Plant/dier De Novo genoomsequencing
Servicevoordelen
Ontwikkeling van sequencingplatforms en bio-informatica inde nieuwegenoom assemblage
(Amarasinghe SL et al.,Genoom Biologie, 2020)
● Het construeren van nieuwe genomen en het verbeteren van bestaande referentiegenomen voor interessante soorten.
● Hogere nauwkeurigheid, continuïteit en volledigheid bij de montage
● Het opbouwen van fundamentele bronnen voor onderzoek op het gebied van sequentiepolymorfisme, QTL's, genbewerking, veredeling, enz.
● Uitgerust met een volledig spectrum van sequencingplatforms van de derde generatie: one-stop-oplossing voor genoomassemblage
● Flexibele sequencing- en assemblagestrategieën die diverse genomen met verschillende kenmerken vervullen
● Zeer bekwaam team van bio-informatici met grote ervaring in complexe genoomassemblages, waaronder polyploïden, gigantische genomen, enz.
● Meer dan 100 succesvolle cases met een cumulatieve gepubliceerde impactfactor van meer dan 900
● Doorlooptijd van slechts 3 maanden voor genoomassemblage op chromosoomniveau.
● Solide technische ondersteuning met een reeks patenten en software-auteursrechten, zowel op het gebied van de experimentele kant als op het gebied van de bio-informatica.
Servicespecificaties
|
Inhoud
|
Platform
|
Lees lengte
|
Dekking
|
| Genoomonderzoek
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genoomsequencing
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi-lezingen
| ≥ 30X
|
| Hallo-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Werkstroom
Monstervereisten en levering
Voorbeeldvereisten:
| Soort | Zakdoek | Voor PacBio | Voor Nanopore |
| Dieren | Viscerale organen (lever, milt, enz.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 gram |
| Spier | ≥ 1,5 gram | ≥ 5,0 g | |
| Bloed van zoogdieren | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Bloed van vissen of vogels | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Planten | Verse bladeren | ≥ 1,5 gram | ≥ 5,0 g |
| Bloemblad of stengel | ≥ 3,5 gram | ≥ 10,0 g | |
| Wortels of zaden | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Cellen | Cel cultuur | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Aanbevolen monsterlevering
Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Voor de meeste monsters raden wij aan om ze niet in ethanol te bewaren.
Etikettering van monsters: Monsters moeten duidelijk geëtiketteerd zijn en identiek zijn aan het ingediende monsterinformatieformulier.
Verzending: Droogijs: Monsters moeten eerst in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
Servicewerkstroom
Experimentontwerp
Levering van monsters
DNA-extractie
Bouw van bibliotheek
Volgorde aanbrengen in
Gegevensanalyse
After-sales diensten
*De hier getoonde demoresultaten zijn allemaal afkomstig van genomen gepubliceerd met Biomarker Technologies
1.Circos op genoomassemblage op chromosoomniveau vanG. rotundifoliumdoor het Nanopore-sequencingplatform
Wang M et al.,Moleculaire biologie en evolutie, 2021
2.Statistieken van de assemblage en annotatie van het Weining-roggegenoom
Li G et al.,Natuurgenetica, 2021
3. Genvoorspelling vanSechium edulegenoom, afgeleid van drie voorspellingsmethoden:De nieuwevoorspelling, op homologie gebaseerde voorspelling en op RNA-Seq-gegevens gebaseerde voorspelling
Fu A et al.,Tuinbouwonderzoek, 2021
4. Identificatie van intacte lange terminale herhalingen in drie katoengenomen
Wang M et al.,Moleculaire biologie en evolutie, 2021
5.Hi-C warmtekaart van deC. acuminatagenoom dat genoom-brede all-by-all interacties toont.De intensiteit van Hi-C-interacties is evenredig met de lineaire afstand tussen contigs.Een strakke rechte lijn op deze hittekaart geeft een zeer nauwkeurige verankering van contigs op chromosomen aan.(Contig-verankeringsverhouding: 96,03%)
kang M et al.,Natuurcommunicatie,2021
BMK-zaak
Een hoogwaardige genoomassemblage benadrukt de genomische kenmerken van rogge en agronomisch belangrijke genen
Gepubliceerd: Natuurgenetica, 2021
Sequentiestrategie:
Genoomassemblage: PacBio CLR-modus met bibliotheek van 20 kb (497 Gb, ongeveer 63 ×)
Sequentiecorrectie: NGS met 270 bp DNA-bibliotheek (430 Gb, ongeveer 54×) op Illumina-platform
Contigs-verankering: Hi-C-bibliotheek (560 Gb, ongeveer 71×) op Illumina-platform
Optische kaart: (779,55 Gb, ca. 99×) op Bionano Irys
Belangrijkste resultaten
1. Er werd een samenstel van het Weining-roggegenoom gepubliceerd met een totale genoomgrootte van 7,74 Gb (98,74% van de geschatte genoomgrootte volgens flowcytometrie).Scaffold N50 van deze assemblage behaalde 1,04 Gb.93,67% van de contigs werd met succes verankerd op 7 pseudo-chromosomen.Deze montage werd geëvalueerd door koppelingskaart, LAI en BUSCO, wat resulteerde in hoge scores in alle evaluaties.
2. Verdere studies naar vergelijkende genomica, genetische koppelingskaart en transcriptomics-studies werden uitgevoerd op basis van dit genoom.Er werd een reeks eigenschappengerelateerde genomische kenmerken onthuld, waaronder genoombrede genduplicaties en hun impact op genen voor de biosynthese van zetmeel;fysieke organisatie van complexe prolamine-loci, genexpressiekenmerken die ten grondslag liggen aan vroege koerskenmerken en vermeende domesticatie-geassocieerde chromosomale regio's en loci in rogge.
 Circos-diagram over genomische kenmerken van het Weining-roggegenoom |  Evolutionaire en chromosoomsyntenieanalyses van het roggegenoom |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Een hoogwaardige genoomassemblage benadrukt de genomische kenmerken van rogge en agronomisch belangrijke genen.Nat Genet 53,574-584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
