Warmtekaart
Het matrixgegevensbestand wordt gebruikt voor het tekenen van heatmaps, waarmee matrixgegevens kunnen worden gefilterd, genormaliseerd en geclusterd.Het wordt meestal gebruikt voor clusteranalyse van het genexpressieniveau tussen verschillende monsters.
Gene-annotatie
Annotatie van genfuncties wordt uitgevoerd door sequenties in het FASTA-bestand in kaart te brengen met verschillende databases.
Gene-annotatie
Basiszoekhulpmiddel voor lokale uitlijning
CDS_UTR_Voorspelling
Deze tool is ontworpen om coderende regio's (CDS) en niet-coderende regio's (UTR) in gegeven transcriptsequenties te voorspellen op basis van blasting tegen bekende eiwitdatabases en ORF-voorspellingen.
Manhattan-perceel
Manhattan-plot maakt weergave van gegevens met een groot aantal gegevenspunten mogelijk.Het wordt vaak gebruikt in genoombrede associatiestudies (GWAS).
Circo's
CIRCOS-diagram maakt directe presentatie van SNP-, InDeL-, SV- en CNV-distributies op het genoom mogelijk.
GO_Verrijking
TopGO is een tool ontworpen voor functionele verrijking.Het TopGO-Bioconductor-pakket bestaat uit differentiële expressieanalyse, GO-verrijkingsanalyse en visualisatie van de resultaten.Het zal een map genereren met de uitvoer genaamd "Graph", die resultaten bevat voor topGO_BP, topGO_CC en topGO_MF.
WGCNA
WGCNA is een veelgebruikte dataminingmethode voor het ontdekken van co-expressiemodules van genen.Het is toepasbaar op verschillende expressiedatasets, waaronder microarraygegevens en genexpressiegegevens afkomstig van sequencing van de volgende generatie.
InterProScan
InterPro-eiwitsequentieanalyse en classificatie
GO_KEGG_Verrijking
Deze tool is ontworpen om een GO-verrijkingshistogram, een KEGG-verrijkingshistogram en een KEGG-verrijkingsroute te genereren op basis van de verstrekte genenset en bijbehorende annotatie.