-
Plant/dier De novo Genome Sequencing
nieuwsequencing verwijst naar de constructie van het hele genoom van een soort met behulp van sequencing-technologieën, bijv. PacBio, Nanopore, NGS, enz., in afwezigheid van een referentiegenoom.De opmerkelijke verbetering van de leeslengte van sequencingtechnologieën van de derde generatie heeft nieuwe kansen opgeleverd bij het samenstellen van complexe genomen, zoals die met een hoge heterozygotie, een hoge verhouding van repetitieve regio's, polyploïden, enz. Met een leeslengte op tientallen kilobasenniveau, maken deze sequencing-uitlezingen het mogelijk oplossen van repetitieve elementen, regio's met abnormale GC-inhoud en andere zeer complexe regio's.
Platform: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C-gebaseerde genoomassemblage
Hi-C is een methode die is ontworpen om de chromosoomconfiguratie vast te leggen door op nabijheid gebaseerde interacties en high-throughput-sequencing te combineren.Aangenomen wordt dat de intensiteit van deze interacties negatief gecorreleerd is met fysieke afstand op chromosomen.Daarom kunnen Hi-C-gegevens het clusteren, ordenen en oriënteren van geassembleerde sequenties in een conceptgenoom begeleiden en deze op een bepaald aantal chromosomen verankeren.Deze technologie maakt een genoomassemblage op chromosoomniveau mogelijk in afwezigheid van een op populatie gebaseerde genetische kaart.Elk genoom heeft een Hi-C nodig.
Platform (Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ)
-
Evolutionaire genetica
Evolutionaire genetica is een uitgebreide sequencing-service die is ontworpen voor het bieden van een uitgebreide interpretatie van evolutionaire informatie van bepaalde materialen op basis van genetische variaties, waaronder SNP's, InDels, SV's en CNV's.Het biedt alle fundamentele analyses die nodig zijn voor het beschrijven van evolutionaire veranderingen en genetische kenmerken van populaties, zoals populatiestructuur, genetische diversiteit, fylogenetische relaties, enz. Het bevat ook studies over gene flow, die het mogelijk maakt om de effectieve populatieomvang en divergentietijd te schatten.
-
Vergelijkende genomica
Comparative genomics betekent letterlijk het vergelijken van de volledige genoomsequenties en structuren van verschillende soorten.Deze discipline is gericht op het onthullen van de evolutie van soorten, de functie van genen en het regulerende mechanisme van genen op genoomniveau door de sequentiestructuren en elementen te identificeren die geconserveerd of gedifferentieerd zijn tussen verschillende soorten.Typisch vergelijkend genomics-onderzoek omvat analyses in genenfamilie, evolutionaire ontwikkeling, duplicatie van het hele genoom, selectieve druk, enz.
-
Bulked Segregant-analyse
Bulked Segregant-analyse (BSA) is een techniek die wordt gebruikt om snel fenotype-geassocieerde genetische markers te identificeren.De belangrijkste workflow van BSA omvat het selecteren van twee groepen individuen met extreem tegengestelde fenotypes, het bundelen van het DNA van alle individuen om twee bulk DNA te vormen, en het identificeren van differentiële sequenties tussen twee pools.Deze techniek is uitgebreid gebruikt bij het identificeren van genetische markers die sterk geassocieerd zijn met gerichte genen in plant/diergenomen.
