Producten

Schimmelgenoom

Biomarker Technologies bieden genoomonderzoek, fijn genoom en pene-compleet genoom van schimmels, afhankelijk van het specifieke onderzoeksdoel.Genoomsequencing, -assemblage en functionele annotatie kunnen worden bereikt door het combineren van sequencing van de volgende generatie + sequencing van de derde generatie om genoomassemblage op hoog niveau te bereiken.Hi-C-technologie kan ook worden gebruikt om de assemblage van het genoom op chromosoomniveau te vergemakkelijken.

Platform:PacBio-vervolg II

Nanopore PromethION P48

Illumina NovaSeq-platform

Neem contact met ons op

Servicedetails

Demoresultaten

Servicevoordelen

● Meerdere sequentiestrategieën beschikbaar voor verschillende onderzoeksdoelen

● Zeer ervaren in de assemblage van het genoom van schimmels, met meer dan 10.000 geassembleerde penen-compleet genoom.

● Professioneel technisch ondersteuningsteam na verkoop dat voldoet aan meer specifieke onderzoeksbehoeften.

Servicespecificaties

Dienst	Sequentiestrategie	Kwaliteit gegarandeerd	Geschatte doorlooptijd
Schimmel fijne kaart	Illumina 50X+Nanoporiën 100X	Contig N50≥2 Mb	35 werkdagen
Schimmel fijne kaart	PacBio HiFi 30X	Contig N50≥2 Mb	35 werkdagen
Schimmelpene-complete kaart	Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X	Chromosoomverankeringsverhouding >90%	45 werkdagen

Bio-informatica analyses

● Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens

● Genoomassemblage

● Analyse van genoomcomponenten

● Genfunctieannotatie

● Vergelijkende genomische analyse

Monstervereisten en levering

Voorbeeldvereisten:

VoorDNA-extracten:

Voorbeeldtype	Hoeveelheid	Concentratie	Puurheid
DNA-extracten	> 1,2 µg	> 20 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Voor weefselmonsters:

Voorbeeldtype

Aanbevolen monsterbehandeling

Monsteropslag en verzending

Eencellige schimmel

Observeer gist onder de microscoop en verzamel ze in hun exponentiële fase

Breng de cultuur (die ongeveer 3-4,5e9 cellen bevat) over in een eppendorf van 1,5 of 2 ml.(Blijf op ijs)

Centrifugeer de buis gedurende 1 minuut bij 14.000 g om bacteriën te verzamelen en verwijder het supernatant voorzichtig

Sluit de buis af en bevries de bacteriën in vloeibare stikstof gedurende minimaal 1-3 uur.Bewaar de tube in een koelkast van -80 ℃.

Bevries de monsters in vloeibare stikstof gedurende 3-4 uur en bewaar ze in vloeibare stikstof of -80 graden tot langetermijnreservering.Verzending van monsters met droogijs is vereist.

Macro-schimmel

Weefsel in de actieve groeifase wordt aanbevolen.

Spoel het weefsel af met endotoxinevrij water en vervolgens met 70% ethonal.

Bewaar het monster in cryobuizen.