-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq gir genomomfattende profilering av DNA-mål for histonmodifikasjon, transkripsjonsfaktorer og andre DNA-assosierte proteiner.Den kombinerer selektiviteten til kromatin-immunutfelling (ChIP) for å gjenopprette spesifikke protein-DNA-komplekser, med kraften til neste generasjons sekvensering (NGS) for sekvensering med høy gjennomstrømning av gjenvunnet DNA.I tillegg, fordi protein-DNA-kompleksene gjenvinnes fra levende celler, kan bindingssteder sammenlignes i forskjellige celletyper og vev, eller under forskjellige forhold.Bruksområder spenner fra transkripsjonsregulering til utviklingsveier til sykdomsmekanismer og utover.
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
-
Helgenom-bisulfittsekvensering
DNA-metylering i den femte posisjonen i cytosin (5-mC) har en grunnleggende innflytelse på genuttrykk og cellulær aktivitet.Unormale metyleringsmønstre har vært assosiert med flere tilstander og sykdommer, som kreft.WGBS har blitt gullstandarden for å studere genomomfattende metylering ved enkeltbaseoppløsning.
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
-
Analyse for Transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (ATAC-seq)
ATAC-seq er en sekvenseringsmetode med høy gjennomstrømning for analyse av kromatintilgjengelighet i hele genom, som er viktig for global epigenetisk kontroll av genuttrykk.Sekvenseringsadaptere settes inn i åpne kromatinregioner av hyperaktiv Tn5-transposase.Etter PCR-amplifisering blir et sekvenseringsbibliotek konstruert.Alle de åpne kromatinregionene kan oppnås under en spesifikk rom-tid-tilstand, ikke bare begrenset til bindingsstedene til en transkripsjonsfaktor, eller en viss histonmodifisert region.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA-metyleringsforskning har alltid vært et hett tema innen sykdomsforskning, og er nært knyttet til genuttrykk og fenotypiske egenskaper.RRBS er en nøyaktig, effektiv og økonomisk metode for forskning på DNA-metylering.Anrikning av promotor- og CpG-øyregioner ved enzymatisk spaltning (Msp I), kombinert med Bisulfite-sekvensering, gir høyoppløselig DNA-metyleringsdeteksjon.
Plattform: Illumina NovaSeq-plattformen
