Platform | Bibliotheekgrootte | Theoretische gegevensopbrengst (per cel) | Nauwkeurigheid op één basis | Toepassingen |
Nanoporie | 8Kb, 10kb, 20kb, ultralang, cDNA-PCR | 70-90 Gb/cel | 85-92% | SV-oproep, De novo, Volledige sequencing, Iso-Seq, Genannotatie, Detectie van DNA-methylatie |
● Meer dan 5 jaar ervaring met het PacBio-sequencingplatform met duizenden gesloten projecten met verschillende diersoorten.
● BMKGENE is een officiële partner van Oxford Nanopore, met dual-platform RNA/DNA-certificering.
● Er zijn mainstream-modellen van sequencers met complete uitrusting en voldoende sequencing-doorvoer.
● Op basis van het Nanopore-platform zijn meer dan 10 dier- en plantenonderzoeken van Denovo gepubliceerd in internationaal gerenommeerde tijdschriften.
Voorbeeldtype | Hoeveelheid | Concentratie(Qubit ®) | Volume | Puurheid | Anderen |
Genomisch DNA | Afhankelijk van de gegevensvereiste | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Duidelijke piek bij 260 nm, geen verontreinigingen | Concentratie moet worden gemeten met Qubit en Qubit/Nanopore ≤ 2 |
Totaal RNA | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5; geen verontreinigingen | RIN-waarde ≥7,5 |
Gegevenskwaliteitsbeoordeling van DNA-monster
Tabel 1. Statistieken over schone data.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | schoonN50Len | schoonN90Len | schoonBetekenisLen | schoonMaxLen | schoonGemiddelde kwaliteit |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Gegevenskwaliteitsbeoordeling van RNA-monster
Tabel 1. Statistieken over schone data.
Bestandsnaam | Klant identificatie | LeesNum | BasisNum | N50 | Gemiddelde lengte | Maximale lengte | Gemiddelde Q-score |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figuur 1. Lees de lengteverdeling
Figuur 2. Verdeling van de kwaliteitsscore van schone data
Figuur 3. Verdeling van de lengte en kwaliteitsscore van schone gegevens