Producten

DNA/RNA-sequencing -PacBio-sequencer

PacBio-sequencingplatform is een lang gelezen sequencingplatform, ook bekend als een van de Third-Generation Sequencing-technologieën (TGS).De kerntechnologie, single-molecule real-time (SMRT), maakt het genereren van leesbewerkingen met een lengte van tientallen kilobases mogelijk.Op basis van “Sequencing-by-Synthesis” wordt de resolutie van één nucleotide bereikt door Zero-mode golfgeleider (ZMW), waarbij slechts een beperkt volume aan de onderkant (plaats van molecuulsynthese) wordt verlicht.Bovendien vermijdt SMRT-sequencing grotendeels sequentiespecifieke bias in het NGS-systeem, in die zin dat de meeste PCR-amplificatiestappen niet vereist zijn in het bibliotheekconstructieproces.

Platform: Vervolg II, Revio

Neem contact met ons op

Servicedetails

Demoresultaten

Functies

Twee sequencing-modi op de PacBio-sequencer: Continuous Long Read (CLR) en Circular Consensus Read (CCS)

Sequencing-modus

Bibliotheekgrootte

Theoretische gegevensOpbrengst (per cel)

Enkele basisNauwkeurigheid

Toepassingen

CLR

20Kb, 30Kb, enz.

80 GB tot 130 GB

Ongeveer.85%

De nieuwe, SV-oproepen, enz.

CCS

15-20 KB

14 tot 40 Gb/cel (vervolg II)

70 tot 110 Gb/cel (Revio)

Afhankelijk van de monsters

Ongeveer.99%

De nieuwe, SNP/Indel/SV bellen, Iso-Seq,

Vergelijking van de prestaties en kenmerken van Revio en Sequel II

Voorwaarden	Sequel II-systeem	Revio-systeem	Toename
Hogere dichtheid	8 miljoen ZMW's	25 miljoen ZMW's	3x
Onafhankelijke fasen	1	4	4x
Kortere looptijden	30 uur	24 uur	1,25x
30X HiFi menselijke genomen / jaar	88	1.300	15x totaal

Servicevoordelen

● Meer dan 8 jaar ervaring met het PacBio-sequencingplatform met duizenden gesloten projecten met verschillende soorten.

● Volledig uitgerust met de nieuwste PacBio Sequencing-platforms, Revio om voldoende sequencing-doorvoer te garanderen.

● Snellere doorlooptijd, hogere dataopbrengst en nauwkeurigere data.

● Bijgedragen aan honderden op PacBio gebaseerde publicaties met grote impact.

Voorbeeldvereisten

Voorbeeldtype

Hoeveelheid

Concentratie (Qubit®)

Volume

Puurheid

Anderen

Genomisch DNA

Afhankelijk van de gegevensvereiste

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
Duidelijke piek bij 260 nm,geen verontreinigingen

De concentratie moet worden gemeten met Qubit en Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

Totaal RNA

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;geen verontreinigingen

RIN-waarde ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Serviceworkflow

Monstervoorbereiding

Bouw van bibliotheek

Volgorde aanbrengen in

Gegevensanalyse

Projectoplevering

Vorig: OEM-fabrikant Mrna Sequencing Service - Lange niet-coderende sequencing-Illumina – Biomarker

Volgende: Illumina en BGI

1. Interne gegevensopbrengst

Gegevens gegenereerd uit 63 CCS-cellen (van 26 soorten)

GEGEVENS-PacBio-CCS-15 Kb	Gemiddeld	Max	Min	Mediaan
Opbrengst - sublezingen (Gb)	421.12	544,27	221,38	426,58
Opbrengst - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymerase N50	145.651	175.430	118.118	144.689
Subleest N50	17.509	23.924	12.485	17.584
CCS-N50	14.490	19.034	9.876	14.747
Gemiddelde lengte-polymerase	67.995	89.379	49.664	66.433
Gemiddelde lengte-subreads	15.866	21.036	11.657	16.012
Gemiddelde lengte-CCS	14.489	19.074	8.575	14.655

Gegevens gegenereerd uit 16 CLR-cellen (van 76 soorten)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Gemiddeld	Max	Min	Mediaan
Opbrengst - sublezingen (Gb)	142,20	291,40	50,55	142.49
Polymerase N50	39.456	121.191	15.389	35.231
Subleest N50	28.490	41.012	14.430	29.063
Gemiddelde lengte-polymerase	22.063	48.886	8.747	21.555
Gemiddelde lengte-subreads	17.720	27.225	8.293	17.779

2.Datakwaliteitscontrole – DemoStatistieken over gegevensopbrengst

Steekproef	ccs Leest Num	Totaal ccs-bases (bp)	ccs leest N50 (bp)	ccs gemiddelde lengte (bp)	ccs Langst gelezen (bp)	sublezingen Basen (bp)	CCS-tarief (%)
PB_BMKxxx	3.444.159	54.164.122.586	15.728	15.726	36.110	863.326.330.465	6.27