BMKCloud Log in
条形banner-03

Produkter

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Underenheten på 16S og 18S rRNA som inneholder både svært konserverte og hypervariable regioner er et perfekt molekylært fingeravtrykk for identifikasjon av prokaryote og eukaryote organismer.Ved å dra nytte av sekvensering, kan disse amplikonene målrettes basert på de konserverte delene, og de hypervariable regionene kan karakteriseres fullt ut for mikrobiell identifikasjon, noe som bidrar til studier som dekker mikrobiell mangfoldsanalyse, taksonomi, fylogeni, etc. Enkeltmolekyls sanntid (SMRT) ) sekvensering av PacBio-plattformen gjør det mulig å oppnå svært nøyaktige lange avlesninger, som kan dekke amplikoner i full lengde (ca. 1,5 Kb).Det utvidede synet på genetisk felt forbedret oppløsningen i artskommentarer i bakterier eller soppsamfunn.

Plattform:PacBio oppfølger II


Tjenestedetaljer

Demo resultater

Kasusstudie

Tjenestefordeler

1

● Langleser som avslører en sekvens i full lengde av 16S/18S/ITS

● Svært nøyaktig baseanrop med PacBio CCS-modussekvensering

● Oppløsning på artsnivå i OTU/ASV-annotering

● Siste QIIME2-analyseflyt med forskjellige analyser når det gjelder database, merknader, OTU/ASV.

● Gjelder for ulike mikrobielle samfunnsstudier

● BMK har lang erfaring med over 100 000 prøver/år, som dekker jord, vann, gass, slam, avføring, tarm, hud, gjæringsbuljong, insekter, planter, etc.

● BMKCloud tilrettelagt datatolkning som inneholder 45 tilpassede analyseverktøy

Tjenestespesifikasjoner

SekvenseringPlattform

Bibliotek

Anbefalte data

Omløpstid

PacBio oppfølger II

SMRT-klokke

5K/10K/20K Tags

44 virkedager

Bioinformatikkanalyser

● Kvalitetskontroll av rådata

● OTU-klynger/de-noise (ASV)

● OTU-merknad

● Alfa-mangfold

● Beta-mangfold

● Intergruppeanalyse

● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer

● Funksjonsgenprediksjon

16sPacbio

Prøvekrav og levering

Eksempelkrav:

TilDNA-ekstrakter:

Eksempeltype

Beløp

Konsentrasjon

Renhet

DNA-ekstrakter

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

For miljøprøver:

Prøvetype

Anbefalt prøvetakingsprosedyre

Jord

Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon.

Avføring

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon.

Tarminnhold

Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør.

Slam

Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon

Vann kropp

For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Samle inn minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør.

Hud

Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør.

Anbefalt prøvelevering

Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.

Servicearbeidsflyt

prøvelevering

Prøvelevering

Bibliotekforberedelse

Bygging av bibliotek

Sekvensering

Sekvensering

Dataanalyse

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Ettersalgstjenester


  • Tidligere:
  • Neste:

  • 1. Annoteringsfrekvens for V3+V4(Illumina)-basert mikrobiell fellesskapsprofilering vs. Full-lengde (PacBio)-basert profilering.
    (Data fra 30 tilfeldig utvalgte prosjekter ble brukt for statistikk)

    3

    2. Annoteringshastighet for amplikonsekvensering i full lengde på artsnivå i forskjellige prøvetyper

    4

    3.Artsfordeling

    5
    4.Fylogenetisk tre

    6

    BMK sak

    Arseneksponering induserer tarmbarriereskade og påfølgende aktivering av tarm-leveraksen som fører til betennelse og pyroptose i leveren hos ender

    Publisert:Vitenskap om det totale miljøet,2021

    Sekvenseringsstrategi:

    Prøver: Kontroll vs 8 mg/kg ATO-eksponert gruppe
    Sekvenseringsdatautbytte: 102 583 rå CCS-sekvenser totalt
    Kontroll: 54 518 ± 747 effektive CCS
    ATO-eksponert: 45 050 ± 1675 effektiv CCS

    Nøkkelresultater

    Alfa-mangfold:ATO-eksponering endret den intestinale mikrobielle rikdommen og mangfoldet i endene betydelig.

    Metastatanalyse:
    På filumnivå: 2 bakteriefyla kun påvist i kontrollgrupper
    I slektsnivå: 6 slekter ble funnet signifikant forskjellige i relativ overflod
    På artsnivå: 36 arter ble identifisert totalt, med 6 av dem signifikant forskjellige i relaviv forekomst

    Henvisning

    Thingholm, LB, et al."Overvektige individer med og uten type 2-diabetes viser forskjellig mikrobiell funksjonskapasitet og sammensetning."Cellevert og mikrobe26.2 (2019).

    få et tilbud

    Skriv din melding her og send den til oss

    Send din melding til oss: