Verminderde representatie bisulfietsequencing (RRBS)
Servicespecificaties
Platform: NovaSeq-platform, PE150
Bibliotheektype: 200-400 bp insertie met bisulfiet behandelde DNA-bibliotheek
Sequencingstrategie: Paired-End 150 bp
Aanbevolen gegevensuitvoer: 10 Gb onbewerkte gegevens/monster
Voorbeeldvereisten
DNA-hoeveelheid: ≥ 2ug
DNA-concentratie: ≥ 20ng/μl.
Zuiverheid: OD260/280 = 1,8 tot 2,0 zonder degradatie of RNA-contaminatie
Bio-informatica analyse
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Volgorde aanbrengen in
Gegevensanalyse
After-sales diensten
a.Referentiestatistieken voor genoomuitlijning
Statistieken van kaartuitlezingen
Sstatistieken van de sequentiediepte en dekking van de C-site
Agecumuleerde dekking
Dopname-efficiëntie van elk monster
b.Detectie van methylatieplaatsen
Lijst met methyleringsniveaus op de C-site
BS-conversie
Mgeethyleerde cytosine
Verdeling van het methyleringsniveau
c.Methylatie kaart
Genome-breed
Genome-element
d.Vergelijking van methyleringsniveaus tussen monsters
Pin de lucht Correlatie van CG-methylering
PCA-CG-methylering
Cglans van CG-methylatie
d.Differentiële methyleringsanalyse
Sstatistieken van DMR
DMR-lengteverdeling
Heet kaart
DMR-distributie in de beoogde regio
