Metagenomische sequencing-Nanopore
Servicevoordelen
● Hoogwaardige assemblage - Verbeterde nauwkeurigheid van soortidentificatie en functionele genvoorspelling
● Gesloten bacteriële genoomisolatie
● Krachtigere en betrouwbaardere toepassing op uiteenlopende terreinen, bijvoorbeeld de detectie van pathogene micro-organismen of genen die verband houden met antibioticaresistentie
● Vergelijkende metagenoomanalyse
Servicespecificaties
| Platform | Volgorde aanbrengen in | Aanbevolen gegevens | Doorlooptijd |
| Nanoporie | ONT | 6G/10G | 65 werkdagen |
Bio-informatica analyses
● Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens
● Metagenoomassemblage
● Niet-redundante genenset en annotatie
● Analyse van de soortendiversiteit
● Analyse van genetische functiediversiteit
● Intergroepsanalyse
● Associatieanalyse tegen experimentele factoren
Monstervereisten en levering
Voorbeeldvereisten en levering
Voorbeeldvereisten:
VoorDNA-extracten:
| Voorbeeldtype | Hoeveelheid | Concentratie | Puurheid |
| DNA-extracten | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Voor milieumonsters:
| Voorbeeldtype | Aanbevolen bemonsteringsprocedure |
| Bodem | Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;De resterende verdorde substantie moet van het oppervlak worden verwijderd;Maal grote stukken en passeer door een filter van 2 mm;Aliquot-monsters in steriele EP-buis of cyrotube voor reservering. |
| Ontlasting | Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;Verzamel en aliquoteer monsters in een steriele EP-buis of cryobuis voor reservering. |
| Darminhoud | Monsters moeten onder aseptische omstandigheden worden verwerkt.Was het verzamelde weefsel met PBS;Centrifugeer de PBS en verzamel het neerslagmiddel in EP-buizen. |
| Slib | Monsterhoeveelheid: ca.5 gram;Verzamel het slibmonster en verdeel het in een steriele EP-buis of cryobuis ter reservering |
| Waterlichaam | Voor monsters met een beperkte hoeveelheid microbiële stoffen, zoals kraanwater, bronwater enz., verzamel ten minste 1 liter water en voer dit door een filter van 0,22 μm om de microbiële stoffen op het membraan te verrijken.Bewaar het membraan in een steriele buis. |
| Huid | Schraap het huidoppervlak voorzichtig af met een steriel wattenstaafje of chirurgisch mesje en plaats het in een steriele buis. |
Aanbevolen monsterlevering
Bevries de monsters in vloeibare stikstof gedurende 3-4 uur en bewaar ze in vloeibare stikstof of -80 graden tot langetermijnreservering.Verzending van monsters met droogijs is vereist.
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Volgorde aanbrengen in
Gegevensanalyse
After-sales diensten
1. Heatmap: clustering van soortenrijkdom
2. Functionele genen geannoteerd voor KEGG-metabolische routes
3. Soortencorrelatienetwerk
4. Circos van CARD-antibioticaresistentiegenen
BMK-zaak
Nanopore-metagenomica maakt een snelle klinische diagnose van bacteriële infecties van de lagere luchtwegen mogelijk
Gepubliceerd:Natuurbiotechnologie, 2019
Technische hoogtepunten
Sequentiebepaling: Nanopore MinION
Klinische metagenomica bio-informatica: uitputting van gastheer-DNA, WIMP- en ARMA-analyse
Snelle detectie: 6 uur
Hoge gevoeligheid: 96,6%
Belangrijkste resultaten
In 2006 veroorzaakte infectie van de lagere luchtwegen wereldwijd 3 miljoen sterfgevallen.De typische methode voor detectie van LR1-pathogenen is cultivering, die een slechte gevoeligheid, een lange doorlooptijd en een gebrek aan begeleiding bij vroege antibioticatherapie heeft.Een snelle en nauwkeurige microbiële diagnose is al lange tijd een dringende behoefte.Dr. Justin van de Universiteit van East Anglia en zijn partners hebben met succes een op Nanopore gebaseerde metagenomische methode ontwikkeld voor de detectie van pathogenen.Volgens hun workflow kan 99,99% van het gastheer-DNA uitgeput zijn.Detectie van ziekteverwekkers en antibioticaresistente genen kan binnen 6 uur worden afgerond.
Referentie
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore-metagenomica maakt een snelle klinische diagnose van bacteriële infecties van de lagere luchtwegen mogelijk.Natuurbiotechnologie, 37(7), 1.
