GENOMEVOLUSJON
Genom De novo
Montering|Seksbestemmelse Hele sekvenseringsarbeidene og delvise bioinformatiske tjenester ble levert av Biomarker Techonologies.
Abstrakt
"Den ikoniske fenotypen av havdrager inkluderer bladlignende vedheng, en tannløs rørformet munn og mannlig graviditet som involverer inkubasjon av befruktede egg på en åpen "bredlapp".Vi de novo-sekvenserte mannlige og kvinnelige genomer av den vanlige havdragen (Phyllopteryx taeniolatus) og dens nært beslektede arter, alligatorpipefisken (Syngnathoides biaculeatus).Transkripsjonsprofiler fra en evolusjonær nyhet, de bladlignende vedhengene, viser at et sett med gener som typisk er involvert i finneutvikling har blitt valgt inn, så vel som en berikelse av transkripsjoner for potensielle vevsreparasjons- og immunforsvarsgener.Sebrafiskmutantene for scpp5, som går tapt i alle syngnathider, ble funnet å mangle eller ha deformerte svelgetenner, noe som støtter hypotesen om at tapet av scpp5 har bidratt til tap av tenner hos syngnathider.Et antatt kjønnsbestemmende locus som koder for et mannsspesifikt amhr2y-gen delt av vanlige havdrage- og alligatorrørfisk ble identifisert. ”
Materialer og metoder:
Materialer
Fvår vanlige havdrage (P. taeniolatus) og to alligator pipefish (S. biaculeatus) prøver.To vanlige sjødrage (en hann og en hunn) og to alligator pipefish (en hann og en hunn) individer ble brukt for hel-genom sekvensering, og to andre mannlige vanlige havdrage individer ble brukt til genom sekvensering.
Genomsekvenseringsstrategi
270/350 bp bibliotek (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) eller Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). sekvensering, og to andre mannlige vanlige sjødrageindivider ble brukt til genomresekvensering.
Transkriptomsekvensering
Feller vanlig havdrage, hjerne, øye, gjelle, lever, hjerte, nyre, mesenterium, tarm, muskler, finne, hud, bladlignende vedheng, testis og eggstokk ble samlet.
Genome de novo monteringsstrategi
Canu (Korreksjon) + WTDBG2 (Montering) + Pilon (polsk) + Lachesis (Hi-C).
Hovedresultater
Fig. 1. Hovedtrekk ved den vanlige havdragen (P. taeniolatus) og alligatorpipefisken (S. biaculeatus) og deres fylogenetiske posisjoner.
Fig. 2. Morfologi og genetisk sammensetning av bladlignende vedheng i vanlig havdrage (P. taeniolatus).
Fig. 3. Formodet kjønnsbestemmelsesgen i vanlig havdrage (P. taeniolatus) og alligatorpipefisk (S. biaculeatus).
Fig. 4. Pharyngeal tann fenotyper i sebrafisk scpp5 homozygote mutanter.
Innleggstid: Jan-08-2022