प्लान्ट/एनिमल डे नोवो जीनोम सिक्वेन्सिङ
सेवा लाभहरू
अनुक्रमणिका प्लेटफर्महरू र बायोइन्फर्मेटिक्सको विकासनयाँजीनोम विधानसभा
(अमरसिङ्गे एसएल एट अल।,जीनोम जीवविज्ञान, २०२०)
● नयाँ जीनोमहरू निर्माण गर्ने र रुचिका प्रजातिहरूका लागि अवस्थित सन्दर्भ जीनोमहरू सुधार गर्ने।
● उच्च सटीकता, निरन्तरता र विधानसभा मा पूर्णता
● अनुक्रम पोलिमोर्फिज्म, QTLs, जीन सम्पादन, प्रजनन, आदिमा अनुसन्धानको लागि आधारभूत स्रोत निर्माण गर्ने।
● तेस्रो-पुस्ताको अनुक्रमण प्लेटफर्महरूको पूर्ण स्पेक्ट्रमसँग सुसज्जित: एक-स्टप जीनोम असेम्ब्ली समाधान
● लचिलो अनुक्रम र संयोजन रणनीतिहरू विभिन्न विशेषताहरूसँग विविध जीनोमहरू पूरा गर्ने
● पोलीप्लोइड्स, विशाल जीनोमहरू, इत्यादि सहित जटिल जीनोम एसेम्बलीहरूमा उत्कृष्ट अनुभव भएको उच्च कुशल बायोइन्फर्मेटिशियन टोली।
● 900 भन्दा बढीको संचयी प्रकाशित प्रभाव कारकका साथ १०० भन्दा बढी सफल केसहरू
● क्रोमोजोम-स्तर जीनोम एसेम्बलीको लागि 3 महिना जति छिटो टर्न-अराउन्ड-टाइम।
● दुबै प्रयोगात्मक पक्ष र बायोइन्फर्मेटिक्समा प्याटेन्ट र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारहरूको श्रृंखलाको साथ ठोस प्राविधिक समर्थन।
सेवा विशिष्टताहरू
|
सामग्री
|
प्लेटफर्म
|
पढ्नुहोस् लम्बाइ
|
कभरेज
|
| जीनोम सर्वेक्षण
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ ५०X
|
| जीनोम अनुक्रमण
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi पढ्ने
| ≥ ३०X
|
| हाई-सी
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
कार्य प्रवाह
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
नमूना आवश्यकताहरू:
| प्रजाति | टिस्यु | PacBio को लागी | नानोपुरको लागि |
| जनावरहरू | भिसेरल अंगहरू (कलेजो, प्लीहा, आदि) | ≥ 1.0 ग्राम | ≥ 3.5 ग्राम |
| मासु | ≥ 1.5 ग्राम | ≥ ५.० ग्राम | |
| स्तनधारी जनावरहरूको रगत | ≥ 1.5 एमएल | ≥ 5.0 एमएल | |
| माछा वा चराको रगत | ≥ ०.२ एमएल | ≥ ०.५ एमएल | |
| बिरुवाहरू | ताजा पातहरू | ≥ 1.5 ग्राम | ≥ ५.० ग्राम |
| पंखुडी वा स्टेम | ≥ 3.5 ग्राम | ≥ 10.0 ग्राम | |
| जरा वा बीउ | ≥ 7.0 ग्राम | ≥ २०.० ग्राम | |
| कक्षहरू | सेल संस्कृति | ≥ ३×१०7 | ≥ 1×108 |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
धेरैजसो नमूनाहरूको लागि, हामी इथानोलमा सुरक्षित नगर्न सिफारिस गर्छौं।
नमूना लेबलिङ: नमूनाहरू स्पष्ट रूपमा लेबल गरिएको र नमूना जानकारी फारम पेश गर्न समान हुनुपर्छ।
ढुवानी: ड्राई-बरफ: नमूनाहरू पहिले झोलामा प्याक गर्न आवश्यक छ र ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
डीएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
*यहाँ देखाइएका डेमो परिणामहरू सबै बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूसँग प्रकाशित जीनोमहरूका हुन्
1.को क्रोमोजोम-स्तर जीनोम असेंबलीमा सर्कोसG. रोटन्डिफोलियमNanopore अनुक्रमण प्लेटफार्म द्वारा
वाङ एम एट अल।,आणविक जीवविज्ञान र विकास, २०२१
2. Weining राई जीनोम विधानसभा र एनोटेशन को तथ्याङ्क
लि जी एट अल।,प्रकृति जेनेटिक्स, २०२१
3. को जीन भविष्यवाणीसेचियम एड्युलजीनोम, तीन भविष्यवाणी विधिहरूबाट व्युत्पन्न:नयाँभविष्यवाणी, Homology आधारित भविष्यवाणी र RNA-Seq डाटा आधारित भविष्यवाणी
फु ए एट अल।,बागवानी अनुसन्धान, २०२१
4. तीन कपास जीनोमहरूमा अक्षुण्ण लामो टर्मिनल दोहोरिने पहिचान
वाङ एम एट अल।,आणविक जीवविज्ञान र विकास, २०२१
5.Hi-C तातो नक्शाC. acuminataजीनोम जीनोम-व्यापी सबै-द्वारा-सबै अन्तरक्रियाहरू देखाउँदै।हाई-सी अन्तरक्रियाको तीव्रता कन्टिगहरू बीचको रैखिक दूरीको समानुपातिक हो।यस तातो नक्सामा सफा सीधा रेखाले क्रोमोजोमहरूमा कन्टिगहरूको उच्च सटीक एङ्करिङलाई संकेत गर्दछ।(कन्टिग एन्करिङ अनुपात: ९६.०३%)
kang M et al.,प्रकृति संचार,२०२१
BMK केस
एक उच्च-गुणस्तरको जीनोम एसेम्बलीले राई जीनोमिक विशेषताहरू र कृषि विज्ञानको रूपमा महत्त्वपूर्ण जीनहरू हाइलाइट गर्दछ
प्रकाशित: प्रकृति जेनेटिक्स, २०२१
अनुक्रम रणनीति:
जीनोम असेंबली: २० kb पुस्तकालयको साथ PacBio CLR मोड (४९७ Gb, लगभग ६३×)
अनुक्रम सुधार: 270 bp DNA पुस्तकालय (430 Gb, लगभग 54×) Illumina प्लेटफर्ममा NGS
Contigs एंकरिङ: Illumina प्लेटफर्ममा Hi-C पुस्तकालय (560 Gb, लगभग 71×)
अप्टिकल नक्सा: Bionano Irys मा (779.55 Gb, लगभग 99×)
प्रमुख परिणामहरू
1. Weining राई जीनोम को एक असेंबली 7.74 Gb (प्रवाह साइटोमेट्री द्वारा अनुमानित जीनोम आकार को 98.74%) को कुल जीनोम आकार संग प्रकाशित गरिएको थियो।यस सभाको Scaffold N50 ले 1.04 Gb हासिल गर्यो।93.67% कन्टिगहरू 7 छद्म-क्रोमोजोमहरूमा सफलतापूर्वक लङ्गर गरिएको थियो।यस सभालाई लिङ्केज नक्सा, LAI र BUSCO द्वारा मूल्याङ्कन गरिएको थियो, जसले गर्दा सबै मूल्याङ्कनहरूमा उच्च अंक प्राप्त भयो।
2. तुलनात्मक जीनोमिक्समा थप अध्ययनहरू, आनुवंशिक लिङ्केज नक्शा, ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स अध्ययनहरू यस जीनोमको आधारमा गरिएको थियो।जीनोम-वाइड जीन डुप्लिकेशनहरू र स्टार्च बायोसिन्थेसिस जीनहरूमा तिनीहरूको प्रभाव सहित लक्षणहरू सम्बन्धित जीनोमिक सुविधाहरूको एक श्रृंखला प्रकट गरिएको थियो;जटिल प्रोलामिन लोकीको भौतिक संगठन, जीन अभिव्यक्ति विशेषताहरू अन्तर्निहित प्रारम्भिक शीर्षक विशेषताहरू र पुटेटिभ डोमेस्टेसन-सम्बन्धित क्रोमोसोमल क्षेत्रहरू र राईमा लोकी।
 Weining राई जीनोम को जीनोमिक विशेषताहरु मा Circos रेखाचित्र |  राई जीनोमको विकासवादी र क्रोमोजोम सिन्टेनी विश्लेषण |
ली, जी, वांग, एल, यांग, जे।et al।एक उच्च गुणस्तरको जीनोम एसेम्बलीले राई जीनोमिक विशेषताहरू र कृषि विज्ञानको रूपमा महत्त्वपूर्ण जीनहरू हाइलाइट गर्दछ।नेट जेनेट ५३,५७४–५८४ (२०२१)।
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
