Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Tjenestefordeler
● Høykvalitets montering – Forbedrer nøyaktigheten av artsidentifikasjon og funksjonell genprediksjon
● Lukket bakteriell genomisolering
● Kraftigere og mer pålitelig applikasjon i forskjellige områder, f.eks. påvisning av patogene mikroorganismer eller antibiotikaresistensrelaterte gener
● Komparativ metagenomanalyse
Tjenestespesifikasjoner
| Plattform | Sekvensering | Anbefalte data | Omløpstid |
| Nanopore | PÅ T | 6 G/10 G | 65 virkedager |
Bioinformatikkanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● Metagenommontering
● Ikke-redundant gensett og merknad
● Artsmangfoldsanalyse
● Genetisk funksjonsmangfoldsanalyse
● Intergruppeanalyse
● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer
Prøvekrav og levering
Prøvekrav og levering
Eksempelkrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Eksempeltype | Beløp | Konsentrasjon | Renhet |
| DNA-ekstrakter | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalt prøvetakingsprosedyre |
| Jord | Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon. |
| Avføring | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon. |
| Tarminnhold | Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør. |
| Slam | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon |
| Vann kropp | For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Saml minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør. |
Anbefalt prøvelevering
Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.
Servicearbeidsflyt
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
1. Varmekart: Artsrikdomsgruppering
2. Funksjonelle gener annotert til KEGG metabolske veier
3. Artskorrelasjonsnettverk
4. Circos of CARD antibiotikaresistensgener
BMK sak
Nanopore metagenomics muliggjør rask klinisk diagnose av bakteriell nedre luftveisinfeksjon
Publisert:Naturbioteknologi, 2019
Tekniske høydepunkter
Sekvensering: Nanopore MinION
Klinisk metagenomikk bioinformatikk: verts-DNA-utarming, WIMP og ARMA-analyse
Rask deteksjon: 6 timer
Høy følsomhet: 96,6 %
Nøkkelresultater
I 2006 forårsaket nedre luftveisinfeksjon (LR) 3 millioner menneskers død globalt.Den typiske metoden for LR1-patogendeteksjon er dyrking, som har dårlig følsomhet, lang omløpstid og er mangel på veiledning i tidlig antibiotikabehandling.En rask og nøyaktig mikrobiell diagnose har lenge vært et presserende behov.Dr. Justin fra University of East Anglia og hans partnere har utviklet en Nanopore-basert metagenomisk metode for patogendeteksjon.I henhold til deres arbeidsflyt kan 99,99 % av verts-DNA bli utarmet.Påvisning i patogener og antibiotikaresistente gener kan være ferdig på 6 timer.
Henvisning
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics muliggjør rask klinisk diagnose av bakteriell nedre luftveisinfeksjon.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
