DNA/RNA-sekvensering – Nanopore-sekvensering

DNA/RNA-sekvensering – Nanopore Sequencer Utvalgt bilde

ONT-sekvensering er et enkelt molekyl i sanntid for elektrisk signalsekvenseringsteknologi basert på nanoporer, sekvenseringsprinsippet for hver plattform er det samme.Dobbelttrådet DNA/RNA vil binde seg til nanoporøst protein innebygd i biofilmen og vikle seg av under ledning av motorprotein, under påvirkning av spenningsforskjell fra begge sider av biofilmen, passerer DNA/RNA-tråder gjennom nanoporekanalproteinet ved en viss vurdere.På grunn av forskjellene i de kjemiske egenskapene til de forskjellige basene på DNA/RNA-strengen, vil når en enkelt base eller DNA-molekyl passerer gjennom nanoporekanalen, forårsake endring av forskjellige elektriske signaler.Ved å detektere og korrespondere med disse signalene kan de tilsvarende basetypene beregnes, og sanntidsdeteksjonen av sekvensen kan fullføres.

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Demo resultat

Tjenestedetaljer Funksjoner

Plattform	Bibliotekstørrelse	Teoretisk datautbytte (per celle)	Enkeltbasert nøyaktighet	applikasjoner
Nanopore	8Kb, 10kb, 20kb, ultralang, cDNA-PCR	70-90 Gb/celle	85–92 %	SV-kalling, De novo, Full-lengde-sekvensering, Iso-Seq, Genannotering, Deteksjon av DNA-metylering

Tjenestefordeler

● Over 5 års erfaring på PacBio sekvenseringsplattform med tusenvis av lukkede prosjekter med ulike arter.
● BMKGENE er en offisiell partner for Oxford Nanopore, med dobbel plattform RNA/DNA-sertifisering.
● Det finnes mainstream-modeller av sekvensere med komplett utstyr og tilstrekkelig sekvensering.
● Basert på Nanopore-plattformen, er mer enn 10 dyre- og planteforskninger fra Denovo publisert i internasjonalt anerkjente tidsskrifter.

Eksempelkrav

Eksempeltype

Beløp

Konsentrasjon (Qubit ®)

Volum

Renhet

Andre

Genomisk DNA

Avhenger av datakrav

≥20ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5；

Klar topp ved 260 nm, ingen forurensninger

Konsentrasjonen må måles med Qubit og Qubit/Nanopore ≤ 2

Totalt RNA

≥1,2μg

≥100μg/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5；ingen forurensninger

RIN-verdi ≥7,5

Tjenestearbeidsflyt

Prøveforberedelse

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Dataanalyse

Prosjektleveranse

Tidligere: DNA/RNA-sekvensering – Illumina Sequencer

Neste: Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

Datakvalitetsvurdering av DNA-prøve

Tabell 1. Statistikk over rene data.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	cleanSumBase	renN50Len	renN90Len	cleanMeanLen	renMaxLen	cleanMeanQual
DNA_BMK01	1 218 239	26.37	1.121.736	25,90	28 014	15.764	23.090	143.181	9