-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq ले हिस्टोन परिमार्जन, ट्रान्सक्रिप्शन कारकहरू, र अन्य DNA-सम्बद्ध प्रोटीनहरूको लागि DNA लक्ष्यहरूको जीनोम-वाइड प्रोफाइलिङ प्रदान गर्दछ।यसले क्रोमेटिन इम्युनो-प्रसिपिटेशन (ChIP) को विशिष्ट प्रोटीन-DNA कम्प्लेक्सहरू पुन: प्राप्ति गर्नको लागि, बरामद DNA को उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमणिका लागि नेक्स्ट-जेनरेशन सिक्वेन्सिङ (NGS) को शक्तिको साथ संयोजन गर्दछ।थप रूपमा, किनभने प्रोटीन-डीएनए कम्प्लेक्सहरू जीवित कोशिकाहरूबाट बरामद हुन्छन्, बाध्यकारी साइटहरू विभिन्न सेल प्रकारहरू र तन्तुहरूमा वा विभिन्न परिस्थितिहरूमा तुलना गर्न सकिन्छ।अनुप्रयोगहरू ट्रान्सक्रिप्शनल नियमनदेखि लिएर विकासका मार्गहरू रोग संयन्त्रहरू र त्यसभन्दा बाहिरका हुन्छन्।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
Metagenomic अनुक्रमण - NGS
मेटाजेनोम भन्नाले जीवहरूको मिश्रित समुदायको कुल आनुवंशिक सामग्रीको सङ्कलनलाई बुझाउँछ, जस्तै वातावरणीय मेटाजेनोम, मानव मेटाजेनोम, इत्यादि। यसले खेती गर्न मिल्ने र खेती गर्न नसक्ने दुवै सूक्ष्मजीवहरूको जीनोमहरू समावेश गर्दछ।मेटाजेनोमिक अनुक्रमण एक आणविक उपकरण हो जुन वातावरणीय नमूनाहरूबाट निकालिएको मिश्रित जीनोमिक सामग्रीहरूको विश्लेषण गर्न प्रयोग गरिन्छ, जसले प्रजाति विविधता र प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फाइलोजेनेटिक सम्बन्ध, कार्यात्मक जीन र वातावरणीय कारकहरूसँगको सम्बन्ध नेटवर्कमा विस्तृत जानकारी प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म:Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
मेटाजेनोमिक अनुक्रमण - नानोपोर
मेटाजेनोमिक्स एक आणविक उपकरण हो जुन वातावरणीय नमूनाहरूबाट निकालिएका मिश्रित जीनोमिक सामग्रीहरू विश्लेषण गर्न प्रयोग गरिन्छ, जसले प्रजाति विविधता र प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फाइलोजेनेटिक सम्बन्ध, कार्यात्मक जीन र वातावरणीय कारकहरूसँग सहसंबंध नेटवर्क इत्यादिमा विस्तृत जानकारी प्रदान गर्दछ। नानोपोर अनुक्रमणिका प्लेटफर्महरू हालसालै प्रस्तुत गरिएको छ। मेटाजेनोमिक अध्ययन गर्न।पढ्ने लम्बाइमा यसको उत्कृष्ट प्रदर्शनले ठूलो मात्रामा डाउन स्ट्रिम मेटाजेनोमिक विश्लेषण, विशेष गरी मेटाजेनोम असेंबलीलाई बढायो।पढ्ने-लम्बाइको फाइदा उठाउँदै, नानोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक अध्ययनले शट-गन मेटाजेनोमिक्सको तुलनामा थप निरन्तर असेम्बली हासिल गर्न सक्षम छ।यो प्रकाशित गरिएको छ कि नानोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक्सले सफलतापूर्वक माइक्रोबायोमहरू (Moss, EL, et. al.) बाट पूर्ण र बन्द ब्याक्टेरियल जीनोमहरू उत्पन्न गर्यो।नेचर बायोटेक, २०२०)
प्लेटफर्म:Nanopore PromethION P48
-
सम्पूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रमण
साइटोसिन (5-mC) मा पाँचौं स्थानमा डीएनए मेथिलेसनले जीन अभिव्यक्ति र सेलुलर गतिविधिमा आधारभूत प्रभाव पार्छ।असामान्य मेथिलेसन ढाँचा धेरै अवस्था र रोगहरूसँग सम्बन्धित छ, जस्तै क्यान्सर।WGBS एकल आधार रिजोल्युसनमा जीनोम-वाइड मेथिलेसन अध्ययनको लागि सुनको मानक भएको छ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
उच्च थ्रुपुट अनुक्रम (ATAC-seq) को साथ ट्रान्सपोसेस-पहुँचयोग्य क्रोमाटिनको लागि परख
ATAC-seq जीनोम-वाइड क्रोमेटिन पहुँचको विश्लेषणको लागि उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमण विधि हो, जुन जीन अभिव्यक्तिको विश्वव्यापी एपिजेनेटिक नियन्त्रणको लागि महत्त्वपूर्ण छ।सिक्वेन्सिङ एडेप्टरहरू हाइपरएक्टिभ Tn5 ट्रान्सपोसेजद्वारा खुला क्रोमाटिन क्षेत्रहरूमा घुसाइन्छ।पीसीआर प्रवर्द्धन पछि, एक अनुक्रम पुस्तकालय निर्माण गरिन्छ।सबै खुल्ला क्रोमाटिन क्षेत्रहरू एक विशेष स्थान-समय अवस्था अन्तर्गत प्राप्त गर्न सकिन्छ, न केवल एक ट्रान्सक्रिप्शन कारकको बाध्यकारी साइटहरू, वा निश्चित हिस्टोन परिमार्जित क्षेत्रहरूमा सीमित।
-
16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-PacBio
16S र 18S rRNA मा रहेको सबयुनिट दुबै उच्च संरक्षित र हाइपर-भेरिएबल क्षेत्रहरू प्रोकारियोटिक र युकेरियोटिक जीवहरूको पहिचानको लागि एक उत्तम आणविक फिंगरप्रिन्ट हो।अनुक्रमणको फाइदा उठाउँदै, यी एम्प्लिकनहरूलाई संरक्षित भागहरूको आधारमा लक्षित गर्न सकिन्छ र माइक्रोबियल विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फाइलोजेनी, इत्यादि समावेश गर्ने अध्ययनहरूमा योगदान पुर्याउने माइक्रोबियल पहिचानको लागि हाइपर-भेरिएबल क्षेत्रहरूलाई पूर्ण रूपमा चित्रण गर्न सकिन्छ। सिंगल-मोलिक्युल रियल-टाइम (SMRT)। ) PacBio प्लेटफर्मको अनुक्रमले पूर्ण-लम्बाइ एम्प्लिकनहरू (लगभग 1.5 Kb) कभर गर्न सक्ने उच्च सटीक लामो पढाइहरू प्राप्त गर्न सक्षम बनाउँछ।आनुवंशिक क्षेत्रको फराकिलो दृश्यले ब्याक्टेरिया वा कवक समुदायमा प्रजाति एनोटेसनमा रिजोलुसनलाई धेरै बढायो।
प्लेटफर्म:PacBio सिक्वेल II
-
16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-एनजीएस
16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङको उद्देश्य एक माइक्रोबियल समुदायमा फाइलोजेनी, वर्गीकरण, र प्रजातिहरूको प्रचुरता प्रकट गर्नु हो जसले हाउसकीपिङ आनुवंशिक मार्करहरूको PCR उत्पादनहरूको अनुसन्धान गरेर दुबै अत्यधिक कुराकानी गरिएका र हाइपरभेरिएबल भागहरू समावेश गर्दछ।Woeses et al, (1977) द्वारा यी उत्तम आणविक फिंगरप्रिन्टको परिचयले अलगाव-मुक्त माइक्रोबायोम प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ।16S (ब्याक्टेरिया), 18S (फङ्गी) र इन्टरनल ट्रान्सक्रिप्ड स्पेसर (आईटीएस, फङ्गि) को अनुक्रमले प्रचुर मात्रामा रहेका प्रजातिहरूका साथै दुर्लभ र अज्ञात प्रजातिहरूको पहिचान गर्न अनुमति दिन्छ।यो प्रविधि मानव मुख, आन्द्रा, मल, आदि जस्ता विभिन्न वातावरणमा भिन्नता माइक्रोबियल संरचना पहिचान गर्नको लागि व्यापक रूपमा लागू र प्रमुख उपकरण भएको छ।
प्लेटफर्म:Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
ब्याक्टेरियल र फंगल सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण
ब्याक्टेरिया र फङ्गल सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण ज्ञात ब्याक्टेरियम र फङ्गसको जीनोमहरू पूरा गर्नका लागि एक महत्वपूर्ण उपकरण हो, साथै धेरै जीनोमहरू तुलना गर्न वा नयाँ जीवहरूको जीनोमहरू नक्सा गर्न।सही सन्दर्भ जीनोमहरू उत्पन्न गर्न, माइक्रोबियल पहिचान र अन्य तुलनात्मक जीनोम अध्ययनहरू गर्न ब्याक्टेरियम र कवकको सम्पूर्ण जीनोमहरू क्रमबद्ध गर्न यो धेरै महत्त्वपूर्ण छ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
PacBio-पूर्ण-लम्बाइ 16S/18S/ITS एम्प्लिकन अनुक्रमण
Amplicon (16S/18S/ITS) प्लेटफर्म माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषणमा वर्षौंको अनुभवको साथ विकसित गरिएको छ, जसमा मानकीकृत आधारभूत विश्लेषण र व्यक्तिगत विश्लेषण समावेश छ: आधारभूत विश्लेषणले वर्तमान माइक्रोबियल अनुसन्धानको मुख्यधारा विश्लेषण सामग्रीलाई समेट्छ, विश्लेषण सामग्री समृद्ध र व्यापक छ, र विश्लेषण परिणामहरू परियोजना रिपोर्टहरूको रूपमा प्रस्तुत गरिन्छ;व्यक्तिगत विश्लेषण को सामग्री विविध छ।नमूनाहरू चयन गर्न सकिन्छ र आधारभूत विश्लेषण रिपोर्ट र अनुसन्धान उद्देश्य अनुसार प्यारामिटरहरू लचिलो रूपमा सेट गर्न सकिन्छ, व्यक्तिगत आवश्यकताहरू महसुस गर्न।विन्डोज अपरेटिङ सिस्टम, सरल र छिटो।
-
PacBio-पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम (गैर-संदर्भ)
प्यासिफिक बायोसाइन्सेस (PacBio) Isoform अनुक्रमण डेटा इनपुटको रूपमा लिएर, यो एपले पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्ट अनुक्रमहरू (असेंब्ली बिना) पहिचान गर्न सक्षम छ।सन्दर्भ जीनोम विरुद्ध पूर्ण-लम्बाइ अनुक्रमहरू म्याप गरेर, ट्रान्सक्रिप्टहरू ज्ञात जीनहरू, ट्रान्सक्रिप्टहरू, कोडिङ क्षेत्रहरू, आदि द्वारा अनुकूलित गर्न सकिन्छ। यस अवस्थामा, वैकल्पिक स्प्लिसिङ, आदि जस्ता mRNA संरचनाहरूको थप सटीक पहिचान हासिल गर्न सकिन्छ।NGS ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण डेटाको साथ संयुक्त विश्लेषणले ट्रान्सक्रिप्ट स्तरमा अभिव्यक्तिमा थप व्यापक एनोटेशन र अधिक सटीक मात्रालाई सक्षम बनाउँछ, जसले ठूलो मात्रामा डाउनस्ट्रीम विभेदक अभिव्यक्ति र कार्यात्मक विश्लेषणलाई फाइदा पुर्याउँछ।
-
रिड्युस्ड रिप्रेजेन्टेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिङ (RRBS)
डीएनए मेथिलेसन अनुसन्धान रोग अनुसन्धानमा सधैं तातो विषय भएको छ, र जीन अभिव्यक्ति र फेनो-टाइपिक विशेषताहरूसँग नजिकको सम्बन्ध छ।RRBS DNA मेथिलेसन अनुसन्धानको लागि सही, कुशल र किफायती विधि हो।प्रमोटर र CpG टापु क्षेत्रहरूको एन्जाइमेटिक क्लीभेज (Msp I) द्वारा संवर्धन, Bisulfite अनुक्रम संग संयुक्त, उच्च रिजोल्युशन DNA मेथिलेसन पत्ता लगाउने प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
प्रोकारियोटिक mRNA अनुक्रमण
mRNA अनुक्रमणले विशेष परिस्थितिहरूमा कक्षहरू भित्र सबै mRNA ट्रान्सक्रिप्टहरूको व्यापक प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ।यो अत्याधुनिक प्रविधिले एक शक्तिशाली उपकरणको रूपमा कार्य गर्दछ, जटिल जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलहरू, जीन संरचनाहरू, र विविध जैविक प्रक्रियाहरूसँग सम्बन्धित आणविक संयन्त्रहरू अनावरण गर्दछ।मौलिक अनुसन्धान, क्लिनिकल निदान, र औषधि विकासमा व्यापक रूपमा अपनाईएको, mRNA अनुक्रमले सेलुलर गतिशीलता र आनुवंशिक नियमनका जटिलताहरूमा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ।हाम्रो प्रोकारियोटिक mRNA नमूना प्रशोधन प्रोकारियोटिक ट्रान्सक्रिप्टोमहरूको लागि उपयुक्त छ, जसमा rRNA कमी र दिशात्मक पुस्तकालय तयारी समावेश छ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq X
