Bulk Segregant-analyse
Tjenestefordeler
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Nøyaktig lokalisering: Blanding av bulks med 30+30 til 200+200 individer for å minimere bakgrunnsstøy;ikke-synonyme mutatanter-basert kandidatregionprediksjon.
● Omfattende analyse: Inngående annotering av kandidatgenfunksjoner, inkludert NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG osv.
● Raskere behandlingstid: Rask genlokalisering innen 45 virkedager.
● Omfattende erfaring: BMK har bidratt med tusenvis av egenskaper lokalisering, og dekker ulike arter som avlinger, vannprodukter, skog, blomster, frukt, etc.
Tjenestespesifikasjoner
Befolkning:
Segregering av etterkommere av foreldre med motstridende fenotyper.
f.eks. F2-avkom, tilbakekryssing (BC), rekombinant innavlet linje (RIL)
Blandebasseng
For kvalitative egenskaper: 30 til 50 individer (minimum 20)/bulk
For kvantitativ tratis: topp 5 % til 10 % individer med enten ekstreme fenotyper i hele befolkningen (minimum 30+30).
Anbefalt sekvenseringsdybde
Minst 20X/foreldre og 1X/avkomindivid (f.eks. for avkomsblanding på 30+30 individer, vil sekvenseringsdybden være 30X per bulk)
Bioinformatikkanalyser
● Resekvensering av hele genomet
● Databehandling
● SNP/Indel-anrop
● Screening av kandidatregioner
● Annotering av kandidatgenfunksjon
Prøvekrav og levering
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| gDNA-prøve | Vevsprøve |
| Konsentrasjon: ≥30 ng/μl | Planter: 1-2 g |
| Mengde: ≥2 μg (Volum ≥15 μl) | Dyr: 0,5-1 g |
| Renhet: OD260/280= 1,6-2,5 | Fullblod: 1,5 ml |
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
1. Assosiasjonsanalyse baserer på euklidisk avstand (ED) for å identifisere kandidatregion.I den følgende figuren
X-akse: Kromosomnummer;Hver prikk representerer en ED-verdi av en SNP.Den svarte linjen tilsvarer den tilpassede ED-verdien.En høyere ED-verdi indikerer en mer signifikant assosiasjon mellom stedet og fenotypen.Rød stiplet linje representerer terskelen for signifikant assosiasjon.
2.Associasjonsanalyse basert på ingen SNP-indeks
X-akse: Kromosomnummer;Hver prikk representerer SNP-indeksverdien.Den svarte linjen står for tilpasset SNP-indeksverdi.Jo større verdien er, jo mer betydningsfull er assosiasjonen.
BMK sak
Hovedeffekten kvantitative egenskap locus Fnl7.1 koder for et rikelig protein i sen embryogenese assosiert med frukthalslengde i agurk
Publisert: Plantebioteknologisk tidsskrift, 2020
Sekvenseringsstrategi:
Foreldre (Jin5-508, YN): Resekvensering av hele genomet for 34× og 20×.
DNA-pooler (50 langhalsede og 50 korthalsede): Resekvensering for 61× og 52×
Nøkkelresultater
I denne studien ble segregerende populasjon (F2 og F2:3) generert ved å krysse langhalset agurklinje Jin5-508 og korthalset YN.To DNA-pooler ble konstruert av 50 ekstremt langhalsede individer og 50 ekstreme korthalsede individer.Major-effekt QTL ble identifisert på Chr07 ved BSA-analyse og tradisjonell QTL-kartlegging.Kandidatregionen ble ytterligere innsnevret ved finkartlegging, kvantifisering av genuttrykk og transgene eksperimenter, som avslørte nøkkelgen i kontroll av nakkelengde, CsFnl7.1.I tillegg ble polymorfisme i CsFnl7.1-promoterregionen funnet å være assosiert med tilsvarende uttrykk.Ytterligere fylogenetisk analyse antydet at Fnl7.1 locus er svært sannsynlig å stamme fra India.
 QTL-kartlegging i BSA-analyse for å identifisere kandidatregion assosiert med agurkhalslengde |  LOD-profiler av agurkhalslengde QTL identifisert på Chr07 |
Xu, X. et al."Den kvantitative hovedeffekten locus Fnl7.1 koder for et rikelig protein i sen embryogenese assosiert med frukthalslengde i agurk."Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
