प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म, PE150
पुस्तकालय प्रकार: 350bp सम्मिलित cDNA पुस्तकालय (चरम वितरण मा निर्भर गर्दछ)
अनुक्रम रणनीति: जोडी-अन्त 150 bp
डेटा रकम सिफारिस गर्नुहोस्: 2 Gb कच्चा डाटा/नमूना
(1) अनुक्रमण डेटा गुणस्तर नियन्त्रण: न्यूक्लियोटाइड वितरण, आधार गुणस्तर वितरण, rRNA अनुपात मूल्याङ्कन;
(2) अनुक्रम पङ्क्तिबद्ध विश्लेषण: पङ्क्तिबद्ध परिणाम तथ्याङ्क, अनुक्रम को संतृप्ति, अनुक्रम को कवरेज;
(3) सन्दर्भ जीनोम एनोटेसन (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) अभिव्यक्ति विश्लेषण: अभिव्यक्ति वितरण (दुई वा बढी नमूनाहरूसँग), नमूनाहरू बीच अभिव्यक्तिको विश्लेषण (भेन विश्लेषण, सहसंबंध विश्लेषण, PCA विश्लेषण);
(5) भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण (दुई वा बढी नमूनाहरूको साथ);
(6) जीन सेट विश्लेषण: भेन विश्लेषण, क्लस्टर विश्लेषण, प्रकार्य एनोटेशन विश्लेषण (COG, GO, KEGG), प्रकार्य संवर्धन विश्लेषण (GO, KEGG), प्रकार्य संवर्धन कोरडल ग्राफ, Ipath विश्लेषण;
(7) sRNA विश्लेषण: sRNA भविष्यवाणी, sRNA एनोटेशन (ब्लास्ट, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA माध्यमिक संरचना भविष्यवाणी, sRNA लक्ष्य जीन भविष्यवाणी;
(8) ट्रान्सक्रिप्ट संरचना विश्लेषण: Operon विश्लेषण, ट्रान्सक्रिप्शन सुरु र अन्त्य साइट भविष्यवाणी, UTR एनोटेसन र विश्लेषण, प्रमोटर अनुक्रम भविष्यवाणी, SNP/InDel विश्लेषण (SNP/InDel एनोटेशन, SNP/InDel क्षेत्रीय वितरण, SNP तथ्याङ्क)।