GENOM
Kromosom-skala montering og analyse av biomasse avling Miscanthus lutarioriparius genom
Nanopore-sekvensering |Illumina |Hi-C |RNA-sekvensering |Fylogeni
I denne studien ga Biomarker Technologies teknisk støtte på Nanopore-sekvensering, de novo genommontering, Hi-C assistert montering, etc.
Abstrakt
Miscanthus, en rhizomatøs flerårig plante, har stort potensial for bioenergiproduksjon på grunn av sin høye biomasse og stresstoleranse.Vi rapporterer en sammenstilling av kromosomskala avMiscanthus lutarioripariusgenom ved å kombinere Oxford Nanopore-sekvensering og Hi-C-teknologier.2,07-Gb-enheten dekker 96,64% av genomet, med contig N50 på 1,71 Mb.Sentromer- og telomersekvensene er satt sammen for henholdsvis alle 19 kromosomer og kromosom 10.Allotetraploid opprinnelse til M. lutarioriparius bekreftes ved hjelp av sentromere satellitt-repetisjoner.Den tetraploide genomstrukturen og flere kromosomale omorganiseringer i forhold til sorghum er tydelig demonstrert.Tandem dupliserte gener avM. lutarioripariuser funksjonelle beriket ikke bare når det gjelder stressrespons, men også celleveggbiosyntese.Genfamilier relatert til sykdomsresistens, celleveggbiosyntese og metalliontransport er kraftig utvidet og utviklet.Utvidelsen av disse familiene kan være et viktig genomisk grunnlag for forbedring av bemerkelsesverdige egenskaper avM. lutarioriparius.
Nøkkelstatistikk for genomsamling
Figur.Oversikt over M. lutarioriparius-genomsamlingen
Nyheter og høydepunkter tar sikte på å dele de siste vellykkede tilfellene med Biomarker Technologies, fange nye vitenskapelige prestasjoner samt fremtredende teknikker brukt under studien.
Innleggstid: Jan-05-2022