Hi-C basert Genome Assembly
Tjenestefordeler
Oversikt over Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Vitenskap, 2009)
● Ingen behov for å konstruere genetisk populasjon for contig-ankring;
● Høyere markørtetthet som fører til høyere contigs forankringsforhold på over 90 %;
● Muliggjør evaluering og korreksjoner på eksisterende genomsammenstillinger;
● Kortere omløpstid med høyere nøyaktighet i genomsamling;
● Rikelig erfaring med over 1000 Hi-C-biblioteker konstruert for over 500 arter;
● Over 100 vellykkede saker med akkumulert publisert effektfaktor på over 760;
● Hi-C basert genomsammenstilling for polyploid genom, 100 % forankringshastighet ble oppnådd i tidligere prosjekt;
● Interne patenter og programvareopphavsrett for Hi-C-eksperimenter og dataanalyse;
● Egenutviklet programvare for visualisert datainnstilling, muliggjør manuell blokkflytting, reversering, tilbaketrekking og omgjøring.
Tjenestespesifikasjoner
|
Bibliotektype
|
Plattform | Les lengde | Anbefal strategi |
| Hei-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatikkanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● Hi-C-bibliotekets kvalitetskontroll
● Hi-C basert genomsammenstilling
● Evaluering etter montering
Prøvekrav og levering
Eksempelkrav:
| Dyr | Sopp | Planter
|
| Frosset vev: 1-2g per bibliotek Celler: 1x 10^7 celler per bibliotek | Frosset vev: 1g per bibliotek | Frosset vev: 1-2g per bibliotek
|
| *Vi anbefaler på det sterkeste å sende minst 2 alikvoter (1 g hver) for Hi-C-eksperimentet. | ||
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
For de fleste prøvene anbefaler vi å ikke konservere i etanol.
Prøvemerking: Prøver må være tydelig merket og identiske med innsendt prøveinformasjonsskjema.
Forsendelse: Tørris: Prøver må først pakkes i poser og begraves i tørris.
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
DNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
*Demoresultatene vist her er alle fra genomer publisert med Biomarker Technologies
1.Hi-C interaksjon varme kart overCamptotheca acuminatagenom.Som vist på kartet er intensiteten av interaksjoner negativt korrelert med den lineære avstanden, noe som indikerer en svært nøyaktig sammenstilling på kromosomnivå.(Forankringsgrad: 96,03 %)
Kang M et al.,Naturkommunikasjon, 2021
2.Hi-C forenklet valideringen av inversjoner mellomGossypium hirsutumL. TM-1 A06 ogG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Naturkommunikasjon, 2019
3. Montering og biallelisk differensiering av kassava-genomet SC205.Hi-C varmekart vist tydelig splitt i homologe kromosomer.
Hu W et al.,Molekylær plante, 2021
4.Hi-C varmekart på to Ficus-arters genomsamling:F.microcarpa(forankringsgrad: 99,3%) ogF.hispida (forankringsforhold: 99,7 %)
Zhang X et al.,Celle, 2020
BMK sak
Genomene til Banyantreet og pollinatorvepsen gir innsikt i fikenvepsens koevolusjon
Publisert: Celle, 2020
Sekvenseringsstrategi:
F. microcarpa genom: Ca.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: Ca.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Nøkkelresultater
1.To banyantreegenom og ett pollinatorvepsgenom ble konstruert ved bruk av PacBio-sekvensering, Hi-C og koblingskart.
(1)F. microcarpagenom: En samling på 426 Mb (97,7 % av estimert genomstørrelse) ble etablert med contig N50 på 908 Kb, BUSCO-score på 95,6 %.Totalt ble 423 Mb-sekvenser forankret til 13 kromosomer med Hi-C.Genomannotering ga 29 416 proteinkodende gener.
(2)F. Hispidagenom: En samling på 360 Mb (97,3 % av estimert genomstørrelse) ble utbytte med contig N50 på 492 Kb og BUSCO-score på 97,4 %.Totalt 359 Mb-sekvenser ble forankret på 14 kromosomer med Hi-C og svært identiske med koblingskart med høy tetthet.
(3)Eupristina verticillatagenom: En samling på 387 Mb (estimert genomstørrelse: 382 Mb) ble etablert med contig N50 på 3,1 Mb og BUSCO-score på 97,7%.
2. Sammenlignende genomikkanalyse avdekket et stort antall strukturvariasjoner mellom toFicusgenomer, som ga uvurderlig genetisk ressurs for adaptive evolusjonsstudier.Denne studien ga for første gang innsikt i samevolusjon av fig-veps på genomisk nivå.
 Circos-diagram på genomiske trekk ved toFicusgenomer, inkludert kromosomer, segmentelle duplikasjoner (SD), transposoner (LTR, TE, DNA TE), genuttrykk og synteny |  Identifikasjon av Y-kromosom- og kjønnsbestemmelseskandidatgenet |
Zhang, X., et al."Genomer av Banyan Tree og Pollinator Wasp gir innsikt i Fig-Wasp Coevolution."Cell 183.4(2020).
