GENOOM
Assemblage en analyse op chromosoomschaal van het biomassagewas Miscanthus lutarioriparius-genoom
Nanoporiënsequencing |Illumina |Hallo-C |RNA-sequencing |Fylogenie
In deze studie bood Biomarker Technologies technische ondersteuning bij Nanopore-sequencing, de novo genoomassemblage, Hi-C-geassisteerde assemblage, enz.
Abstract
Miscanthus, een wortelstokachtige vaste plant, heeft een groot potentieel voor de productie van bio-energie vanwege zijn hoge biomassa- en stresstolerantie.We rapporteren een assemblage op chromosoomschaal vanMiscanthus lutarioripariusgenoom door Oxford Nanopore-sequencing en Hi-C-technologieën te combineren.De 2,07 Gb-assemblage bestrijkt 96,64% van het genoom, met contig N50 van 1,71 Mb.De centromeer- en telomeersequenties worden samengesteld voor respectievelijk alle 19 chromosomen en chromosoom 10.De allotetraploïde oorsprong van de M. lutarioriparius wordt bevestigd met behulp van centromere satellietherhalingen.De tetraploïde genoomstructuur en verschillende chromosomale herschikkingen ten opzichte van sorghum worden duidelijk aangetoond.Tandem dubbele genen vanM. lutarioripariuszijn functioneel verrijkt, niet alleen in termen die verband houden met de stressreactie, maar ook in de biosynthese van de celwanden.Genfamilies die verband houden met ziekteresistentie, celwandbiosynthese en metaaliontransport zijn enorm uitgebreid en geëvolueerd.De uitbreiding van deze families kan een belangrijke genomische basis zijn voor de verbetering van opmerkelijke eigenschappen vanM. lutarioriparius.
Belangrijkste statistieken van genoomassemblage
Figuur.Overzicht van de genoomassemblage van M. lutarioriparius
Nieuws en hoogtepunten heeft tot doel de nieuwste succesvolle cases te delen met Biomarker Technologies, waarbij nieuwe wetenschappelijke prestaties worden vastgelegd, evenals prominente technieken die tijdens het onderzoek worden toegepast.
Posttijd: 05-jan-2022