-
Metagenomische sequencing-NGS
Metagenoom verwijst naar een verzameling totaal genetisch materiaal van een gemengde gemeenschap van organismen, zoals omgevingsmetagenoom, menselijk metagenoom, enz. Het bevat genomen van zowel kweekbare als niet-kweekbare micro-organismen.Metagenomische sequencing is een moleculair hulpmiddel dat wordt gebruikt om de gemengde genomische materialen te analyseren die zijn geëxtraheerd uit omgevingsmonsters, en die gedetailleerde informatie oplevert over soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerk met omgevingsfactoren.
Platform:Illumina NovaSeq-platform
-
Metagenomische sequencing-Nanopore
Metagenomics is een moleculair hulpmiddel dat wordt gebruikt voor het analyseren van de gemengde genomische materialen die zijn geëxtraheerd uit omgevingsmonsters, en dat gedetailleerde informatie oplevert over de soortendiversiteit en overvloed, populatiestructuur, fylogenetische relatie, functionele genen en correlatienetwerk met omgevingsfactoren, enz. Nanopore-sequencingplatforms zijn onlangs geïntroduceerd naar metagenomische studies.De uitstekende prestaties op het gebied van leeslengte verbeterden de stroomafwaartse metagenomische analyse, vooral de assemblage van metagenoom, aanzienlijk.Door gebruik te maken van de leeslengte kan op Nanopore gebaseerd metagenomisch onderzoek een meer continue assemblage bereiken in vergelijking met shotgun-metagenomica.Er is gepubliceerd dat op Nanopore gebaseerde metagenomica met succes complete en gesloten bacteriële genomen uit microbiomen heeft gegenereerd (Moss, EL, et. al.,Natuur Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-PacBio
De subeenheid op 16S- en 18S-rRNA die zowel sterk geconserveerde als hypervariabele gebieden bevat, is een perfecte moleculaire vingerafdruk voor de identificatie van prokaryotische en eukaryotische organismen.Door gebruik te maken van sequencing kunnen deze amplicons worden getarget op basis van de geconserveerde delen en kunnen de hypervariabele gebieden volledig worden gekarakteriseerd voor microbiële identificatie, wat bijdraagt aan onderzoeken op het gebied van microbiële diversiteitsanalyse, taxonomie, fylogenie, enz. Single-molecule real-time (SMRT ) sequencing van het PacBio-platform maakt het verkrijgen van zeer nauwkeurige lange metingen mogelijk, die amplicons van volledige lengte (ongeveer 1,5 Kb) zouden kunnen bestrijken.Het bredere zicht op het genetische veld verbeterde de resolutie in soortannotatie in de bacterie- of schimmelgemeenschap enorm.
Platform:PacBio-vervolg II
-
16S/18S/ITS Amplicon-sequencing-NGS
16S/18S/ITS-ampliconsequencing heeft tot doel de fylogenie, taxonomie en soortenrijkdom in een microbiële gemeenschap te onthullen door PCR-producten van huishoudelijke genetische markers te onderzoeken die zowel zeer geconverseerde als hypervariabele delen bevatten.De introductie van deze perfecte moleculaire vingerafdruk door Woeses et al, (1977) maakt isolatievrije microbioomprofilering mogelijk.Sequencing van 16S (bacteriën), 18S (schimmels) en interne getranscribeerde spacer (ITS, schimmels) maakt identificatie mogelijk van zowel overvloedige soorten als zeldzame en niet-geïdentificeerde soorten.Deze technologie is een wijdverbreid toegepast en belangrijk hulpmiddel geworden bij het identificeren van de verschillende microbiële samenstelling in verschillende omgevingen, zoals de menselijke mond, darmen, ontlasting, enz.
Platform:Illumina NovaSeq-platform
-
Hersequencing van het hele genoom van bacteriën en schimmels
Het opnieuw sequencen van het hele genoom van bacteriën en schimmels is een cruciaal hulpmiddel om de genomen van bekende bacteriën en schimmels te voltooien, maar ook om meerdere genomen te vergelijken of om genomen van nieuwe organismen in kaart te brengen.Het is van groot belang om volledige genomen van bacteriën en schimmels te sequencen om nauwkeurige referentiegenomen te genereren, microbiële identificatie en andere vergelijkende genoomstudies uit te voeren.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Metatranscriptoomsequencing
Metatranscriptoomsequencing identificeert genexpressie van microben (zowel eukaryoten als prokaryoten) in natuurlijke omgevingen (dwz bodem, water, zee, uitwerpselen en darmen). Met deze service kunt u met name volledige genexpressieprofilering van complexe microbiële gemeenschappen en taxonomische analyse verkrijgen. van soorten, functionele verrijkingsanalyse van verschillend tot expressie gebrachte genen, en meer.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Schimmelgenoom
Biomarker Technologies bieden genoomonderzoek, fijn genoom en pene-compleet genoom van schimmels, afhankelijk van het specifieke onderzoeksdoel.Genoomsequencing, -assemblage en functionele annotatie kunnen worden bereikt door het combineren van sequencing van de volgende generatie + sequencing van de derde generatie om genoomassemblage op hoog niveau te bereiken.Hi-C-technologie kan ook worden gebruikt om de assemblage van het genoom op chromosoomniveau te vergemakkelijken.
Platform:PacBio-vervolg II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq-platform
-
Bacteriën compleet genoom
Biomarker Technologies biedt sequencing-service voor het construeren van het volledige genoom van bacteriën zonder enige tussenruimte.De belangrijkste workflow voor de constructie van het volledige genoom van bacteriën omvat sequencing van de derde generatie, assemblage, functionele annotatie en geavanceerde bio-informatica-analyse die specifieke onderzoeksdoelen vervult.Een uitgebreidere profilering van het bacteriegenoom maakt het mogelijk om fundamentele mechanismen te onthullen die ten grondslag liggen aan hun biologische processen, wat ook een waardevolle referentie zou kunnen zijn voor genomisch onderzoek bij hogere eukaryotische soorten.
Platform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq-platform
PacBio-vervolg II
