Heatmap-lade wordt gebruikt voor het tekenen van heatmaps, waarmee matrixgegevens kunnen worden gefilterd, genormaliseerd en geclusterd. Het wordt meestal gebruikt voor clusteranalyse van het genexpressieniveau tussen verschillende monsters.
Biologische functies koppelen aan sequenties in het FASTA-bestand door sequenties uit te lijnen met de database, waaronder NR, KEGG, COG, SwissProt, TrEMBL, KOG, Pfam.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is een algoritme en programma om regio's met vergelijkbare biologische sequenties te vinden.Het vergelijkt deze reeksen met reeksdatabases en berekent de statistische significantie.BLAST bestaat uit vier soorten tools op basis van het reekstype: blastn, lastp, blastx en tblastn.