-
RNA-sequencing met één kern
De vooruitgang in het vastleggen van afzonderlijke cellen en de constructietechniek van individuele bibliotheken, gecombineerd met sequencing met hoge doorvoer, maakt studies van genexpressie per cel mogelijk.Het maakt een diepere en complete systeemanalyse van complexe celpopulaties mogelijk, waarbij grotendeels wordt vermeden dat de heterogeniteit ervan wordt gemaskeerd door het gemiddelde van alle cellen te nemen.
Sommige cellen zijn echter niet geschikt om in eencellige suspensie te worden verwerkt, dus zijn er andere monstervoorbereidingsmethoden nodig – kernextractie uit weefsels, dat wil zeggen dat de kern rechtstreeks uit weefsels of cellen wordt geëxtraheerd en tot een enkele kernsuspensie wordt bereid voor single-nucleus suspensie. celsequencing.
BMK biedt 10× Genomics ChromiumTM-gebaseerde eencellige RNA-sequencing-service.Deze dienst wordt op grote schaal gebruikt in onderzoeken naar ziektegerelateerde onderzoeken, zoals differentiatie van immuuncellen, heterogeniteit van tumoren, weefselontwikkeling, enz.
Ruimtelijke transcriptoomchip: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
BMKMANU S1000 Ruimtelijk transcriptoom
Ruimtelijke transcriptomics lopen voorop bij wetenschappelijke innovatie en stellen onderzoekers in staat zich te verdiepen in ingewikkelde genexpressiepatronen in weefsels, terwijl hun ruimtelijke context behouden blijft.Te midden van verschillende platforms heeft BMKGene de BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip ontwikkeld, met eenverbeterde resolutievan 5 µM, waardoor het subcellulaire bereik wordt bereikt en mogelijk wordt gemaaktresolutie-instellingen op meerdere niveaus.De S1000-chip, met ongeveer 2 miljoen spots, maakt gebruik van microwells gelaagd met kralen geladen met ruimtelijk gecodeerde capture-sondes.Een cDNA-bibliotheek, verrijkt met ruimtelijke barcodes, wordt bereid vanaf de S1000-chip en vervolgens gesequenced op het Illumina NovaSeq-platform.De combinatie van ruimtelijk gebarcodeerde monsters en UMI's garandeert de nauwkeurigheid en specificiteit van de gegenereerde gegevens.Het unieke kenmerk van de BMKManu S1000-chip ligt in zijn veelzijdigheid, die resolutie-instellingen op meerdere niveaus biedt die nauwkeurig kunnen worden afgestemd op verschillende weefsels en detailniveaus.Dit aanpassingsvermogen positioneert de chip als een uitstekende keuze voor diverse ruimtelijke transcriptomics-studies, waardoor nauwkeurige ruimtelijke clustering met minimale ruis wordt gegarandeerd.
Met behulp van de BMKManu S1000-chip en andere ruimtelijke transcriptomics-technologieën kunnen onderzoekers een beter inzicht krijgen in de ruimtelijke organisatie van cellen en de complexe moleculaire interacties die plaatsvinden in weefsels, waardoor waardevolle inzichten worden verkregen in de mechanismen die ten grondslag liggen aan biologische processen op een groot aantal gebieden, waaronder oncologie, neurowetenschappen, ontwikkelingsbiologie, immunologie en botanische studies.
Platform: BMKManu S1000-chip en Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium ruimtelijk transcriptoom
Ruimtelijke transcriptomics is een geavanceerde technologie waarmee onderzoekers genexpressiepatronen in weefsels kunnen onderzoeken terwijl hun ruimtelijke context behouden blijft.Een krachtig platform op dit gebied is 10x Genomics Visium in combinatie met Illumina-sequencing.Het principe van 10X Visium ligt op een gespecialiseerde chip met een aangewezen opvanggebied waar weefselcoupes worden geplaatst.Dit opnamegebied bevat streepjescodes, die elk overeenkomen met een unieke ruimtelijke locatie in het weefsel.De gevangen RNA-moleculen uit het weefsel worden vervolgens tijdens het omgekeerde transcriptieproces gelabeld met unieke moleculaire identificatiegegevens (UMI's).Deze streepjescodes en UMI's maken nauwkeurige ruimtelijke mapping en kwantificering van genexpressie met een resolutie van één cel mogelijk.De combinatie van ruimtelijk gebarcodeerde monsters en UMI's garandeert de nauwkeurigheid en specificiteit van de gegenereerde gegevens.Door deze Spatial Transcriptomics-technologie te gebruiken, kunnen onderzoekers een dieper inzicht krijgen in de ruimtelijke organisatie van cellen en de complexe moleculaire interacties die plaatsvinden in weefsels, wat waardevolle inzichten oplevert in de mechanismen die ten grondslag liggen aan biologische processen op meerdere gebieden, waaronder oncologie, neurowetenschappen, ontwikkelingsbiologie en immunologie. en botanische studies.
Platform: 10X Genomics Visium en Illumina NovaSeq
-
Volledige lengte mRNA-sequencing-Nanopore
Hoewel op NGS gebaseerde mRNA-sequencing een veelzijdig hulpmiddel is voor de kwantificering van genexpressie, beperkt de afhankelijkheid van korte metingen de werkzaamheid ervan in complexe transcriptomische analyses.Nanopore-sequencing maakt daarentegen gebruik van long-read-technologie, waardoor de sequencing van mRNA-transcripten van volledige lengte mogelijk is.Deze aanpak vergemakkelijkt een uitgebreide verkenning van alternatieve splitsing, genfusies, polyadenylatie en de kwantificering van mRNA-isovormen.
Nanopore-sequencing is gebaseerd op real-time elektrische signalen uit nanoporiën met één molecuul.Geleid door motoreiwitten bindt dubbelstrengig DNA zich aan nanoporie-eiwitten ingebed in een biofilm, waarbij het zich afwikkelt terwijl het door het nanoporiekanaal gaat onder een spanningsverschil.De onderscheidende elektrische signalen die door verschillende basen op de DNA-streng worden gegenereerd, worden in realtime gedetecteerd en geclassificeerd, waardoor nauwkeurige en continue nucleotidesequencing mogelijk wordt gemaakt.Deze innovatieve aanpak overwint de beperkingen van de korte leestijd en biedt een dynamisch platform voor ingewikkelde genomische analyse, inclusief complexe transcriptomische studies.
Platform: Nanopore Promethion P48
-
mRNA-sequencing over de volledige lengte -PacBio
Hoewel op NGS gebaseerde mRNA-sequencing een veelzijdig hulpmiddel is voor het kwantificeren van genexpressie, beperkt de afhankelijkheid van korte metingen het gebruik ervan in complexe transcriptomische analyses.PacBio-sequencing (Iso-Seq) maakt daarentegen gebruik van long-read-technologie, waardoor de sequencing van mRNA-transcripten van volledige lengte mogelijk is.Deze aanpak vergemakkelijkt een uitgebreide verkenning van alternatieve splitsing, genfusies en polyadenylatie, hoewel het niet de primaire keuze is voor kwantificering van genexpressie, vanwege de grote hoeveelheid vereiste gegevens.
PacBio-sequencingtechnologie is gebaseerd op real-time (SMRT) sequencing van één molecuul, wat een duidelijk voordeel oplevert bij het vastleggen van mRNA-transcripten van volledige lengte.Deze innovatieve aanpak omvat het gebruik van zero-mode golfgeleiders (ZMW's), microgefabriceerde putjes die de real-time observatie van DNA-polymerase-activiteit tijdens sequencing mogelijk maken.Binnen deze ZMW's synthetiseert PacBio's DNA-polymerase een complementaire DNA-streng, waardoor longreads worden gegenereerd die het geheel van mRNA-transcripten omvatten.PacBio-werking in de modus Circular Consensus sequencing (CCS) verbetert de nauwkeurigheid door herhaaldelijk hetzelfde molecuul te sequencen.De gegenereerde HiFi-metingen hebben een nauwkeurigheid die vergelijkbaar is met die van NGS, wat verder bijdraagt aan een uitgebreide en betrouwbare analyse van complexe transcriptomische kenmerken.Platform: PacBio vervolg II
-
Eukaryote mRNA-sequencing-Illumina
mRNA-sequencing maakt de uitgebreide profilering van alle mRNA-transcripten in cellen onder specifieke omstandigheden mogelijk.Deze geavanceerde technologie dient als een krachtig hulpmiddel en onthult ingewikkelde genexpressieprofielen, genstructuren en moleculaire mechanismen die verband houden met diverse biologische processen.Op grote schaal toegepast in fundamenteel onderzoek, klinische diagnostiek en de ontwikkeling van geneesmiddelen, biedt mRNA-sequencing inzicht in de fijne kneepjes van cellulaire dynamiek en genetische regulatie.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Niet-referentiegebaseerde mRNA-sequencing-Illumina
mRNA-sequencing maakt de uitgebreide profilering van alle mRNA-transcripten in cellen onder specifieke omstandigheden mogelijk.Deze geavanceerde technologie dient als een krachtig hulpmiddel en onthult ingewikkelde genexpressieprofielen, genstructuren en moleculaire mechanismen die verband houden met diverse biologische processen.Op grote schaal toegepast in fundamenteel onderzoek, klinische diagnostiek en de ontwikkeling van geneesmiddelen, biedt mRNA-sequencing inzicht in de fijne kneepjes van cellulaire dynamiek en genetische regulatie.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Lange niet-coderende sequencing-Illumina
Lange niet-coderende RNA's (lncRNA's) zijn RNA's langer dan 200 nucleotiden die een minimaal codeerpotentieel bezitten en cruciale elementen zijn binnen niet-coderend RNA.Deze RNA's, gevonden in de kern en het cytoplasma, spelen een cruciale rol in epigenetische, transcriptionele en post-transcriptionele regulatie, wat hun betekenis onderstreept bij het vormgeven van cellulaire en moleculaire processen.LncRNA-sequencing is een krachtig hulpmiddel bij celdifferentiatie, ontogenese en menselijke ziekten.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Kleine RNA-sequencing-Illumina
Kleine RNA (sRNA)-moleculen, doorgaans minder dan 200 nucleotiden lang, omvatten microRNA's (miRNA's), kleine interfererende RNA's (siRNA's) en piwi-interagerende RNA's (piRNA's).Hiervan zijn miRNA's, ongeveer 20-24 nucleotiden lang, vooral opmerkelijk vanwege hun cruciale regulerende rol in verschillende cellulaire processen.Met weefselspecifieke en stadiumspecifieke expressiepatronen vertonen miRNA's een hoge conservering bij verschillende soorten.
Platform: Illumina NovaSeq
-
circRNA-sequencing-Illumina
Circulaire RNA-sequencing (circRNA-seq) is bedoeld voor het profileren en analyseren van circulaire RNA's, een klasse van RNA-moleculen die gesloten lussen vormen als gevolg van niet-canonieke splitsingsgebeurtenissen, waardoor dit RNA een verhoogde stabiliteit krijgt.Hoewel is aangetoond dat sommige circRNA's fungeren als microRNA-sponzen, microRNA's sekwestreren en voorkomen dat ze hun doel-mRNA's reguleren, kunnen andere circRNA's interageren met eiwitten, genexpressie moduleren of een rol spelen in cellulaire processen.CircRNA-expressieanalyse biedt inzicht in de regulerende rollen van deze moleculen en hun betekenis in verschillende cellulaire processen, ontwikkelingsstadia en ziekteomstandigheden, wat bijdraagt aan een dieper begrip van de complexiteit van RNA-regulatie in de context van genexpressie.
-
Hele transcriptoomsequencing – Illumina
Hele transcriptoomsequencing biedt een alomvattende aanpak voor het profileren van diverse RNA-moleculen, die zowel coderende (mRNA) als niet-coderende RNA's (lncRNA, circRNA en miRNA) omvatten.Deze techniek legt het volledige transcriptoom van specifieke cellen op een bepaald moment vast, waardoor een holistisch begrip van cellulaire processen mogelijk wordt.Het staat ook bekend als ‘totale RNA-sequencing’ en heeft tot doel ingewikkelde regulerende netwerken op transcriptoomniveau te onthullen, waardoor diepgaande analyses mogelijk worden gemaakt, zoals concurrerend endogeen RNA (ceRNA) en gezamenlijke RNA-analyse.Dit markeert de eerste stap in de richting van functionele karakterisering, met name in het ontrafelen van de regulerende netwerken waarbij circRNA-miRNA-mRNA-gebaseerde ceRNA-interacties betrokken zijn.
-
Prokaryotische mRNA-sequencing
mRNA-sequencing maakt de uitgebreide profilering van alle mRNA-transcripten in cellen onder specifieke omstandigheden mogelijk.Deze geavanceerde technologie dient als een krachtig hulpmiddel en onthult ingewikkelde genexpressieprofielen, genstructuren en moleculaire mechanismen die verband houden met diverse biologische processen.Op grote schaal toegepast in fundamenteel onderzoek, klinische diagnostiek en de ontwikkeling van geneesmiddelen, biedt mRNA-sequencing inzicht in de fijne kneepjes van cellulaire dynamiek en genetische regulatie.Onze prokaryotische mRNA-monsterverwerking is op maat gemaakt voor prokaryotische transcriptomen, waarbij rRNA-uitputting en directionele bibliotheekvoorbereiding betrokken zijn.
Platform: Illumina NovaSeq X
