Lang ikke-kodende sekvensering-Illumina
Tjenestefordeler
● Servicefordeler
● Cellulær og vevsspesifikk
● Spesifikt stadium uttrykker og presenterer dynamisk uttrykksendring
● Nøyaktige mønstre for tids- og romuttrykk
● Fellesanalyse med mRNA-data.
● BMKCloud-basert resultatlevering: Tilpasset datautvinning tilgjengelig på plattformen.
● Ettersalgstjenester gyldig i 3 måneder etter ferdigstillelse av prosjektet
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Data QC |
| rRNA-utarming | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85 % |
| Kons.(ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥6,5; For dyr: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
Nukleotider:
Vev: Vekt (tørr): ≥1 g
*For vev mindre enn 5 mg anbefaler vi å sende hurtigfrosset (i flytende nitrogen) vevsprøve.
Cellesuspensjon: Celletall = 3×107
*Vi anbefaler å sende frosset cellelysat.I tilfelle den cellen teller mindre enn 5×105, anbefales hurtigfryst i flytende nitrogen.
Blodprøver:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol og 2mL blod(TRIzol:Blod=3:1)
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
1.Tørris: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2.RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
1.LncRNA-klassifisering
LncRNA forutsagt av de fire programvarene ovenfor ble klassifisert i 4 kategorier: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA-klassifisering ble vist i histogrammet nedenfor.
LncRNA klassifisering
2. Cis-målrettede gener av DE-lncRNA anrikningsanalyse
ClusterProfiler ble brukt i GO-anrikningsanalyse på cis-målrettede gener av differensielt uttrykt lncRNA (DE-lncRNA), når det gjelder biologiske prosesser, molekylære funksjoner og cellulære komponenter.GO-anrikningsanalyse er en prosess for å identifisere DEG-rettet betydelig berikede GO-termer sammenlignet med hele genomet.De berikede termene ble presentert i histogram, boblediagram, etc. som vist nedenfor.
Cis-målrettede gener av DE-lncRNA anrikningsanalyse - Boblediagram
3. Ved å sammenligne lengden, eksontallet, ORF og ekspresjonsmengden av mRNA og lncRNA, kan vi forstå forskjellene i struktur, sekvens og så videre mellom dem, og også verifisere om det nye lncRNAet som er forutsagt av oss samsvarer med de generelle egenskapene.
BMK sak
Deregulert lncRNA-ekspresjonsprofil i muselungeadenokarsinomer med KRAS-G12D-mutasjon og P53-knockout
Publisert:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Sekvenseringsstrategi
Illumina
Prøvesamling
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) celler og negative kontroll (sh-Scr) celler ble oppnådd på dag 6 av en spesifikk virusinfeksjon.
Nøkkelresultater
Denne studien undersøker de avvikende uttrykte lncRNA-ene i musens lungeadenokarsinom med P53-knockout og KrasG12D-mutasjonen.
1,6424 lncRNA ble differensielt uttrykt (≥ 2 ganger endring, P < 0,05).
2. Blant alle 210 lncRNA-er (FC≥8) ble 11 lncRNA-ekspresjon regulert av henholdsvis P53, 33 lncRNA-er av KRAS og 13 lncRNA-er av hypoksi i de primære KP-cellene.
3.NONMMUT015812, som ble bemerkelsesverdig oppregulert i muselungeadenokarsinom og negativt regulert av P53-reekspresjonen, ble oppdaget for å analysere dens cellulære funksjon.
4.Knockdown av NONMMUT015812 av shRNA reduserte sprednings- og migrasjonsevner til KP-celler.NONMMUT015812 var et potensielt onkogen.
 KEGG-baneanalyse av de differensielt uttrykte genene i NONMMUT015812-knockdown KP-cellene |  Genontologianalyse av de differensielt uttrykte genene i NONMMUT015812-knockdown KP-cellene |
Henvisning
Deregulert lncRNA-ekspresjonsprofil i muselungeadenokarsinomer med KRAS-G12D-mutasjon og P53-knockout [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
