Dykk inn i potensialet ved å studere vill variasjon av forskningsarter, eksemplifisert ved en sentral sak fra BMKGENEs kunder.Nylig publisert i årets utgave av Plant Biotechnology Journal, står artikkelen med tittelen "Chromosome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield" som en verdifull referanse.
Det brasilianske gummitreet (Hevea brasiliensis) står høyt som en sentral naturgummikilde.Gjennom forrige århundre utløste tradisjonelle avlsmetoder en bemerkelsesverdig seksdobling i gummiproduksjonen.Likevel forblir det underliggende genetiske berggrunnen som er ansvarlig for potensiell forbedring av gummiutbyttet gåtefull.
Denne studien tok fatt på å konstruere et kromosomnivå-genom for det ville gummitreet, ved å bruke en synergi av Nanopore langlest sekvensering, Illumina NGS-sekvensering og Hi-C-teknologi.
Parallelt ble en samling av 147 kimplasmaressurser, omfattende variasjoner med høy avkastning, ville stammer og beslektede arter, satt sammen for omfattende hele genom-resequencing (WGS) ved bruk av Illumina-plattformen.De påfølgende sekvenseringsdataene gjennomgikk en streng populasjonsgenetikkanalyse, noe som muliggjorde disseksjon av populasjonsstruktur, mangfold og koblingsulikevekt.Denne analysen kaster lys over variasjoner i domestisering på tvers av populasjoner.
Ytterligere undersøkelser omfattet analyse som omfattet Fst, π, Tajimas D og LD, med sikte på å avsløre seleksjonssignaler som stammer fra forbedret latexutbytte, spesielt med fokus på Wickham-kloner.
Som kulminerte i en genomomfattende assosiasjonsanalyse (GWAS), ble markører knyttet til avkastningstrekk og deretter avkastningsrelaterte gener funnet.Innledende validering avslørte særegne transkripsjonsaktiviteter på tvers av forskjellige mutanter for to ERF-gener, og ga et foreløpig innblikk i deres funksjonelle betydning.Ytterligere bekreftelse er planlagt innen kommende forskning.
BMKGENE er stolte av å bidra til den omfattende hele genom-resekvenseringen av denne betydelige populasjonen, sammen med en betydelig rolle i bioinformatikkanalysen.Vår enorme erfaring omfatter NGS/TGS-sekvensering og multiomikk bioinformatikkanalyse på tvers av en rekke av 1000+ arter.Vi ser frem til muligheten til å samarbeide med deg om dine kommende prosjekter.
Klikk her for ålære mer om denne studien
Innleggstid: 29. august 2023