Op nanoporiën gebaseerde transcriptoomsequencing van volledige lengte
Nanopore-sequencing onderscheidt zich van andere sequencing-platforms doordat de nucleotiden direct worden uitgelezen zonder DNA-synthese en lange reads genereren van tientallen kilobasen.Dit maakt het direct uitlezen van volledige transcripties mogelijk en het aanpakken van de uitdagingen in transcriptoomstudies.
√ Lage sequentiespecifieke bias
√ Volledige uitlezing van cDNA voor genstructuurstudies
√ Minder gegevens vereist voor hetzelfde aantal transcripties
√ Identificatie van meerdere isovormen per gen
√ Kwantificering van expressies op isovormniveau
Typische bio-informaticapijplijn
Nieuwste succesvolle cases met biomarkertechnologieën
1. Vergelijkende analyses van transcriptomen van volledige lengte onthullen de ontwikkelingsdynamiek van Gnetum luofuense-stam
Tijdschrift: Grenzen in de genetica
Gepubliceerd: maart 2021
Trefwoorden: MinION |Alternatieve splitsing |APA |lncRNA |Differentieel uitgedrukte transcripties
Lees de volledige tekst
2. Unidirectionele beweging van kleine RNA's van scheuten naar wortels in interspecifieke heterotransplantaten
Tijdschrift: Natuurplanten
Gepubliceerd: januari 2021
Trefwoorden: Nanopore |Illumina |mobiele mRNA-detectie over de volledige lengte
3. Volledige transcriptoomanalyse van aspergewortels onthult het moleculaire mechanisme van zouttolerantie geïnduceerd door arbusculaire mycorrhiza-schimmels
Tijdschrift: Milieu- en experimentele plantkunde
Gepubliceerd: januari 2021
Trefwoorden: MinION |Differentieel uitgedrukte transcripties |Transcriptiefactoren |Alternatieve splitsing
4. Fysiologische karakteristieke veranderingen en transcriptoom over de volledige lengte van de wortels en bladeren van rozen (Rosa chinensis) als reactie op droogtestress
Tijdschrift: Plant- en celfysiologie
Gepubliceerd: oktober 2020
Trefwoorden: PromethION |Differentieel uitgedrukte transcripties |Functionele voorspelling |Gesplitste isovormen |TF en lncRNA
5. Analyse en uitgebreide vergelijking van PacBio en op nanoporiën gebaseerde RNA-sequencing van het Arabidopsis-transcriptoom
Tijdschrift: Plantmethode
Gepubliceerd: april 2020
Trefwoorden: GridION |PromethION |PacBio-vervolg |Illumina NovaSeq |Genoomuitlijning |Afschriftidentificatie |Alternatieve splitsing |SSR |LncRNA |Kwantificering van isovormen
Nieuws en hoogtepunten heeft tot doel de nieuwste succesvolle cases te delen met Biomarker Technologies, waarbij nieuwe wetenschappelijke prestaties worden vastgelegd, evenals prominente technieken die tijdens het onderzoek worden toegepast.
Posttijd: 08-jan-2022