GENOEM EVOLUTIE
Genoom De novo
Montage|Geslachtsbepaling De gehele sequentiebepalingswerkzaamheden en gedeeltelijke bio-informaticadiensten werden geleverd door Biomarker Techonologies.
Abstract
“Het iconische fenotype van de zeedraken omvat bladachtige aanhangsels, een tandeloze buisvormige mond en mannelijke zwangerschap waarbij bevruchte eieren worden uitgebroed op een open ‘broedplek’.We hebben de novo-gesequenced mannelijke en vrouwelijke genomen van de gewone zeedraak (Phyllopteryx taeniolatus) en zijn nauw verwante soort, de alligator zeenaald (Syngnathoides biaculeatus).Transcriptieprofielen van een evolutionaire nieuwigheid, de bladachtige aanhangsels, laten zien dat een reeks genen die doorgaans betrokken zijn bij de ontwikkeling van vinnen, zijn gecoöpteerd, evenals een verrijking van transcripten voor mogelijk weefselherstel en immuunafweergenen.De zebravismutanten voor scpp5, die bij alle syngnathiden verloren gaat, bleken keeltanden te missen of te hebben vervormd, wat de hypothese ondersteunt dat het verlies van scpp5 heeft bijgedragen aan het verlies van tanden bij syngnathiden.Er werd een vermoedelijke geslachtsbepalende locus geïdentificeerd die codeert voor een mannelijk specifiek amhr2y-gen dat wordt gedeeld door de gewone zeedraak en de alligatorfluitvis. ”
Materialen en methodes:
Materialen
Fonze gewone zeedraak (P. taeniolatus) en twee alligator zeenaalden (S. biaculeatus) exemplaren.Twee gewone zeedraak (een mannetje en een vrouwtje) en twee alligator zeenaalden (een mannetje en een vrouwtje) werden gebruikt voor het sequentiëren van het hele genoom, en twee andere mannelijke gewone zeedraak-individuen werden gebruikt voor het opnieuw bepalen van het genoom.
Genome Sequencing-strategie
270/350 bp bibliotheek (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Vervolg) of Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, en twee andere mannelijke gewone zeedraak-individuen werden gebruikt voor genoomresequencing.
Transcriptoomsequencing
Fof gewone zeedraak, hersenen, oog, kieuwen, lever, hart, nier, mesenterium, darm, spier, vin, huid, bladachtige aanhangsels, testis en eierstok werden verzameld.
Genome de novo-assemblagestrategie
Canu (correctie) + WTDBG2 (montage) + Pilon (Pools) + Lachesis (Hi-C).
Belangrijkste resultaten
Fig. 1. Belangrijkste kenmerken van de gewone zeedraak (P. taeniolatus) en de alligator zeenaald (S. biaculeatus) en hun fylogenetische posities.
Fig. 2. Morfologie en genetische samenstelling van de bladachtige aanhangsels bij de gewone zeedraak (P. taeniolatus).
Fig. 3. Vermeend geslachtsbepalingsgen bij de gewone zeedraak (P. taeniolatus) en de alligator zeenaald (S. biaculeatus).
Fig. 4. Faryngeale tandfenotypen in scpp5-homozygote mutanten van de zebravis.
Posttijd: 08-jan-2022