Nyheter

Transposable element (TE) amplifikasjon har blitt anerkjent som en drivkraft som medierer genomstørrelsesutvidelse og -evolusjon, men konsekvensene for å forme 3D genomisk arkitektur forblir stort sett ukjent i planter.Her rapporterer vi referansekvalitets genomsammenstillinger for tre arter av bomull som varierer tre ganger i genomstørrelse, nemligGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), ogG. raimondii(D5), ved bruk av Oxford Nanopore Technologies.Sammenlignende genomanalyser dokumenterer detaljene i avstamningsspesifikk TE-amplifisering som bidrar til de store genomstørrelsesforskjellene (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb), og indikerer relativt konservert geninnhold og syntenyforhold mellom genomer.Vi fant at omtrent 17 % av syntetiske gener viser kromatinstatusendring mellom aktive (“A”) og inaktive (“B”) avdelinger, og TE-amplifisering var assosiert med økningen av andelen A-kompartment i genregioner (~ 7000 gener ) i K2 og A2 i forhold til D5.Bare 42% av grensene for topologisk assosierende domene (TAD) ble bevart blant de tre genomene.Dataene våre impliserer nylig forsterkning av TE-er etter dannelse av avstamningsspesifikke TAD-grenser.Denne studien kaster lys over rollen til transposonmediert genomekspansjon i utviklingen av høyere ordens kromatinstruktur i planter.