-
Chromatine-immunoprecipitatiesequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq biedt genoombrede profilering van DNA-doelen voor histonmodificatie, transcriptiefactoren en andere DNA-geassocieerde eiwitten.Het combineert de selectiviteit van chromatine-immunoprecipitatie (ChIP) om specifieke eiwit-DNA-complexen te herstellen, met de kracht van next-generation sequencing (NGS) voor high-throughput sequencing van het teruggewonnen DNA.Omdat de eiwit-DNA-complexen uit levende cellen worden gewonnen, kunnen bovendien bindingsplaatsen in verschillende celtypen en weefsels, of onder verschillende omstandigheden, worden vergeleken.Toepassingen variëren van transcriptionele regulatie tot ontwikkelingsroutes, ziektemechanismen en nog veel meer.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Bisulfietsequencing van het hele genoom
DNA-methylatie op de vijfde positie in cytosine (5-mC) heeft een fundamentele invloed op genexpressie en cellulaire activiteit.Abnormale methyleringspatronen zijn in verband gebracht met verschillende aandoeningen en ziekten, zoals kanker.WGBS is de gouden standaard geworden voor het bestuderen van genoombrede methylering met een resolutie van één base.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
-
Test voor transposase-toegankelijke chromatine met sequencing met hoge doorvoer (ATAC-seq)
ATAC-seq is een sequencingmethode met hoge doorvoer voor analyse van genoombrede toegankelijkheid van chromatine, wat belangrijk is voor de wereldwijde epigenetische controle van genexpressie.Sequencing-adapters worden in open chromatinegebieden ingevoegd door hyperactieve Tn5-transposase.Na PCR-amplificatie wordt een sequentiebibliotheek samengesteld.Alle open chromatinegebieden kunnen worden verkregen onder een specifieke ruimte-tijdconditie, niet alleen beperkt tot de bindingsplaatsen van een transcriptiefactor, of een bepaald histon-gemodificeerd gebied.
-
Verminderde representatie bisulfietsequencing (RRBS)
Onderzoek naar DNA-methylatie is altijd een veelbesproken onderwerp geweest in het ziekteonderzoek en hangt nauw samen met genexpressie en fenotypische eigenschappen.RRBS is een nauwkeurige, efficiënte en economische methode voor DNA-methylatieonderzoek.Verrijking van promotor- en CpG-eilandgebieden door enzymatische splitsing (Msp I), gecombineerd met Bisulfiet-sequencing, zorgt voor detectie van DNA-methylatie met hoge resolutie.
Platform: Illumina NovaSeq-platform
