-
Chromatine Immunoprecipitatie Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq biedt genoombrede profilering van DNA-doelen voor histonmodificatie, transcriptiefactoren en andere DNA-geassocieerde eiwitten.Het combineert de selectiviteit van chromatine-immunoprecipitatie (ChIP) om specifieke eiwit-DNA-complexen te herstellen, met de kracht van next-generation sequencing (NGS) voor high-throughput-sequencing van het teruggewonnen DNA.Bovendien kunnen, omdat de eiwit-DNA-complexen worden teruggewonnen uit levende cellen, bindingsplaatsen worden vergeleken in verschillende celtypen en weefsels, of onder verschillende omstandigheden.Toepassingen variëren van transcriptionele regulatie tot ontwikkelingstrajecten tot ziektemechanismen en meer.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Hele genoom bisulfiet sequencing
DNA-methylatie op de vijfde positie in cytosine (5-mC) heeft een fundamentele invloed op genexpressie en cellulaire activiteit.Abnormale methylatiepatronen zijn in verband gebracht met verschillende aandoeningen en ziekten, zoals kanker.WGBS is de gouden standaard geworden voor het bestuderen van genoombrede methylering met een resolutie van één base.
Platform: Illumina NovaSeq6000
-
Assay voor transposase-toegankelijke chromatine met High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
ATAC-seq is een high-throughput sequencing-methode voor analyse van genoombrede chromatinetoegankelijkheid, wat belangrijk is voor wereldwijde epigenetische controle van genexpressie.Sequentie-adapters worden door hyperactieve Tn5-transposase in open chromatinegebieden ingebracht.Na PCR-amplificatie wordt een sequentiebibliotheek geconstrueerd.Alle open chromatinegebieden kunnen worden verkregen onder een specifieke ruimte-tijdconditie, niet alleen beperkt tot de bindingsplaatsen van een transcriptiefactor of een bepaald histon-gemodificeerd gebied.
-
Bisulfietsequencing met verminderde weergave (RRBS)
Onderzoek naar DNA-methylatie is altijd een hot topic geweest in ziekteonderzoek en is nauw verwant aan genexpressie en fenotypische eigenschappen.RRBS is een nauwkeurige, efficiënte en economische methode voor DNA-methylatieonderzoek.Verrijking van promotor- en CpG-eilandregio's door enzymatische splitsing (Msp I), gecombineerd met bisulfietsequencing, zorgt voor DNA-methylatiedetectie met hoge resolutie.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
