Duik in het potentieel van het bestuderen van een wilde verscheidenheid aan onderzoekssoorten, geïllustreerd door een cruciale casus van BMKGENE's klanten.Onlangs gepubliceerd in de Plant Biotechnology Journal van dit jaar, is het artikel getiteld “Chromosome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield” een waardevolle referentie.
De Braziliaanse rubberboom (Hevea brasiliensis) is een cruciale bron van natuurlijk rubber.Gedurende de afgelopen eeuw hebben traditionele kweekmethoden een opmerkelijke zesvoudige stijging van de rubberproductie teweeggebracht.Toch blijft de onderliggende genetische basis die verantwoordelijk is voor de potentiële verbetering van de rubberopbrengst raadselachtig.
Deze studie begon met het construeren van een genoom op chromosoomniveau voor de wilde rubberboom, waarbij gebruik werd gemaakt van een synergie van Nanopore longread-sequencing, Illumina NGS-sequencing en Hi-C-technologie.
Tegelijkertijd werd een schat aan 147 bronnen van kiemplasma, waaronder variaties met hoge opbrengst, wilde soorten en verwante soorten, verzameld voor uitgebreide resequencing van het gehele genoom (WGS) met behulp van het Illumina-platform.De daaruit voortvloeiende sequentiegegevens ondergingen een rigoureuze populatiegenetica-analyse, waardoor de dissectie van de populatiestructuur, diversiteit en koppelingsonevenwichtigheid mogelijk werd.Deze analyse werpt licht op de verschillen in domesticatie tussen populaties.
Verdere onderzoeken omvatten analyses die Fst, π, Tajima's D en LD omvatten, met als doel selectiesignalen te onthullen die voortkomen uit een verbeterde latexopbrengst, met name gericht op Wickham-klonen.
Met als hoogtepunt een Genome-wide Association Analysis (GWAS), werden markers gelinkt aan opbrengstkenmerken en vervolgens opbrengstgerelateerde genen geïdentificeerd.Initiële validatie onthulde onderscheidende transcriptionele activiteiten over verschillende mutanten voor twee ERF-genen, wat een voorlopig inzicht gaf in hun functionele betekenis.Verdere bevestiging is gepland in het komende onderzoek.
BMKGENE is er trots op bij te dragen aan de uitgebreide resequencing van het hele genoom van deze omvangrijke populatie, samen met een substantiële rol in de bio-informatica-analyse.Onze uitgebreide ervaring omvat NGS/TGS-sequencing en multiomics-bio-informatica-analyse voor een reeks van meer dan 1000 soorten.Wij kijken uit naar het vooruitzicht om met u samen te werken bij uw komende projecten.
Klik hier omLees meer over deze studie
Posttijd: 29 augustus 2023