Varmekart
Matrisedatafil brukes til varmekarttegning, som kan filtrere, normalisere og gruppere matrisedata.Det brukes mest til klyngeanalyse av genuttrykksnivå mellom forskjellige prøver.
Genanmerkning
Genfunksjonsannotering utføres ved å kartlegge sekvenser i FASTA-fil mot ulike databaser.
Genanmerkning
Grunnleggende søkeverktøy for lokal justering
CDS_UTR_Prediksjon
Dette verktøyet er designet for å forutsi kodende regioner (CDS) og ikke-kodende regioner (UTR) i gitte transkripsjonssekvenser basert på sprengning mot kjent proteindatabase og ORF-prediksjon.
Manhattan Plot
Manhattan-plot muliggjør visning av data med et stort antall datapunkter.Det brukes ofte i genom-wide assosiasjonsstudier (GWAS).
Circos
CIRCOS-diagram muliggjør direkte presentasjon av SNP, InDeL, SV, CNV-distribusjoner på genom.
GO_Berikelse
TopGO er et verktøy utviklet for funksjonell berikelse.TopGO-Bioconductor-pakken består av differensialekspresjonsanalyse, GO-anrikningsanalyse og visualisering av resultatene.Den vil generere en mappe med utdata kalt "Graph", som inneholder resultater for topGO_BP, topGO_CC og topGO_MF.
WGCNA
WGCNA er en mye brukt metode for datautvinning for å oppdage genkoekspresjonsmoduler.Den er anvendelig for ulike ekspresjonsdatasett inkludert mikroarray-data og genekspresjonsdata som stammer fra neste generasjons sekvensering.
InterProScan
InterPro proteinsekvensanalyse og klassifisering
GO_KEGG_Berikelse
Dette verktøyet er designet for å generere GO-anrikningshistogram, KEGG-anrikningshistogram og KEGG-anrikningsvei basert på gitt gensett og tilsvarende merknad.