बिरुवा / पशु सम्पूर्ण जीनोम अनुक्रमण
1. सेवा लाभहरू
1000 भन्दा बढी प्रजातिहरूको लागि जीनोम अनुक्रमणमा व्यापक अनुभव।
4000 भन्दा बढीको संचयी प्रभाव कारकको साथ 800 भन्दा बढी प्रकाशित केसहरू।
भिन्नता कल र प्रकार्य विश्लेषण मा व्यापक जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण।
2. सेवा विशिष्टताहरू
| प्लेटफर्म | पुस्तकालय | सिफारिस गरिएको seq गहिराई | |
| इल्युमिना | PE 150 | SNP को लागि, InDel कलिङ ≥ 10x SV को लागि, CNY कलिङ ≥ 30x
| |
| नानोपोर
| 8 kb | SV को लागि, CNY कलिङ ≥ २०x | |
| Pacbio | CCS | १५ kb | SNP, InDel, SV, CNY कलिङ ≥ 10x को लागि |
3. नमूना आवश्यकताहरू
| प्लेटफर्म | Conc.(ng/μL)
| रकम (ng)
| शुद्धता
| Agarose जेल
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. कुनै वा सीमित बिना मुख्य ब्यान्ड खाली गर्नुहोस्जेलमा देखाइएको गिरावट। 2. कुनै वा सीमित आरएनए वा प्रोटीन प्रदूषण
| ||||
| इल्युमिना | ≥१ | ≥३०
| - | - | ||
| नानोपोर
| ≥३० | डाटा उपज मा निर्भर गर्दछ 10μg/सेल | १.७-२.२ | ≥१.५ | ||
| Pacbio | CCS | ≥५० | १.७-२.२ | १.८-२.५ | ||
4. जैव सूचना विश्लेषण
5. सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
डीएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
डाटा वितरण
१) जीनोम म्यापिङको तथ्याङ्क
तालिका 1 नक्सा परिणामको तथ्याङ्क
चित्र १ सम्मिलित साइज र रिड कभरेजको वितरण।
2) भिन्नता पत्ता लगाउने
चित्र 2 तथ्याङ्क र नमूनाहरू बीच SNP/INDEL/SV को एनोटेसन
चित्र 3 भ्याटिएशनको जीनोम-व्यापक वितरण
3) भिन्नताहरूको कार्यात्मक एनोटेशन
| २०१९ | प्रकृति संचार | सम्पूर्ण-जीनोम रिस्वेन्सिङले यसको सुधारमा संलग्न ब्रासिका नेपस उत्पत्ति र आनुवंशिक लोकी प्रकट गर्दछ। |
| २०२० | PNAS | सुनौलो माछाको विकासवादी उत्पत्ति र घरपालन इतिहास (कारासियस ओरेटस) |
| २०२१ | प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल | दुई खेती गरिएको जुट प्रजातिहरूको सन्दर्भ जीनोम |
| २०२१ | प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल | तरकारी र तिलहन एलोपोलिप्लोइड ब्रासिकाजुन्सिया र आनुवंशिक लोकी को जीनोमिक हस्ताक्षर ग्लुकोसिनोलेट को संचय को नियन्त्रण |
| २०१९ | आणविक बिरुवा | रेपसीड एक्सेन्सनको विश्वव्यापी संग्रहको सम्पूर्ण-जीनोमको पुनरावृत्तिले तिनीहरूको इकोटाइप विचलनको आनुवंशिक आधार प्रकट गर्दछ। |
| २०२२ | बागवानी अनुसन्धान | जीनोम-वाइड एसोसिएशन विश्लेषणले तरबूजको बीउ आकारको प्राकृतिक भिन्नतामा आणविक अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ। |
| २०२१ | प्रयोगात्मक वनस्पति विज्ञान को जर्नल | जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययनले कपासमा चिसो सहिष्णुता प्रदान गर्ने GhSAD1 को भिन्नताहरू पहिचान गर्दछ |
| २०२१ | प्रयोगात्मक वनस्पति विज्ञान को जर्नल | जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन र ट्रान्सक्रिप्टोम तुलनाले उपन्यास QTL र उम्मेद्वार जीनहरू प्रकट गर्दछ जसले रेपसीडमा पंखुडीको आकार नियन्त्रण गर्दछ। |
