, og sikrer presis romlig klynging med minimalt med støy.
Ved å bruke BMKManu S1000-brikken og andre romlige transkriptomikk-teknologier kan forskere få en bedre forståelse av den romlige organiseringen av celler og de komplekse molekylære interaksjonene som skjer i vev, og gir uvurderlig innsikt i mekanismene som ligger til grunn for biologiske prosesser på et bredt spekter av felt, inkludert onkologi, nevrovitenskap, utviklingsbiologi, immunologi og botaniske studier.
Plattform: BMKManu S1000-brikke og Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics er en banebrytende teknologi som lar forskere undersøke genuttrykksmønstre i vev samtidig som de bevarer deres romlige kontekst.En kraftig plattform i dette domenet er 10x Genomics Visium kombinert med Illumina-sekvensering.Prinsippet til 10X Visium ligger på en spesialisert brikke med et angitt fangstområde hvor vevssnitt plasseres.Dette fangstområdet inneholder strekkodede flekker, som hver tilsvarer en unik romlig plassering i vevet.De fangede RNA-molekylene fra vevet merkes deretter med unike molekylære identifikatorer (UMI) under omvendt transkripsjonsprosessen.Disse strekkodede flekkene og UMI-ene muliggjør presis romlig kartlegging og kvantifisering av genuttrykk ved en enkeltcelleoppløsning.Kombinasjonen av romlig strekkodede prøver og UMI-er sikrer nøyaktigheten og spesifisiteten til dataene som genereres.Ved å bruke denne Spatial Transcriptomics-teknologien kan forskere få en dypere forståelse av den romlige organiseringen av celler og de komplekse molekylære interaksjonene som forekommer i vev, og tilby uvurderlig innsikt i mekanismene som ligger til grunn for biologiske prosesser på flere felt, inkludert onkologi, nevrovitenskap, utviklingsbiologi, immunologi og botaniske studier.
Plattform: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq
-
Full-lengde mRNA-sekvensering-Nanopore
Mens NGS-basert mRNA-sekvensering fungerer som et allsidig verktøy for kvantifisering av genuttrykk, begrenser dens avhengighet av korte lesninger effektiviteten i komplekse transkriptomiske analyser.Nanopore-sekvensering, på den annen side, bruker langlest teknologi, som muliggjør sekvensering av full-lengde mRNA-transkripsjoner.Denne tilnærmingen letter en omfattende utforskning av alternativ spleising, genfusjoner, polyadenylering og kvantifisering av mRNA-isoformer.
Nanopore-sekvensering er avhengig av nanopore-elektriske sanntidssignaler med ett molekyl.Veiledet av motorproteiner binder dobbelttrådet DNA seg til nanoporeproteiner innebygd i en biofilm, og vikles av når det passerer gjennom nanoporekanalen under en spenningsforskjell.De karakteristiske elektriske signalene generert av forskjellige baser på DNA-tråden blir oppdaget og klassifisert i sanntid, noe som letter nøyaktig og kontinuerlig nukleotidsekvensering.Denne innovative tilnærmingen overvinner begrensninger for kortlesing og gir en dynamisk plattform for intrikate genomiske analyser, inkluderer komplekse transkriptomiske studier.
Plattform: Nanopore Promethion P48
-
Full-lengde mRNA-sekvensering -PacBio
Mens NGS-basert mRNA-sekvensering er et allsidig verktøy for å kvantifisere genuttrykk, begrenser dens avhengighet av korte lesninger bruken i komplekse transkriptomiske analyser.PacBio-sekvensering (Iso-Seq), på den annen side, bruker langlest teknologi, som muliggjør sekvensering av full-lengde mRNA-transkripsjoner.Denne tilnærmingen letter en omfattende utforskning av alternativ spleising, genfusjoner og polyadenylering, selv om det ikke er det primære valget for kvantifisering av genuttrykk, på grunn av den høye mengden data som kreves.
PacBio sekvenseringsteknologi er avhengig av enkeltmolekyls, sanntids (SMRT) sekvensering, og gir en klar fordel ved å fange full-lengde mRNA-transkripsjoner.Denne innovative tilnærmingen innebærer bruk av nullmodusbølgeledere (ZMW), mikrofabrikerte brønner som muliggjør sanntidsobservasjon av DNA-polymeraseaktivitet under sekvensering.Innenfor disse ZMW-ene syntetiserer PacBios DNA-polymerase en komplementær DNA-streng, og genererer lange lesninger som spenner over hele mRNA-transkriptene.PacBio-operasjon i Circular Consensus Sequencing (CCS)-modus forbedrer nøyaktigheten ved å sekvensere det samme molekylet gjentatte ganger.De genererte HiFi-avlesningene har en nøyaktighet som kan sammenlignes med NGS, og bidrar ytterligere til en omfattende og pålitelig analyse av komplekse transkriptomiske funksjoner.Plattform: PacBio Sequel II
-
Eukaryotisk mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering muliggjør den omfattende profileringen av alle mRNA-transkripsjoner i celler under spesifikke forhold.Denne banebrytende teknologien fungerer som et potent verktøy som avslører intrikate genuttrykksprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer assosiert med ulike biologiske prosesser.MRNA-sekvensering, som er bredt brukt i grunnleggende forskning, klinisk diagnostikk og medikamentutvikling, og gir innsikt i vanskelighetene med cellulær dynamikk og genetisk regulering.
Plattform: Illumina NovaSeq X
-
Ikke-referansebasert mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering muliggjør den omfattende profileringen av alle mRNA-transkripsjoner i celler under spesifikke forhold.Denne banebrytende teknologien fungerer som et potent verktøy som avslører intrikate genuttrykksprofiler, genstrukturer og molekylære mekanismer assosiert med ulike biologiske prosesser.MRNA-sekvensering, som er bredt brukt i grunnleggende forskning, klinisk diagnostikk og medikamentutvikling, og gir innsikt i vanskelighetene med cellulær dynamikk og genetisk regulering.
Plattform: Illumina NovaSeq X
-
Lang ikke-kodende sekvensering-Illumina
Lange ikke-kodende RNA-er (lncRNA-er) er RNA-er som er lengre enn 200 nukleotider som har minimalt kodende potensial og er sentrale elementer i ikke-kodende RNA.Disse RNA-ene, som finnes i kjernen og cytoplasma, spiller avgjørende roller i epigenetisk, transkripsjonell og post-transkripsjonell regulering, og understreker deres betydning i utformingen av cellulære og molekylære prosesser.LncRNA-sekvensering er et kraftig verktøy i celledifferensiering, ontogenese og menneskelige sykdommer.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Liten RNA-sekvensering-Illumina
Små RNA (sRNA) molekyler, typisk under 200 nukleotider i lengde, inkluderer mikroRNA (miRNA), små interfererende RNA (siRNA) og piwi-interagerende RNA (piRNA).Blant disse er miRNA-er, rundt 20-24 nukleotider lange, spesielt bemerkelsesverdige for deres sentrale regulatoriske roller i forskjellige cellulære prosesser.Med vevsspesifikke og scenespesifikke uttrykksmønstre viser miRNA høy bevaring på tvers av forskjellige arter.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
circRNA-sekvensering-Illumina
Sirkulær RNA-sekvensering (circRNA-seq) er å profilere og analysere sirkulære RNA, en klasse av RNA-molekyler som danner lukkede sløyfer på grunn av ikke-kanoniske spleisehendelser, og gir disse RNA økt stabilitet.Mens noen circRNA-er har vist seg å fungere som mikroRNA-svamper, sekvestrere mikroRNA-er og forhindrer dem i å regulere mål-mRNA-ene, kan andre circRNA-er samhandle med proteiner, modulere genuttrykk eller ha roller i cellulære prosesser.circRNA-ekspresjonsanalyse gir innsikt i de regulatoriske rollene til disse molekylene og deres betydning i ulike cellulære prosesser, utviklingsstadier og sykdomstilstander, og bidrar til en dypere forståelse av kompleksiteten til RNA-regulering i sammenheng med genuttrykk.
-
Hel transkriptomsekvensering – Illumina
Hele transkriptomsekvensering tilbyr en omfattende tilnærming til profilering av forskjellige RNA-molekyler, som omfatter både kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA (lncRNA, circRNA og miRNA).Denne teknikken fanger opp hele transkriptomet til spesifikke celler på et gitt tidspunkt, noe som gir en helhetlig forståelse av cellulære prosesser.Også kjent som "total RNA-sekvensering", tar den sikte på å avdekke intrikate regulatoriske nettverk på transkriptomnivå, noe som muliggjør dybdeanalyse som konkurrerende endogent RNA (ceRNA) og felles RNA-analyse.Dette markerer det første skrittet mot funksjonell karakterisering, spesielt i å avdekke de regulatoriske nettverkene som involverer circRNA-miRNA-mRNA-baserte ceRNA-interaksjoner.
